158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0675 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0675  hypothetical protein  100 
 
 		 193 aa  392  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.179061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1144  protein of unknown function DUF88  93.68 
 
 		 193 aa  363  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1440  hypothetical protein  93.55 
 
 		 192 aa  361  3e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0991  protein of unknown function DUF88  91.98 
 
 		 195 aa  356  9.999999999999999e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.727303  normal  0.631943 
 
 
-
 
NC_004310  BR0649  hypothetical protein  84.24 
 
 		 191 aa  326  1.0000000000000001e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2638  hypothetical protein  82.54 
 
 		 191 aa  325  3e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0944  hypothetical protein  83.06 
 
 		 194 aa  317  5e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0294476  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3836  hypothetical protein  75.98 
 
 		 202 aa  286  1e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2447  hypothetical protein  73.22 
 
 		 203 aa  285  4e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.728429 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1000  protein of unknown function DUF88  74.01 
 
 		 205 aa  283  1.0000000000000001e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00612385 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3517  protein of unknown function DUF88  74.58 
 
 		 218 aa  280  6.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0650346 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3193  hypothetical protein  74.58 
 
 		 218 aa  280  6.000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.198196  normal  0.951691 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1893  hypothetical protein  73.86 
 
 		 213 aa  279  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  hitchhiker  0.00176101 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3389  protein of unknown function DUF88  74.01 
 
 		 217 aa  278  4e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1924  hypothetical protein  72.22 
 
 		 205 aa  276  1e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.467688 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4689  hypothetical protein  70.27 
 
 		 217 aa  276  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.501693  normal  0.101496 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2865  hypothetical protein  69.02 
 
 		 206 aa  275  3e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.414585  normal  0.0571664 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2257  hypothetical protein  71.91 
 
 		 206 aa  275  4e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2633  hypothetical protein  69.19 
 
 		 208 aa  273  8e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0521932  normal  0.18275 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2645  hypothetical protein  70.56 
 
 		 228 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0422082  hitchhiker  0.00814137 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0033  hypothetical protein  70.49 
 
 		 216 aa  272  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0895202 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0035  protein of unknown function DUF88  70.56 
 
 		 219 aa  271  3e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.153842  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2966  protein of unknown function DUF88  69.66 
 
 		 216 aa  270  7e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.180481  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2606  hypothetical protein  70 
 
 		 209 aa  270  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0253982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1859  hypothetical protein  66.67 
 
 		 214 aa  264  5e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00561567  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1723  hypothetical protein  66.12 
 
 		 207 aa  263  8.999999999999999e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.761661  normal  0.216447 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1403  hypothetical protein  68.36 
 
 		 183 aa  259  2e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.175354 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1667  hypothetical protein  68.13 
 
 		 190 aa  258  3e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.225518  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0300  hypothetical protein  68.13 
 
 		 190 aa  258  3e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.793071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2579  hypothetical protein  67.58 
 
 		 190 aa  258  4e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00308857 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2568  hypothetical protein  64.84 
 
 		 189 aa  254  5e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000124155  unclonable  0.0000000364355 
 
 
 
NC_007802  Jann_0511  hypothetical protein  69.77 
 
 		 191 aa  253  2.0000000000000002e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0191  protein of unknown function DUF88  66.28 
 
 		 190 aa  245  3e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.656329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0528  hypothetical protein  62.7 
 
 		 190 aa  242  3e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0275005  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0379  protein of unknown function DUF88  52.55 
 
 		 203 aa  228  5e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.31368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1578  hypothetical protein  59.32 
 
 		 179 aa  224  6e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0544432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1877  hypothetical protein  57.71 
 
 		 194 aa  218  5e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000471771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1835  hypothetical protein  41.52 
 
 		 194 aa  132  3.9999999999999996e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1143  hypothetical protein  36.61 
 
 		 198 aa  116  1.9999999999999998e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4859  hypothetical protein  34.76 
 
 		 210 aa  110  9e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0181079  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2722  hypothetical protein  34.76 
 
 		 209 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.353362  normal  0.105632 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3333  protein of unknown function DUF88  35.87 
 
 		 207 aa  109  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.258648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1891  hypothetical protein  40 
 
 		 186 aa  108  4.0000000000000004e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.248989  normal  0.794198 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3991  protein of unknown function DUF88  35.43 
 
 		 226 aa  107  8.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4033  protein of unknown function DUF88  35.43 
 
 		 226 aa  107  8.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.424874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2110  hypothetical protein  37.14 
 
 		 173 aa  106  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.850864  normal  0.350459 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1805  hypothetical protein  34.39 
 
 		 204 aa  106  2e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000048787 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0096  protein of unknown function DUF88  34.44 
 
