226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0596 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_0982  hypothetical protein  71.46 
 
 
500 aa  716    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0596  hypothetical protein  100 
 
 
517 aa  1063    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0857  hypothetical protein  71.46 
 
 
500 aa  714    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.220495  normal  0.340098 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3863  hypothetical protein  64.34 
 
 
491 aa  624  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2948  hypothetical protein  60.66 
 
 
492 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3269  hypothetical protein  62.17 
 
 
483 aa  590  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2335  hypothetical protein  61.07 
 
 
491 aa  587  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.331723 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0997  hypothetical protein  59.02 
 
 
491 aa  586  1e-166  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2495  hypothetical protein  58.81 
 
 
492 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.469671  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4843  protein of unknown function UPF0061  57.57 
 
 
502 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287354  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3454  hypothetical protein  59.27 
 
 
492 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160092  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4892  hypothetical protein  59.26 
 
 
491 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.856599  hitchhiker  0.00960553 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5402  hypothetical protein  59.11 
 
 
498 aa  567  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0297  hypothetical protein  57.14 
 
 
492 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0945  hypothetical protein  55.96 
 
 
505 aa  559  1e-158  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.600857  normal  0.567123 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4049  hypothetical protein  59.92 
 
 
491 aa  561  1e-158  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1167  hypothetical protein  60.24 
 
 
494 aa  558  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4863  hypothetical protein  58.87 
 
 
497 aa  553  1e-156  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1901  hypothetical protein  59.1 
 
 
481 aa  550  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5348  hypothetical protein  58.47 
 
 
497 aa  549  1e-155  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2958  hypothetical protein  55.17 
 
 
505 aa  543  1e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2375  hypothetical protein  57.87 
 
 
481 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.645275  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1035  hypothetical protein  57.87 
 
 
481 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.414237  normal 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0019  hypothetical protein  52.42 
 
 
507 aa  537  1e-151  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2214  hypothetical protein  53.48 
 
 
491 aa  535  1e-151  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000439829  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0716  protein of unknown function UPF0061  55.74 
 
 
491 aa  536  1e-151  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1045  hypothetical protein  55.1 
 
 
494 aa  536  1e-151  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0432954 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3508  hypothetical protein  53.48 
 
 
488 aa  537  1e-151  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3307  hypothetical protein  52.46 
 
 
488 aa  533  1e-150  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3222  hypothetical protein  52.66 
 
 
488 aa  532  1e-150  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3567  hypothetical protein  52.46 
 
 
488 aa  533  1e-150  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0519  hypothetical protein  57.79 
 
 
491 aa  533  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0677  protein of unknown function UPF0061  57.79 
 
 
491 aa  533  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.377469 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3221  hypothetical protein  53.28 
 
 
488 aa  532  1e-150  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0963189  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1740  hypothetical protein  53.28 
 
 
488 aa  533  1e-150  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0492514 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3523  hypothetical protein  52.46 
 
 
488 aa  533  1e-150  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.766796 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0691  hypothetical protein  52.61 
 
 
507 aa  531  1e-149  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300324  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1157  protein of unknown function UPF0061  56.17 
 
 
481 aa  530  1e-149  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.240564  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3529  hypothetical protein  52.05 
 
 
488 aa  529  1e-149  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3522  hypothetical protein  52.25 
 
 
488 aa  526  1e-148  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.202942  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3274  hypothetical protein  51.84 
 
 
488 aa  527  1e-148  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.456821  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2160  protein of unknown function UPF0061  53.02 
 
 
491 aa  521  1e-146  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000219883  normal  0.028936 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1318  hypothetical protein  54.3 
 
 
485 aa  515  1.0000000000000001e-145  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3772  hypothetical protein  52.78 
 
 
493 aa  511  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0310  hypothetical protein  54.03 
 
 
499 aa  506  9.999999999999999e-143  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0192  protein of unknown function UPF0061  53.55 
 
 
500 aa  500  1e-140  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.212573  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1802  hypothetical protein  53.59 
 
 
480 aa  501  1e-140  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.322883 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2755  hypothetical protein  52.32 
 
 
497 aa  497  1e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0823  hypothetical protein  51.96 
 
 
493 aa  489  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0926  hypothetical protein  54.23 
 
 
472 aa  490  1e-137  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.474038 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2521  hypothetical protein  52.66 
 
