More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1608 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1608  ABC transporter related  100 
 
 		 308 aa  617  1e-176  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.249581  normal  0.149154 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2327  ABC transporter related  73.53 
 
 		 308 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2089  ABC transporter related  72.4 
 
 		 308 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0116539  normal  0.492363 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2740  ABC transporter related  69.28 
 
 		 306 aa  437  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4024  ABC transporter related  68.75 
 
 		 306 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2723  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  69.64 
 
 		 308 aa  437  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2019  ABC transporter related  68.63 
 
 		 306 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.778403  normal  0.141952 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3283  ABC transporter related  69.28 
 
 		 306 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.576419 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2361  ABC transporter, ATPase subunit  68.42 
 
 		 306 aa  429  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.112898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4007  ABC transporter related  67.86 
 
 		 308 aa  427  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3274  ABC multidrug/carbohydrate efflux transporter, ATPase subunit  68.18 
 
 		 308 aa  430  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.791052  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0978  ABC transporter, ATP-binding protein  68.2 
 
 		 309 aa  429  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.080297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0477  ABC transporter related  68.52 
 
 		 308 aa  429  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.330496  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3370  ABC transporter related  68.3 
 
 		 306 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00450084 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6149  putative ABC transporter (ATP binding protein)  68.09 
 
 		 306 aa  430  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.397223  normal  0.143638 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3084  ABC transporter, ATP-binding protein  65.46 
 
 		 308 aa  424  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0703  ABC transporter related  68.95 
 
 		 310 aa  426  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0518791 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1911  ABC transporter related  65.58 
 
 		 319 aa  426  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1715  ABC transporter related  67.21 
 
 		 308 aa  425  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.409646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4410  ABC transporter related  67.88 
 
 		 307 aa  421  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.107117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2525  ABC transporter related  69.08 
 
 		 309 aa  421  1e-117  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6045  ABC transporter related  66.88 
 
 		 308 aa  418  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.463248  normal  0.338507 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4685  ABC transporter related  66.99 
 
 		 315 aa  417  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0550662 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2277  ABC efflux pump, ATPase subunit  68.09 
 
 		 308 aa  420  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0775451  normal  0.282727 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0412  ABC transporter related  66.12 
 
 		 308 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.173041 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0448  ABC transporter related  65.13 
 
 		 308 aa  414  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0862  ABC transporter related  64.71 
 
 		 308 aa  416  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0153083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0380  ABC transporter related  66.12 
 
 		 308 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2648  ABC transporter related  65.36 
 
 		 318 aa  416  9.999999999999999e-116  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3535  ABC transporter related  65.26 
 
 		 314 aa  412  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1331  ABC transporter related  65.62 
 
 		 340 aa  413  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0809  ABC transporter related  66.12 
 
 		 333 aa  412  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5043  ABC transporter related  65.26 
 
 		 314 aa  411  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4520  ABC transporter related  65.58 
 
 		 314 aa  413  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3137  ABC transporter related protein  62.95 
 
 		 316 aa  407  1e-113  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00124665  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5174  ABC transporter related  65.26 
 
 		 314 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.179652 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5107  ABC transporter related  64.94 
 
 		 316 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1220  ABC transporter related  63.31 
 
 		 309 aa  410  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00788547 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0541  ABC transporter, ATPase subunit  64.61 
 
 		 314 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3261  ABC transporter related  64.72 
 
 		 317 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.768671  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1927  ABC transporter-related protein  65.58 
 
 		 308 aa  403  1e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.109839 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0746  ABC transporter related  64.5 
 
 		 310 aa  400  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1498  ABC transporter related  64.14 
 
 		 315 aa  400  9.999999999999999e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.933175  normal  0.212759 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1452  ABC transporter related  61.51 
 
 		 306 aa  395  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3269  ABC transporter related  64.26 
 
 		 329 aa  395  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03054  ABC transporter ATP-binding protein  61.36 
 
 		 314 aa  396  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1657  ABC transporter related  60.91 
 
 		 313 aa  393  1e-108  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0748  ABC transporter related  63.12 
 
 		 318 aa  391  1e-108  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.329889 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2923  ABC transporter, ATP-binding protein  59.09 
 
 		 308 aa  389  1e-107  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2407  ABC transporter related  64.26 
 
