More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1282 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1282  chaperonin Cpn10  100 
 
 
104 aa  206  6e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0543961  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5848  chaperonin Cpn10  85.58 
 
 
104 aa  181  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134005  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5039  chaperonin Cpn10  85.58 
 
 
104 aa  176  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.747065  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3033  co-chaperonin GroES  77.88 
 
 
104 aa  170  6.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.960902  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0535  co-chaperonin GroES  82.98 
 
 
96 aa  169  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.235794  normal  0.722093 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5326  co-chaperonin GroES  80.21 
 
 
96 aa  167  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.769005  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1770  chaperonin Cpn10  81.91 
 
 
95 aa  168  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0933044  normal  0.173989 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4783  co-chaperonin GroES  80.85 
 
 
96 aa  166  8e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0265575  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5250  co-chaperonin GroES  80.85 
 
 
96 aa  166  8e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.584342  normal  0.464773 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2504  co-chaperonin GroES  77.88 
 
 
104 aa  166  9e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0358  chaperonin Cpn10  84.78 
 
 
98 aa  166  9e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5581  chaperonin Cpn10  80.85 
 
 
95 aa  166  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0674  chaperonin Cpn10  80.85 
 
 
95 aa  166  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.248436  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0409  co-chaperonin GroES  84.78 
 
 
98 aa  165  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.52328 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3660  chaperonin Cpn10  78.12 
 
 
96 aa  165  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.39196  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6083  co-chaperonin GroES  84.78 
 
 
98 aa  165  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3335  chaperonin Cpn10  78.12 
 
 
96 aa  165  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5464  co-chaperonin GroES  74.04 
 
 
104 aa  164  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.835161  normal  0.183317 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7829  chaperonin Cpn10  77.66 
 
 
95 aa  163  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0471  co-chaperonin GroES  83.7 
 
 
98 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0516  co-chaperonin GroES  83.7 
 
 
98 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.218545 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1768  chaperonin Cpn10  76.6 
 
 
95 aa  161  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.939398  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2114  co-chaperonin GroES  76.84 
 
 
104 aa  161  3e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3375  chaperonin Cpn10  79.79 
 
 
95 aa  161  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0900877 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4151  co-chaperonin GroES  79.17 
 
 
96 aa  160  6e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0190602  normal  0.541056 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1737  co-chaperonin GroES  77.66 
 
 
95 aa  160  6e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.168742  hitchhiker  0.00175489 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4265  chaperonin Cpn10  69.23 
 
 
104 aa  160  8.000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.228969  normal  0.0528982 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1165  chaperonin Cpn10  77.66 
 
 
96 aa  159  9e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.731664  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0794  co-chaperonin GroES  75.53 
 
 
95 aa  159  9e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142401 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0740  co-chaperonin GroES  78.72 
 
 
95 aa  159  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0453  chaperonin Cpn10  78.72 
 
 
95 aa  159  1e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0272  co-chaperonin GroES  79.35 
 
 
96 aa  158  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3096  chaperonin Cpn10  72.12 
 
 
104 aa  159  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0196  co-chaperonin GroES  80.43 
 
 
98 aa  157  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5284  co-chaperonin GroES  68.27 
 
 
104 aa  157  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.262452 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2078  chaperonin Cpn10  72.12 
 
 
104 aa  157  6e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.354886  normal  0.301492 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0034  chaperonin Cpn10  76.6 
 
 
95 aa  155  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0295415  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2520  chaperone Hsp10, part of GroE chaperone system  75.53 
 
 
95 aa  155  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.691961  normal  0.971453 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0178  co-chaperonin GroES  79.35 
 
 
98 aa  155  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000749715  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2191  co-chaperonin GroES  67.62 
 
 
105 aa  155  2e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0586  chaperonin Cpn10  77.66 
 
 
95 aa  154  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.515387  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3027  chaperonin Cpn10  77.17 
 
 
121 aa  154  6e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1837  co-chaperonin GroES  72.34 
 
 
98 aa  153  8e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.747297  normal  0.0192495 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5829  10 KD chaperonin (protein CPN10)  76.09 
 
 
98 aa  152  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0158717  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1332  co-chaperonin GroES  72.34 
 
 
98 aa  152  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3233  co-chaperonin GroES  65.71 
 
 
105 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.211647  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4126  co-chaperonin GroES  71.28 
 
 
98 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505672  normal  0.752904 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2458  co-chaperonin GroES  66.35 
 
 
104 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1672  co-chaperonin GroES  71.74 
 
 
98 aa  151  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.723246  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1173  co-chaperonin GroES  78.26 
 
 
98 aa  150  4e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.749354  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4725  co-chaperonin GroES  71.74 
 
 
98 aa  150  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1177  co-chaperonin GroES  64.36 
 