 		 201 aa  105  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.263134 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3645  protein of unknown function DUF88  36.26 
 
 		 180 aa  104  7e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4322  hypothetical protein  36.47 
 
 		 173 aa  103  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.31115  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4322  hypothetical protein  36.31 
 
 		 171 aa  103  2e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.833366  normal  0.664553 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1847  protein of unknown function DUF88  36.26 
 
 		 178 aa  102  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1873  protein of unknown function DUF88  36.26 
 
 		 178 aa  102  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.769697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4688  protein of unknown function DUF88  36.9 
 
 		 172 aa  100  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.706781  normal  0.898673 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2008  protein of unknown function DUF88  39.58 
 
 		 304 aa  99.8  2e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0888225  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2466  hypothetical protein  35.88 
 
 		 228 aa  99.8  2e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2303  protein of unknown function DUF88  36.21 
 
 		 168 aa  98.6  4e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1943  hypothetical protein  36.16 
 
 		 236 aa  98.6  5e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.423508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0482  hypothetical protein  36.26 
 
 		 287 aa  96.3  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.790774  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0489  protein of unknown function DUF88  36.88 
 
 		 287 aa  90.1  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0433  protein of unknown function DUF88  34.04 
 
 		 294 aa  87.4  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0526  hypothetical protein  35.19 
 
 		 295 aa  85.5  5e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.491668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1195  protein of unknown function DUF88  31.32 
 
 		 176 aa  81.3  0.000000000000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2805  hypothetical protein  34.68 
 
 		 189 aa  80.5  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0165  protein of unknown function DUF88  32.52 
 
 		 343 aa  80.1  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.334163 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5380  protein of unknown function DUF88  31.87 
 
 		 356 aa  78.2  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.458157 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2781  hypothetical protein  30.34 
 
 		 190 aa  77.4  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.130399  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0992  protein of unknown function DUF88  31.76 
 
 		 195 aa  75.1  0.0000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000104741  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0663  hypothetical protein  31.68 
 
 		 318 aa  75.1  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0812  protein of unknown function DUF88  31.68 
 
 		 318 aa  75.1  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0671  hypothetical protein  29.47 
 
 		 192 aa  74.3  0.0000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.420654  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2873  protein of unknown function DUF88  30.34 
 
 		 213 aa  74.3  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0796  protein of unknown function DUF88  33.94 
 
 		 165 aa  70.9  0.00000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1654  protein of unknown function DUF88  30.18 
 
 		 195 aa  70.1  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0466931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2746  protein of unknown function DUF88  33.54 
 
 		 165 aa  69.7  0.00000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0482662  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0311  hypothetical protein  34.82 
 
 		 274 aa  68.6  0.00000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.968362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0945  hypothetical protein  30.12 
 
 		 181 aa  68.2  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.279417 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6284  hypothetical protein  71.11 
 
 		 48 aa  67.4  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0217301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6243  hypothetical protein  38.46 
 
 		 272 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.77662 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2790  hypothetical protein  31.85 
 
 		 157 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1195  protein of unknown function DUF88  32.73 
 
 		 157 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1173  hypothetical protein  30.57 
 
 		 157 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.751958 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3175  hypothetical protein  32.73 
 
 		 157 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2661  protein of unknown function DUF88  30.21 
 
 		 181 aa  65.9  0.0000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0000184224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3319  hypothetical protein  32.73 
 
 		 157 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.821326 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3176  hypothetical protein  31.85 
 
 		 157 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3258  hypothetical protein  31.25 
 
 		 157 aa  65.1  0.0000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0129193  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0673  protein of unknown function DUF88  31.29 
 
 		 165 aa  64.7  0.0000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.696503  normal  0.0525429 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1028  hypothetical protein  29.03 
 
 		 157 aa  63.5  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.873196  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12750  hypothetical protein  29.38 
 
 		 167 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.019537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0372  hypothetical protein  30.38 
 
 		 184 aa  62.8  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000170684  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3730  hypothetical protein  30.38 
 
 		 159 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1710  hypothetical protein  25.79 
 
 		 158 aa  62.4  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1157  hypothetical protein  28.75 
 
 		 167 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0111181  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0224  protein of unknown function DUF88  31.91 
 
 		 165 aa  61.2  0.000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.121246  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3179  protein of unknown function DUF88  30.06 
 
 		 165 aa  61.2  0.000000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.488088  normal  0.175977 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4301  hypothetical protein  30.38 
 
 		 158 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000509766  normal  0.483596 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1154  hypothetical protein  30.49 
 
 		 157 aa  61.2  0.000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.215618  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4925  hypothetical protein  29.11 
 
 		 159 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1148  hypothetical protein  28.48 
 
 		 157 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.882158  normal  0.661089 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>