 
483 aa  489  1e-137  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.243145 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4058  hypothetical protein  53.17 
 
 
471 aa  481  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3434  protein of unknown function UPF0061  52.13 
 
 
512 aa  472  1e-132  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.42028  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1512  protein of unknown function UPF0061  48.67 
 
 
485 aa  468  1.0000000000000001e-131  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.385999  normal  0.55294 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0997  hypothetical protein  47.45 
 
 
484 aa  467  9.999999999999999e-131  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00113309  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2436  protein of unknown function UPF0061  51.69 
 
 
494 aa  462  1e-129  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000535326  normal  0.0221167 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0041  hypothetical protein  47.95 
 
 
490 aa  461  9.999999999999999e-129  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0040  hypothetical protein  47.95 
 
 
490 aa  461  9.999999999999999e-129  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5202  hypothetical protein  52.26 
 
 
481 aa  451  1e-125  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.177002  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5290  hypothetical protein  52.26 
 
 
481 aa  451  1e-125  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.689507  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5772  hypothetical protein  50.53 
 
 
482 aa  451  1e-125  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.927305  decreased coverage  0.00684565 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5582  hypothetical protein  52.26 
 
 
481 aa  451  1e-125  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0331562  normal  0.339627 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1059  hypothetical protein  50.96 
 
 
485 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1564  hypothetical protein  49.59 
 
 
487 aa  443  1e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.418835  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2066  protein of unknown function UPF0061  49.15 
 
 
491 aa  434  1e-120  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000546144 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1567  hypothetical protein  47.15 
 
 
484 aa  431  1e-119  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.288237  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4238  hypothetical protein  44.97 
 
 
501 aa  422  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.263052  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1790  protein of unknown function UPF0061  49.69 
 
 
486 aa  421  1e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1192  protein of unknown function UPF0061  44.88 
 
 
492 aa  393  1e-108  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20050  hypothetical protein  47.38 
 
 
498 aa  392  1e-107  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5118  hypothetical protein  43.47 
 
 
486 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.380647  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5068  hypothetical protein  42 
 
 
540 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3122  hypothetical protein  42.91 
 
 
506 aa  384  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4941  hypothetical protein  43.09 
 
 
486 aa  385  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0398  hypothetical protein  42.36 
 
 
486 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2463  hypothetical protein  43.51 
 
 
483 aa  375  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.560083  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1019  hypothetical protein  42.51 
 
 
488 aa  375  1e-102  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586805 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1840  hypothetical protein  42.63 
 
 
487 aa  373  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1734  hypothetical protein  42.89 
 
 
483 aa  372  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1924  hypothetical protein  42.66 
 
 
518 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.064946  normal  0.732324 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2164  hypothetical protein  43.62 
 
 
480 aa  370  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.649385  normal  0.541556 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1456  hypothetical protein  42.35 
 
 
529 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0629194  hitchhiker  0.0000911668 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1497  hypothetical protein  42.94 
 
 
529 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0834231  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1931  hypothetical protein  42.17 
 
 
522 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0356725  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6171  hypothetical protein  42.17 
 
 
522 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1366  hypothetical protein  43.06 
 
 
522 aa  367  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.389221  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1026  hypothetical protein  43.03 
 
 
505 aa  366  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.260579  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1908  hypothetical protein  42.17 
 
 
522 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0738688  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2276  hypothetical protein  43.35 
 
 
518 aa  365  1e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.391464  normal  0.115261 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3632  protein of unknown function UPF0061  41.39 
 
 
464 aa  363  3e-99  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15540  hypothetical protein  44.14 
 
 
459 aa  363  4e-99  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00170521  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2297  hypothetical protein  42.97 
 
 
525 aa  363  6e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.398806  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1826  hypothetical protein  42.54 
 
 
522 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.469331  normal  0.512842 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2765  hypothetical protein  42.89 
 
 
483 aa  362  7.0000000000000005e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.862973  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2457  hypothetical protein  42.97 
 
 
521 aa  362  1e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5209  hypothetical protein  42.54 
 
 
540 aa  361  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.356256 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1484  hypothetical protein  41.86 
 
 
478 aa  361  2e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2569  hypothetical protein  40.49 
 
 
484 aa  361  2e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000577129  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2576  hypothetical protein  40.49 
 
 
484 aa  361  2e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00357647  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2583  hypothetical protein  40.49 
 
 
484 aa  361  2e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.109639  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>