199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0870 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0870  endonuclease/exonuclease/phosphatase  100 
 
 
287 aa  570  1e-161  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282627  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1059  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  64.42 
 
 
285 aa  338  5e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0432754  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1324  endonuclease/exonuclease/phosphatase  64.91 
 
 
285 aa  338  5e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0997  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  63.67 
 
 
285 aa  335  3.9999999999999995e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0846  endonuclease/exonuclease/phosphatase  57.47 
 
 
292 aa  298  8e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6773  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  55.6 
 
 
271 aa  287  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67063  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0003  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  54.55 
 
 
299 aa  285  4e-76  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5868  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  54.28 
 
 
271 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.432007  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2877  hypothetical protein  52.61 
 
 
277 aa  258  6e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.375079  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2394  endonuclease/exonuclease/phosphatase  57.58 
 
 
240 aa  228  6e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0672115  normal  0.448912 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0472  hypothetical protein  55.84 
 
 
240 aa  222  6e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2124  endonuclease/exonuclease/phosphatase  55.84 
 
 
240 aa  222  6e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.908976 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3204  endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.86 
 
 
259 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0239  endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.37 
 
 
258 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.577245  normal  0.289646 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1524  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.77 
 
 
228 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2325  endonuclease/exonuclease/phosphatase  41.05 
 
 
231 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.415298 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2132  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.91 
 
 
226 aa  145  6e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2520  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40 
 
 
232 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1916  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.26 
 
 
230 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4059  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.33 
 
 
260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.67832 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1473  hypothetical protein  38.34 
 
 
273 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.257293  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0692  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.67 
 
 
245 aa  132  6.999999999999999e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.221154  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0420  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.49 
 
 
236 aa  129  6e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01462  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.35 
 
 
233 aa  122  6e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.78 
 
 
328 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.215897  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4697  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.37 
 
 
328 aa  120  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0201  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.4 
 
 
264 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4845  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.35 
 
 
283 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.346949  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4045  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.8 
 
 
242 aa  115  6e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5493  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.26 
 
 
278 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.306278  hitchhiker  0.00234729 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5411  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.43 
 
 
250 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.746518 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2670  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.68 
 
 
260 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.246537  normal  0.0515035 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.83 
 
 
263 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42531  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6501  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.83 
 
 
263 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126817  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6090  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.83 
 
 
258 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18128  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5423  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.07 
 
 
242 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313531  hitchhiker  0.0062358 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5127  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.92 
 
 
242 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.0539363 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0383  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.56 
 
 
266 aa  111  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6314  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.53 
 
 
269 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0901897 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5588  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.53 
 
 
269 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15644  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2865  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.34 
 
 
261 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1188  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.76 
 
 
837 aa  107  3e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2772  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.34 
 
 
261 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.472556  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3731  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.51 
 
 
243 aa  106  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2363  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.48 
 
 
255 aa  106  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5005  hypothetical protein  35.25 
 
 
245 aa  105  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3930  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.73 
 
 
247 aa  102  6e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0720293 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0900  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.24 
 
 
257 aa  99  8e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2679  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.68 
 
 
282 aa  98.6  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4026  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.45 
 
 
265 aa  98.6  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2727  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.38 
 
 
246 aa  98.2  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.216689  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0791  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.68 
 
 
808 aa  97.8  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.548418  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1514  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.56 
 
 
246 aa  95.5  8e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.126297 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1880  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  37.6 
 
 
338 aa  94  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.850381  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1972  metal-dependent hydrolase  37.6 
 
 
338 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1422  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.91 
 
 
235 aa  92.4  7e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0408  putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  37.6 
 
 
1153 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352854  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1140  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.33 
 
 
231 aa  91.3  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0496  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.47 
 
 
246 aa  89  9e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1343  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.34 
 
 
279 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591358  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2216  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.73 
 
 
243 aa  87  3e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0194229  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21370  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.08 
 
 
281 aa  85.5  9e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1327  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.13 
 
 
245 aa  84.7  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51669  hitchhiker  0.00270426 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3633  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.68 
 
 
252 aa  80.1  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0240015  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4120  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.49 
 
 
250 aa  79  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0445  endonuclease / exonuclease / phosphatase family protein  32.64 
 
 
251 aa  77  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.625659 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5450  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.34 
 
 
257 aa  75.9  0.0000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2799  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.39 
 
 
244 aa  75.9  0.0000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3253  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.4 
 
 
253 aa  75.5  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.378001  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0877  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.92 
 
 
255 aa  75.1  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.23458  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0806  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.92 
 
 
255 aa  75.1  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.636912  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0442  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.62 
 
 
262 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0008  hypothetical protein  31.54 
 
 
244 aa  74.3  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000326697  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0080  hypothetical protein  29.02 
 
 
302 aa  71.2  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3760  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.57 
 
 
249 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1072  hypothetical protein  31.42 
 
 
270 aa  70.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.348031  normal  0.384131 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0086  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.24 
 
 
257 aa  70.5  0.00000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3513  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.61 
 
 
236 aa  69.7  0.00000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00703913  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0469  hypothetical protein  32.08 
 
 
248 aa  68.9  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744864  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24830  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.51 
 
 
276 aa  68.2  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.669671  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3653  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.17 
 
 
249 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.477132  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1299  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.58 
 
 
252 aa  68.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5198  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.79 
 
 
278 aa  68.2  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.440175 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2238  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.48 
 
 
251 aa  68.6  0.0000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0359  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.55 
 
 
248 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0344  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.86 
 
 
248 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0534  hypothetical protein  26.74 
 
 
257 aa  67.4  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0510  hypothetical protein  26.74 
 
 
257 aa  67  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0013  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.08 
 
 
242 aa  66.6  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.914403  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3278  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.16 
 
 
261 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0381  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.11 
 
 
251 aa  65.9  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.853038  normal  0.111284 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2380  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.46 
 
 
251 aa  64.7  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0026  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.69 
 
 
267 aa  64.7  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3724  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.03 
 
 
279 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.236792  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2631  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.89 
 
 
257 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.363839 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5307  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.13 
 
 
244 aa  63.9  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0048  hypothetical protein  27.84 
 
 
256 aa  63.2  0.000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00965819  normal  0.1661 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2284  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.9 
 
 
262 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0656369  hitchhiker  0.000754964 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2495  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.91 
 
 
257 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0938  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  28.92 
 
 
253 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>