 
105 aa  150  7e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.510717  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3195  co-chaperonin GroES  69.89 
 
 
98 aa  150  8e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0605  chaperonin Cpn10  74.47 
 
 
95 aa  150  8e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.131818 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2573  co-chaperonin GroES  69.57 
 
 
98 aa  149  1e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.320362  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2228  co-chaperonin GroES  69.15 
 
 
105 aa  149  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.145562  normal  0.505926 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2920  chaperonin 10 Kd subunit  68.93 
 
 
103 aa  148  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.907264  normal  0.269903 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2190  co-chaperonin GroES  71.28 
 
 
95 aa  147  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2310  co-chaperonin GroES  70.21 
 
 
95 aa  147  7e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2593  co-chaperonin GroES  67.02 
 
 
105 aa  146  7e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.458654  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0984  co-chaperonin GroES  70.21 
 
 
95 aa  147  7e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4586  co-chaperonin GroES  72.34 
 
 
95 aa  145  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.480478 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0161  chaperonin Cpn10  71.58 
 
 
104 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.327073  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3171  co-chaperonin GroES  59.62 
 
 
105 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.50399  normal  0.859314 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1043  chaperonin Cpn10  67.68 
 
 
105 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3359  co-chaperonin GroES  67.02 
 
 
95 aa  138  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.755845  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0596  co-chaperonin GroES  67.02 
 
 
95 aa  138  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.474477  normal  0.0912075 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0862  chaperonin Cpn10  66.67 
 
 
99 aa  139  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.000545681  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2928  chaperonin Cpn10  64.21 
 
 
96 aa  137  3.9999999999999997e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000296393  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4306  co-chaperonin GroES  66.32 
 
 
96 aa  137  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235031  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2803  co-chaperonin GroES  63.16 
 
 
95 aa  135  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000132343  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1098  chaperonin Cpn10/GroES  69.23 
 
 
101 aa  135  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000000347589  hitchhiker  0.000183313 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0549  co-chaperonin GroES  67.37 
 
 
95 aa  134  4e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000019989  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3714  co-chaperonin GroES  70.21 
 
 
97 aa  134  4e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.31168 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0296  chaperonin Cpn10  63.83 
 
 
97 aa  134  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.018883  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0028  co-chaperonin GroES  62.11 
 
 
95 aa  133  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  6.32588e-17  normal  0.625386 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3339  co-chaperonin GroES  62.11 
 
 
95 aa  132  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.148697  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0611  co-chaperonin GroES  70.83 
 
 
105 aa  131  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.506455  normal  0.35889 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0120  chaperonin Cpn10  65.26 
 
 
96 aa  131  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427234  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1132  co-chaperonin GroES  56.84 
 
 
96 aa  130  5e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000000135765  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3660  co-chaperonin GroES  65.96 
 
 
97 aa  129  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0336408  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3593  co-chaperonin GroES  65.96 
 
 
97 aa  129  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5660  co-chaperonin GroES  56.84 
 
 
96 aa  129  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00582828  hitchhiker  0.00523053 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3734  co-chaperonin GroES  65.96 
 
 
97 aa  129  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.619596  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2346  chaperonin Cpn10  66.32 
 
 
95 aa  129  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00216658  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0699  co-chaperonin GroES  61.05 
 
 
96 aa  128  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000000127096  unclonable  0.0000000000292135 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0248  chaperonin Cpn10  58.95 
 
 
96 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000171869  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0639  co-chaperonin GroES  59.38 
 
 
96 aa  129  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00560672  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6590  chaperonin Cpn10  63.16 
 
 
96 aa  128  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.870394  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0365  co-chaperonin GroES  57.29 
 
 
96 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000241312  hitchhiker  0.00832872 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0760  co-chaperonin GroES  56.84 
 
 
96 aa  128  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000383794  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0543  co-chaperonin GroES  61.05 
 
 
96 aa  128  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00172283  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0092  co-chaperonin GroES  56.84 
 
 
96 aa  128  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000241636  normal  0.390298 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0700  co-chaperonin GroES  55.79 
 
 
96 aa  127  4.0000000000000003e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.0126966 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0291  Chaperonin Cpn10  60.42 
 
 
96 aa  127  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0587447  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0232  chaperonin Cpn10  57.89 
 
 
96 aa  127  4.0000000000000003e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0678  co-chaperonin GroES  55.79 
 
 
96 aa  127  4.0000000000000003e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.651132  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1806  co-chaperonin GroES  53.68 
 
 
96 aa  127  5.0000000000000004e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265316  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2566  co-chaperonin GroES  55.79 
 
 
96 aa  127  6e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000246528  normal  0.0576287 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0658  co-chaperonin GroES  55.79 
 
 
96 aa  125  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.00000000933767  decreased coverage  0.00156326 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>