37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0811 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0811  RDD domain-containing protein  100 
 
 		 154 aa  301  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.610403 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1112  RDD domain containing protein  72.67 
 
 		 152 aa  218  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1261  RDD domain containing protein  71.33 
 
 		 152 aa  216  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.295928 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1602  hypothetical protein  66 
 
 		 152 aa  204  4e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2537  RDD domain-containing protein  49.68 
 
 		 156 aa  140  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.92943  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1128  RDD domain-containing protein  48.68 
 
 		 152 aa  140  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0756  hypothetical protein  47.33 
 
 		 156 aa  136  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.840052  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0751  hypothetical protein  47.33 
 
 		 156 aa  136  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2622  RDD  41.38 
 
 		 180 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.72868  normal  0.883722 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2659  hypothetical protein  41.38 
 
 		 185 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.663395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1910  hypothetical protein  41.01 
 
 		 179 aa  106  1e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.278125  normal  0.807288 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2241  hypothetical protein  40.29 
 
 		 179 aa  103  6e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0821619  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2987  RDD domain containing protein  38.85 
 
 		 175 aa  103  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4656  hypothetical protein  39.73 
 
 		 181 aa  103  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2650  RDD  40.58 
 
 		 188 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4293  RDD domain-containing protein  40.56 
 
 		 181 aa  98.6  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2120  RDD domain containing protein  40 
 
 		 157 aa  95.5  3e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2885  RDD domain-containing protein  38.41 
 
 		 175 aa  94.4  6e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250053 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4760  RDD domain containing protein  37.88 
 
 		 164 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.724006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4610  RDD domain containing protein  37.88 
 
 		 164 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.830489  normal  0.318012 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4240  RDD domain-containing protein  37.88 
 
 		 164 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1205  RDD domain-containing protein  42.65 
 
 		 160 aa  71.6  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7575  RDD domain containing protein  38.24 
 
 		 173 aa  70.5  0.000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.724315  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6837  RDD domain-containing protein  36.76 
 
 		 177 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0883  RDD domain-containing protein  35.62 
 
 		 143 aa  65.1  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.188299 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1176  RDD domain-containing protein  32.24 
 
 		 150 aa  57.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1297  RDD domain-containing protein  31.58 
 
 		 150 aa  57.4  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2640  hypothetical protein  32.19 
 
 		 150 aa  57  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.253038  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5633  RDD domain-containing protein  32.58 
 
 		 162 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.832887  normal  0.15374 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0238  RDD domain-containing protein  32.86 
 
 		 164 aa  51.2  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1083  RDD domain containing protein  28.77 
 
 		 146 aa  47  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.293263  normal  0.491437 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1904  RDD  28.57 
 
 		 149 aa  47  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.68973 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1844  RDD  31.06 
 
 		 173 aa  46.2  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.353991  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4809  RDD  26.58 
 
 		 261 aa  44.3  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000284972  normal  0.915687 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0277  RDD domain containing protein  28.89 
 
 		 217 aa  43.5  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.666159  normal  0.0986894 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0170  RDD domain-containing protein  25.85 
 
 		 145 aa  42  0.003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000000534855  decreased coverage  0.00967799 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1148  RDD domain containing protein  28.38 
 
 		 185 aa  40.8  0.008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00101829  hitchhiker  0.000000000000525817 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>