65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1230 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1230  patatin  100 
 
 		 358 aa  737    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.17654  normal  0.350334 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2292  patatin  47.6 
 
 		 344 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.977341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0548  patatin  47.01 
 
 		 344 aa  273  4.0000000000000004e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0555  patatin  41.86 
 
 		 343 aa  230  3e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0715173  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3237  patatin  36.75 
 
 		 371 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.537155 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3187  patatin  36.75 
 
 		 371 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3175  patatin  36.75 
 
 		 371 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.108248  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4351  patatin  34.8 
 
 		 312 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5594  Patatin  37.59 
 
 		 329 aa  159  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06340  patatin  37.71 
 
 		 308 aa  151  2e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6025  patatin  34.8 
 
 		 354 aa  144  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0870919  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0575  Patatin  37.04 
 
 		 336 aa  137  2e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1320  Patatin  37.24 
 
 		 367 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4663  patatin  32.24 
 
 		 333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.231863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1036  Patatin  35.78 
 
 		 337 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1374  patatin-related protein  29.23 
 
 		 366 aa  118  9.999999999999999e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.19767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0962  hypothetical protein  29.08 
 
 		 365 aa  116  5e-25  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1796  patatin  31.42 
 
 		 337 aa  116  6.9999999999999995e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.259053  normal  0.628114 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4648  Patatin  33.05 
 
 		 320 aa  112  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000569518 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2542  patatin  29.33 
 
 		 326 aa  112  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0165038  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0565  patatin family protein  28.3 
 
 		 302 aa  106  8e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0564  Patatin  27.97 
 
 		 351 aa  103  6e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0022  patatin family protein  33.91 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000233601  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0130  patatin  30.5 
 
 		 334 aa  99.8  7e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000566689  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0968  hypothetical protein  33.6 
 
 		 363 aa  97.4  3e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.381758 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0432  hypothetical protein  34.38 
 
 		 1002 aa  95.5  1e-18  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0267452 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5947  patatin  34.5 
 
 		 336 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.636899  normal  0.428638 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5143  patatin  29 
 
 		 324 aa  94.4  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.527098 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1585  patatin  31.42 
 
 		 311 aa  94  4e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.686597  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0119  patatin  30.39 
 
 		 390 aa  93.2  6e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0182  patatin  26.48 
 
 		 315 aa  91.7  2e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.117246  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4410  patatin  32.92 
 
 		 336 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.55652  normal  0.642235 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3957  patatin  32.92 
 
 		 336 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1918  patatin-like phospholipase  34.06 
 
 		 332 aa  89.7  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1667  patatin-like phospholipase  34.06 
 
 		 332 aa  89.7  6e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0593  patatin-like phospholipase  34.06 
 
 		 332 aa  89.7  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.562106  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1710  patatin-like phospholipase  34.06 
 
 		 375 aa  90.1  6e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0715  patatin-like phospholipase  34.06 
 
 		 332 aa  89.7  7e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.74596  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2236  patatin-like phospholipase  34.06 
 
 		 332 aa  89.7  7e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2320  patatin  34.06 
 
 		 397 aa  89.4  9e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.897754  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0727  patatin-like phospholipase  33.62 
 
 		 333 aa  89  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0749  patatin  31.84 
 
 		 326 aa  85.1  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1381  Patatin  29.31 
 
 		 377 aa  83.6  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.536122  hitchhiker  0.000759695 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1620  patatin  30.74 
 
 		 686 aa  82  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128083  normal  0.0419711 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1116  hypothetical protein  32.74 
 
 		 554 aa  79.7  0.00000000000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.249442 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03318  Patatin-like serine hydrolase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G06310)  28.51 
 
 		 1678 aa  77.4  0.0000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.555482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3245  patatin  27.08 
 
 		 374 aa  74.7  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0211  patatin  31.28 
 
 		 340 aa  71.6  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5257  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0952  patatin-like protein  25.15 
 
 		 340 aa  70.9  0.00000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1954  hypothetical protein  31.09 
 
 		 376 aa  70.1  0.00000000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.461887 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4294  patatin  29.31 
 
 		 382 aa  69.3  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0999  patatin  25.93 
 
 		 334 aa  64.7  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2010  patatin-like protein  28.35 
 
 		 342 aa  65.1  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.047223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2676  Patatin  25.41 
 
 		 446 aa  63.5  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1257  patatin  25.65 
 
 		 320 aa  62.8  0.000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3753  Patatin  27.6 
 
 		 356 aa  62.4  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_24547  predicted protein  38.3 
 
 		 2272 aa  61.6  0.00000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.733966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32074  predicted protein  45 
 
 		 714 aa  60.8  0.00000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0337279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_46193  predicted protein  44.26 
 
 		 1113 aa  53.5  0.000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1012  patatin  24.69 
 
 		 328 aa  48.1  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0216  patatin  24.63 
 
 		 252 aa  45.4  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0218  patatin  24.63 
 
 		 252 aa  45.1  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1881  Patatin  25.38 
 
 		 257 aa  45.4  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00591765  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10747  Patatin-like serine hydrolase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G07870)  33.72 
 
 		 615 aa  43.9  0.004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.487308 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05402  conserved hypothetical protein  23.53 
 
 		 350 aa  43.5  0.005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.924738  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>