209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0878 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0878  metallophosphoesterase  100 
 
 
425 aa  856    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6381  metallophosphoesterase  52.9 
 
 
422 aa  425  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.446574 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3216  putative DNA repair exonuclease  46.08 
 
 
418 aa  345  7e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0346  metallophosphoesterase  46.39 
 
 
418 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.45133  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3955  metallophosphoesterase  46.08 
 
 
418 aa  339  5.9999999999999996e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3493  metallophosphoesterase  43.54 
 
 
410 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0443  metallophosphoesterase  40.76 
 
 
411 aa  250  3e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1662  metallophosphoesterase  38.54 
 
 
429 aa  245  9.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.185631  normal  0.706151 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2340  metallophosphoesterase  37.89 
 
 
423 aa  244  1.9999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00187911 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1271  metallophosphoesterase  37.21 
 
 
411 aa  237  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1052  metallophosphoesterase  39.46 
 
 
416 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5506  metallophosphoesterase  37.76 
 
 
425 aa  226  7e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.562012  hitchhiker  0.0000451519 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0726  metallophosphoesterase  39.25 
 
 
412 aa  226  7e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.252632  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1460  metallophosphoesterase  36.18 
 
 
419 aa  225  9e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1185  metallophosphoesterase  38.66 
 
 
408 aa  224  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0161  metallophosphoesterase  37.69 
 
 
410 aa  224  3e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.254064 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1148  metallophosphoesterase  35.4 
 
 
416 aa  220  3.9999999999999997e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.809261  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3627  metallophosphoesterase  35.18 
 
 
407 aa  220  5e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0630322  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7589  metallophosphoesterase  35.42 
 
 
418 aa  219  7e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.691136 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1563  metallophosphoesterase  37.05 
 
 
430 aa  219  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0050  metallophosphoesterase  38.74 
 
 
416 aa  218  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1000  phosphoesterase YhaO-putative DNA repair exonuclease  37.56 
 
 
416 aa  218  2e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5337  metallophosphoesterase  35.24 
 
 
416 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00542986 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1990  metallophosphoesterase  38.19 
 
 
425 aa  215  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.217213  normal  0.336367 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5979  metallophosphoesterase  37.13 
 
 
416 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2263  metallophosphoesterase  38.07 
 
 
412 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5734  metallophosphoesterase  36.84 
 
 
416 aa  213  7e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.458134  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5855  metallophosphoesterase  37.76 
 
 
416 aa  213  7e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0663703  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6221  metallophosphoesterase  37.76 
 
 
416 aa  213  7e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799134  hitchhiker  0.00232711 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6697  metallophosphoesterase  37.46 
 
 
416 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000065461  normal  0.239788 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6632  metallophosphoesterase  36.98 
 
 
416 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000403777  normal  0.125865 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1093  putative exonuclease  36.15 
 
 
434 aa  208  1e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.144475  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1260  metallophosphoesterase  36.23 
 
 
436 aa  206  5e-52  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00868935  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3539  metallophosphoesterase  35.07 
 
 
404 aa  206  7e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.892373 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2831  metallophosphoesterase  33.74 
 
 
408 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.470462  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4580  metallophosphoesterase  35.65 
 
 
429 aa  194  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2438  metallophosphoesterase  37.66 
 
 
405 aa  194  3e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3015  metallophosphoesterase  35 
 
 
449 aa  191  2e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.499435  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0070  phosphoesterase  31.67 
 
 
422 aa  186  7e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0925  metallophosphoesterase  32.59 
 
 
413 aa  182  1e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0931  DNA repair exonuclease  31.68 
 
 
432 aa  176  6e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1008  DNA repair exonuclease family protein  32.3 
 
 
413 aa  176  7e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2891  metallophosphoesterase  33.24 
 
 
448 aa  176  7e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0943  DNA repair exonuclease family protein  32.3 
 
 
432 aa  176  8e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0902  DNA repair exonuclease  36.16 
 
 
413 aa  176  9e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.175576  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0918  DNA repair exonuclease  31.99 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1109  DNA repair exonuclease family protein  32.09 
 
 
413 aa  173  5e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4251  DNA repair exonuclease family protein  31.99 
 
 
413 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000236755 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1178  DNA repair exonuclease family protein  31.99 
 
 
413 aa  172  1e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.955279  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3623  Ser/Thr protein phosphatase family protein  31.48 
 
