80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1840 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1840  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  100 
 
 		 113 aa  236  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798586  normal  0.240936 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3339  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.82 
 
 		 124 aa  89.7  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.456035 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3456  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  41.05 
 
 		 110 aa  89  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.926443  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2821  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.18 
 
 		 118 aa  88.6  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4277  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.02 
 
 		 125 aa  78.6  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0326  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.54 
 
 		 144 aa  76.6  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00145038 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3574  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.71 
 
 		 136 aa  73.6  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1442  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.43 
 
 		 131 aa  67.4  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4111  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.27 
 
 		 110 aa  65.9  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.000937447  normal  0.58926 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3630  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.43 
 
 		 115 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380567  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4074  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.62 
 
 		 115 aa  60.8  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3070  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.43 
 
 		 115 aa  60.1  0.000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107279  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2699  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.11 
 
 		 115 aa  58.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.176555  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2548  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.62 
 
 		 133 aa  58.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2957  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.09 
 
 		 115 aa  58.2  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.383141  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43250  hypothetical protein  32.41 
 
 		 115 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.708764 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0419  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.3 
 
 		 132 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.820444  normal  0.478902 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2056  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.09 
 
 		 116 aa  55.5  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.240914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2807  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.73 
 
 		 116 aa  55.5  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0278877  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2241  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.95 
 
 		 133 aa  54.3  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.451684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3297  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.82 
 
 		 122 aa  53.9  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3856  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.18 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.850718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3804  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.18 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3305  hypothetical protein  27.03 
 
 		 115 aa  52.4  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0278022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4109  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.03 
 
 		 115 aa  51.6  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.055952  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3500  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.83 
 
 		 115 aa  51.6  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.108548 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2158  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.95 
 
 		 116 aa  51.6  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0585647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0635  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.43 
 
 		 115 aa  51.2  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.379764  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5543  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.13 
 
 		 117 aa  50.8  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5991  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.55 
 
 		 115 aa  50.4  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0256  hypothetical protein  27.03 
 
 		 115 aa  50.4  0.000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920993  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2465  hypothetical protein  27.03 
 
 		 115 aa  50.4  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2693  hypothetical protein  27.03 
 
 		 115 aa  50.4  0.000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0753  hypothetical protein  27.03 
 
 		 115 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.222044  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4549  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.55 
 
 		 118 aa  49.7  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.357845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2384  hypothetical protein  27.03 
 
 		 212 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0919  hypothetical protein  27.03 
 
 		 207 aa  49.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4837  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.77 
 
 		 124 aa  49.7  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2588  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.66 
 
 		 115 aa  48.5  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1419  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.03 
 
 		 139 aa  48.1  0.00004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.903205  hitchhiker  0.000000225635 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2716  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.66 
 
 		 115 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03740  hypothetical protein  31.18 
 
 		 130 aa  47.8  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.183645  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2663  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.66 
 
 		 115 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.692714  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2052  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.66 
 
 		 115 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.404123  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2692  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.66 
 
 		 156 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0741  hypothetical protein  26.13 
 
 		 115 aa  47.4  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2417  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.89 
 
 		 115 aa  47  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4603  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.53 
 
 		 123 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3374  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.91 
 
 		 122 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1238  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.59 
 
 		 118 aa  45.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.117869 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4872  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.62 
 
 		 123 aa  45.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583204  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5355  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.27 
 
 		 115 aa  45.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.922702  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5593  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.73 
 
 		 128 aa  45.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.876476  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2253  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25 
 
 		 117 aa  45.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.233801  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0612  hypothetical protein  28.77 
 
 		 104 aa  44.3  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4402  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.55 
 
 		 119 aa  44.7  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.302745  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1478  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.87 
 
 		 137 aa  44.3  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0087  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.21 
 
 		 131 aa  44.3  0.0006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1548  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.62 
 
 		 123 aa  43.9  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692707  normal  0.189147 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0088  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.21 
 
 		 131 aa  43.9  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1629  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.25 
 
 		 123 aa  43.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1704  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.27 
 
 		 119 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0084  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.21 
 
 		 131 aa  43.5  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0084  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.89 
 
 		 131 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0067  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.89 
 
 		 131 aa  42.7  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1191  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.8 
 
 		 123 aa  42.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.928225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0087  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.65 
 
 		 131 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4268  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.65 
 
 		 131 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1607  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.25 
 
 		 123 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.363316  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0127  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.1 
 
 		 145 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.857324 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2565  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.55 
 
 		 119 aa  41.6  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000951  gfa-like protein  32.89 
 
 		 131 aa  41.2  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2117  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.53 
 
 		 141 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0449559  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3235  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.88 
 
 		 101 aa  40.8  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.697265  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0840  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.59 
 
 		 118 aa  40.4  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2168  hypothetical protein  29.59 
 
 		 118 aa  40.4  0.008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.327259  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1669  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.88 
 
 		 123 aa  40.4  0.009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.540785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1697  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.88 
 
 		 123 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.342973  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1218  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.88 
 
 		 123 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.413916  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3356  hypothetical protein  27.08 
 
 		 129 aa  40  0.01  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0217164  normal  0.0851639 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>