81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1530 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1530  hypothetical protein  100 
 
 		 361 aa  703    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31883  normal  0.466314 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2179  hypothetical protein  66.95 
 
 		 359 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.117736  hitchhiker  0.00445962 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1967  hypothetical protein  70.44 
 
 		 359 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.72287  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2471  hypothetical protein  58.47 
 
 		 365 aa  385  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.841094  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1033  hypothetical protein  53.08 
 
 		 357 aa  321  9.999999999999999e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0999  hypothetical protein  53.08 
 
 		 357 aa  320  1.9999999999999998e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2119  hypothetical protein  53.69 
 
 		 360 aa  316  3e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246315  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1416  hypothetical protein  50 
 
 		 354 aa  300  2e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.80798  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4271  hypothetical protein  41.64 
 
 		 348 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  0.990265 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3020  hypothetical protein  43.1 
 
 		 348 aa  253  4.0000000000000004e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1771  hypothetical protein  45.77 
 
 		 369 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3942  hypothetical protein  43.79 
 
 		 367 aa  250  3e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.32994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3703  hypothetical protein  44.75 
 
 		 364 aa  250  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3390  hypothetical protein  47.31 
 
 		 348 aa  249  5e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.244844  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6675  hypothetical protein  47.06 
 
 		 342 aa  248  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2411  hypothetical protein  46.69 
 
 		 363 aa  232  8.000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3784  hypothetical protein  43.2 
 
 		 336 aa  225  1e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.398301 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3518  hypothetical protein  44.98 
 
 		 355 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000767611 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2136  hypothetical protein  42.01 
 
 		 342 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.298918 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1724  hypothetical protein  41.64 
 
 		 344 aa  208  9e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.862423  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2120  hypothetical protein  43.81 
 
 		 340 aa  199  6e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1784  hypothetical protein  43.48 
 
 		 340 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.385363 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6217  hypothetical protein  48.05 
 
 		 336 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.24156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7087  hypothetical protein  46.88 
 
 		 337 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0500  hypothetical protein  38.08 
 
 		 352 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.150258 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2222  hypothetical protein  37.04 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0622508  normal  0.457104 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0569  hypothetical protein  37.04 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0638  hypothetical protein  35.28 
 
 		 369 aa  172  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.205162  normal  0.567566 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1936  hypothetical protein  42.86 
 
 		 338 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.394399  hitchhiker  0.0000381531 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2387  hypothetical protein  40.64 
 
 		 326 aa  151  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3464  hypothetical protein  45.79 
 
 		 334 aa  150  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.325472  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2326  hypothetical protein  30.56 
 
 		 347 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1967  hypothetical protein  29.01 
 
 		 353 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.650951 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2606  hypothetical protein  30.28 
 
 		 347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.16381  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01310  hypothetical protein  28.7 
 
 		 353 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00001579  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2303  hypothetical protein  28.7 
 
 		 353 aa  110  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000471514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1437  hypothetical protein  28.7 
 
 		 353 aa  110  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2324  conserved hypothetical protein  28.7 
 
 		 353 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000125192  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01299  hypothetical protein  28.7 
 
 		 353 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00002208  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1555  hypothetical protein  28.7 
 
 		 353 aa  110  5e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1533  hypothetical protein  28.7 
 
 		 353 aa  110  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1800  hypothetical protein  28.4 
 
 		 353 aa  108  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.824337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1758  hypothetical protein  33.03 
 
 		 359 aa  103  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2532  hypothetical protein  28 
 
 		 353 aa  100  5e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1899  hypothetical protein  28 
 
 		 353 aa  100  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.12937  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1791  hypothetical protein  28 
 
 		 353 aa  100  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0596  hypothetical protein  37.24 
 
 		 357 aa  98.6  1e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1421  membrane protein-like protein  31.74 
 
 		 405 aa  98.2  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.667551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3000  hypothetical protein  27.43 
 
 		 358 aa  98.2  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.974261  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1726  hypothetical protein  29.92 
 
 		 352 aa  97.1  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2475  hypothetical protein  28.95 
 
 		 397 aa  95.5  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2153  hypothetical protein  30.39 
 
 		 349 aa  94  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2618  hypothetical protein  29.33 
 
 		 353 aa  92.8  7e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.47564 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2733  hypothetical protein  25.44 
 
 		 406 aa  92.8  9e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.47044  normal  0.16271 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1809  hypothetical protein  29.24 
 
 		 353 aa  91.3  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.341639 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1870  hypothetical protein  29.6 
 
 		 353 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1644  hypothetical protein  24.43 
 
 		 406 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.684601 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1648  hypothetical protein  29.24 
 
 		 353 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000331531 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1466  hypothetical protein  28.88 
 
 		 353 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.484539  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1506  hypothetical protein  27.24 
 
 		 410 aa  90.9  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003164  DUF697 domain-containing protein  24.47 
 
 		 346 aa  90.9  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1808  hypothetical protein  29.24 
 
 		 353 aa  90.5  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000894217 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1230  hypothetical protein  33.13 
 
 		 345 aa  90.1  6e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01918  hypothetical protein  25.94 
 
 		 346 aa  89.4  8e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1610  hypothetical protein  24.27 
 
 		 424 aa  89.4  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0485  hypothetical protein  23.67 
 
 		 341 aa  88.6  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1621  hypothetical protein  27.24 
 
 		 406 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.570654  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3768  hypothetical protein  32.88 
 
 		 375 aa  87  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.427736  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2574  hypothetical protein  27.98 
 
 		 363 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.828972  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0925  hypothetical protein  27.05 
 
 		 339 aa  83.6  0.000000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2492  hypothetical protein  27.22 
 
 		 364 aa  72.8  0.000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0427055 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1811  hypothetical protein  28.62 
 
 		 401 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2665  hypothetical protein  29.27 
 
 		 370 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.781372  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3096  hypothetical protein  29.31 
 
 		 365 aa  64.7  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.361386  hitchhiker  0.000029211 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1558  hypothetical protein  25.07 
 
 		 368 aa  63.2  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.947174  hitchhiker  0.000134961 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1174  hypothetical protein  27.46 
 
 		 322 aa  60.8  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00139  hypothetical protein  27.07 
 
 		 382 aa  60.5  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1241  hypothetical protein  35.14 
 
 		 362 aa  59.7  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0326375 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2644  hypothetical protein  28.36 
 
 		 400 aa  59.7  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.582755 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2478  hypothetical protein  28.36 
 
 		 400 aa  53.1  0.000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00454827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2546  hypothetical protein  28.36 
 
 		 400 aa  52.4  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0282645 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>