 
465 aa  170  4e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1050  DNA repair exonuclease family protein  31.37 
 
 
413 aa  169  6e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.782479  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1084  DNA repair exonuclease family protein  31.21 
 
 
413 aa  168  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.2742100000000004e-56 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0794  metallophosphoesterase  30.99 
 
 
413 aa  166  8e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1245  metallophosphoesterase  32.34 
 
 
436 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1267  metallophosphoesterase  41.13 
 
 
394 aa  160  4e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.007502  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1380  DNA repair exonuclease family protein  36.91 
 
 
398 aa  157  3e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00026771  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0027  metallophosphoesterase  32.73 
 
 
428 aa  153  5e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.747459  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1897  metallophosphoesterase  34.32 
 
 
398 aa  152  8e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1931  metallophosphoesterase  34.32 
 
 
398 aa  152  8e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1745  metallophosphoesterase  30.99 
 
 
420 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2312  metallophosphoesterase  36.27 
 
 
513 aa  145  9e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06370  metallophosphoesterase  31.3 
 
 
464 aa  140  4.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000356218  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27860  DNA repair exonuclease  33.02 
 
 
420 aa  140  4.999999999999999e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.369857  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0728  DNA repair exonuclease  32.9 
 
 
390 aa  140  4.999999999999999e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.040475  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1450  DNA repair exonuclease  33.05 
 
 
407 aa  137  3.0000000000000003e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2127  serine/threonine protein phosphatase family protein  29.47 
 
 
379 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0736  metallophosphoesterase  29.72 
 
 
435 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00547019  normal  0.203895 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2416  Ser/Thr protein phosphatase family protein  27.9 
 
 
379 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.690282  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1223  metallophosphoesterase  29.15 
 
 
376 aa  113  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000483275 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1421  nuclease SbcCD, D subunit, putative  30.88 
 
 
376 aa  107  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0828  metallophosphoesterase  29.49 
 
 
428 aa  101  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2411  metallophosphoesterase  26.6 
 
 
381 aa  97.8  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3236  metallophosphoesterase  26.89 
 
 
434 aa  93.2  8e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3282  metallophosphoesterase  26.09 
 
 
368 aa  86.3  9e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1255  metallophosphoesterase  25.74 
 
 
455 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.232414 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0479  metallophosphoesterase  28.22 
 
 
374 aa  81.6  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1710  metallophosphoesterase  29.32 
 
 
423 aa  80.9  0.00000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0031  metallophosphoesterase  24.27 
 
 
379 aa  80.5  0.00000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0749  metallophosphoesterase  25.71 
 
 
397 aa  73.6  0.000000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  27.17 
 
 
381 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1789  metallophosphoesterase  26.06 
 
 
409 aa  68.6  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1573  metallophosphoesterase  27.4 
 
 
391 aa  68.9  0.0000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.331746  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  25.09 
 
 
381 aa  67  0.0000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0493  metallophosphoesterase  21.96 
 
 
382 aa  66.6  0.0000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1625  metallophosphoesterase  25.93 
 
 
392 aa  65.1  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.504107  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1475  nuclease SbcCD, D subunit  26.63 
 
 
442 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0190739  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  24.09 
 
 
381 aa  65.1  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0712  metallophosphoesterase  25.24 
 
 
399 aa  64.3  0.000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.000226711  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  26.32 
 
 
379 aa  63.9  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1060  DNA repair exonuclease  25.56 
 
 
370 aa  63.5  0.000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00537439  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  24.91 
 
 
380 aa  62.8  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0069  metallophosphoesterase  25.4 
 
 
381 aa  61.6  0.00000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2302  metallophosphoesterase  25.16 
 
 
421 aa  61.2  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0776  metallophosphoesterase  22.43 
 
 
337 aa  60.8  0.00000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3342  DNA repair exonuclease-like protein  27.84 
 
 
442 aa  60.5  0.00000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.952092  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  24.63 
 
 
390 aa  60.5  0.00000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  26.35 
 
 
386 aa  60.8  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1921  metallophosphoesterase  24.18 
 
 
421 aa  59.7  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.666866 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  23.96 
 
 
385 aa  59.3  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1304  nuclease SbcCD, D subunit  26.75 
 
 
418 aa  58.5  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.611964  normal  0.601138 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>