 		 311 aa  389  1e-107  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0638  ABC-A-subfamily transporter  64.59 
 
 		 318 aa  384  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.541118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2014  ABC transporter related  61.64 
 
 		 309 aa  382  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03370  ABC transporter, ATP binding component  62.42 
 
 		 308 aa  379  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.372663  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0897  ABC transporter related  51.97 
 
 		 309 aa  281  1e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0835  ABC transporter, ATPase subunit  50.32 
 
 		 309 aa  279  3e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.594095  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0885  ABC transporter related  50.32 
 
 		 309 aa  272  5.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0881  ABC transporter-related protein  50.32 
 
 		 309 aa  272  5.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1097  ABC transporter related  43.97 
 
 		 316 aa  262  6.999999999999999e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1926  ABC transporter related  44.55 
 
 		 326 aa  258  7e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2136  ABC transporter related  42.39 
 
 		 304 aa  258  1e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00658879  normal  0.0667998 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1859  ABC transporter related  42.9 
 
 		 307 aa  256  4e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03556  ABC transporter, ATP-binding protein  43.04 
 
 		 310 aa  255  7e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.333209  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3253  ABC transporter-related protein  45.51 
 
 		 316 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.458377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3820  ABC transporter related  43.51 
 
 		 310 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2345  ABC transporter ATP-binding protein  42.53 
 
 		 310 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1170  ribosomal protein S16  43.09 
 
 		 318 aa  251  7e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.36106  hitchhiker  0.000000135751 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2832  ABC transporter, ATPase subunit  42.67 
 
 		 336 aa  251  8.000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0772  ABC transporter, ATP-binding protein  43.69 
 
 		 319 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1895  ABC transporter ATP-binding protein  43.18 
 
 		 310 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000838668 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15500  ABC transporter, ATP binding component  42.86 
 
 		 310 aa  251  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1351  ABC transporter related  43.37 
 
 		 320 aa  251  1e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000123717  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1470  ABC transporter related  42.58 
 
 		 310 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0399  ABC transporter related  45.16 
 
 		 308 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.928709 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27770  ABC transporter ATP-binding protein  42.21 
 
 		 310 aa  250  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.109755 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1505  ABC transporter related  43.65 
 
 		 310 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0420  ABC transporter related  44.19 
 
 		 308 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.344346  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4181  ABC transporter-like  43.32 
 
 		 310 aa  248  6e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.511532 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0689  ABC transporter related  43.09 
 
 		 314 aa  248  9e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0347  ABC transporter related  44.19 
 
 		 308 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.50256  normal  0.164756 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3116  ABC transporter related  43.85 
 
 		 316 aa  248  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.645942  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3518  ABC transporter, ATPase subunit  45.21 
 
 		 308 aa  248  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.461095  normal  0.297301 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0393  ABC multidrug efflux pump, ATPase subunit  43.23 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0338  ABC transporter related  43.83 
 
 		 308 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.892099  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3565  ABC transporter related  43.23 
 
 		 310 aa  247  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.162027  hitchhiker  0.0000528496 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0323  ABC transporter related  43.09 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0286844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1140  ABC transporter ATP-binding protein  41.45 
 
 		 304 aa  246  3e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000662244  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0880  ABC transporter related protein  42.21 
 
 		 309 aa  246  3e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1010  ABC transporter, ATP-binding protein  41.45 
 
 		 304 aa  246  3e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3232  ABC transporter related  43.42 
 
 		 311 aa  246  3e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.479641  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1630  ABC transporter  42.67 
 
 		 310 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0229972  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3855  ABC transporter, ATP-binding protein  43 
 
 		 310 aa  245  6e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.324637  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2615  ABC transporter, ATP-binding protein  43.28 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.762057  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2956  ABC transporter ATP-binding protein  44.04 
 
 		 321 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.513437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2764  ABC transporter related  43.23 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0067  ABC transporter related  41.64 
 
 		 319 aa  244  9.999999999999999e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.269646 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2687  ABC transporter related  43.87 
 
 		 308 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152044  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0722  ABC transporter related  43 
 
 		 305 aa  243  1.9999999999999999e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1778  ABC transporter related  42.95 
 
 		 320 aa  243  3e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.627055  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0755  ABC transporter related  42.67 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.96491 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0120  ABC transporter, ATP-binding protein  43.14 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.695477  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>