More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1621 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1621  tRNA-dihydrouridine synthase A  100 
 
 		 385 aa  791    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.138174 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2209  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.02 
 
 		 333 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2504  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.14 
 
 		 333 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5568  hypothetical protein  57.69 
 
 		 341 aa  402  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1549  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.3 
 
 		 342 aa  397  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.28952  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2364  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.89 
 
 		 337 aa  386  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0863  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.47 
 
 		 340 aa  374  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0856  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.47 
 
 		 340 aa  374  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4250  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.24 
 
 		 330 aa  354  1e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.270848 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0954  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.54 
 
 		 353 aa  353  4e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.278842 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2043  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.06 
 
 		 325 aa  351  1e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00353768  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0852  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.41 
 
 		 326 aa  350  2e-95  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00194656  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3764  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.39 
 
 		 337 aa  347  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0577  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.41 
 
 		 331 aa  335  7.999999999999999e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.01 
 
 		 339 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.01 
 
 		 339 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.3 
 
 		 339 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.01 
 
 		 339 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3456  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.87 
 
 		 318 aa  331  1e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.62577  normal  0.435546 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.22 
 
 		 334 aa  330  3e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.59 
 
 		 326 aa  329  4e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.09 
 
 		 335 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2060  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.86 
 
 		 330 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.212948  normal  0.235327 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.54 
 
 		 340 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1420  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.22 
 
 		 329 aa  328  1.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.99 
 
 		 335 aa  327  2.0000000000000001e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0964  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.7 
 
 		 336 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.946699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1926  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.29 
 
 		 313 aa  327  3e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.78 
 
 		 343 aa  324  2e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2512  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.45 
 
 		 338 aa  323  4e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0272244 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2138  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.6 
 
 		 329 aa  323  4e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386307  normal  0.911823 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0321  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.48 
 
 		 335 aa  322  7e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3399  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.44 
 
 		 332 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.26 
 
 		 335 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.29 
 
 		 327 aa  319  6e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2043  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.43 
 
 		 317 aa  318  1e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0148288  normal  0.331525 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.7 
 
 		 328 aa  317  2e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.32 
 
 		 349 aa  316  4e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0998  YjbN family TIM-barrel protein  47.71 
 
 		 336 aa  316  6e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.420322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2851  TIM-barrel protein, yjbN family  49.14 
 
 		 335 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0981805 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4378  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.85 
 
 		 327 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.016037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2066  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.38 
 
 		 343 aa  311  2e-83  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.57 
 
 		 327 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1275  TIM-barrel protein, yjbN family  48.76 
 
 		 329 aa  310  2.9999999999999997e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1976  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.96 
 
 		 319 aa  310  4e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.43 
 
 		 331 aa  309  5e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.74 
 
 		 345 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.43 
 
 		 329 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  49.15 
 
 		 335 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.99 
 
 		 347 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.19 
 
 		 345 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.19 
 
 		 345 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  45.19 
 
 		 345 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.74 
 
 		 345 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0345216 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.19 
 
 		 347 aa  306  3e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.19 
 
 		 347 aa  306  3e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1832  TIM-barrel protein, yjbN family  47.01 
 
 		 376 aa  306  3e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  0.0707326 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1038  TIM-barrel protein, yjbN family  46.83 
 
 		 345 aa  306  3e-82  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.112762 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  45.19 
 
 		 345 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.14 
 
 		 337 aa  306  4.0000000000000004e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.19 
 
 		 339 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.18 
 
 		 331 aa  305  7e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.45 
 
 		 332 aa  305  7e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.45 
 
 		 332 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2362  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.94 
 
 		 334 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.33 
 
 		 332 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.33 
 
 		 340 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.45 
 
 		 332 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1933  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.1 
 
 		 331 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.138188 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.33 
 
 		 338 aa  303  3.0000000000000004e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.13 
 
 		 336 aa  302  5.000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1210  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.28 
 
 		 357 aa  302  6.000000000000001e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269604  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.61 
 
 		 340 aa  302  6.000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1686  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.05 
 
 		 321 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.902127  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2169  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.75 
 
 		 336 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.09 
 
 		 360 aa  301  1e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2180  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.93 
 
 		 330 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1710  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.75 
 
 		 336 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.262084  hitchhiker  0.0000258631 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03597  tRNA-dihydrouridine synthase A  43.41 
 
 		 348 aa  300  4e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.263029  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1936  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.6 
 
 		 339 aa  300  4e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.564844  normal  0.370687 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3573  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.45 
 
 		 336 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2817  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.37 
 
 		 340 aa  298  1e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  44.7 
 
 		 315 aa  298  1e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0713  TIM-barrel protein, yjbN family  47.49 
 
 		 344 aa  297  2e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0573844  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.2 
 
 		 336 aa  297  2e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3650  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.31 
 
 		 336 aa  297  2e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.96 
 
 		 344 aa  297  2e-79  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.05 
 
 		 345 aa  297  2e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2084  YjbN family TIM-barrel protein  47.03 
 
 		 339 aa  297  3e-79  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2122  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.76 
 
 		 333 aa  296  3e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.41 
 
 		 345 aa  295  1e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.69 
 
 		 345 aa  295  1e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27980  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.5 
 
 		 332 aa  295  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1200  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.76 
 
 		 346 aa  294  2e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0946  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.92 
 
 		 354 aa  293  2e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2491  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.41 
 
 		 347 aa  294  2e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.815058  normal  0.0558727 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.25 
 
 		 345 aa  294  2e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0353  tRNA-dihydrouridine synthase A  43.63 
 
 		 335 aa  293  3e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0909  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.86 
 
 		 340 aa  293  4e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.444474 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.63 
 
 		 327 aa  293  5e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>