More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0394 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_3033  FAD linked oxidase domain-containing protein  67.44 
 
 		 477 aa  660    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.491318  normal  0.0473445 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4582  FAD linked oxidase domain protein  68.28 
 
 		 477 aa  669    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000242662  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0394  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  100 
 
 		 479 aa  970    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0534989  normal  0.413776 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5786  glycolate oxidase subunit GlcD  81.3 
 
 		 477 aa  799    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0450  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  82.05 
 
 		 479 aa  809    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0494  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  81.84 
 
 		 479 aa  808    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.159289 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4325  FAD linked oxidase domain-containing protein  67.36 
 
 		 477 aa  622  1e-177  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.73889  normal  0.0799258 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2550  FAD linked oxidase domain-containing protein  62.85 
 
 		 486 aa  607  9.999999999999999e-173  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0859  FAD linked oxidase domain protein  65.34 
 
 		 477 aa  604  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.70916 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0208  FAD linked oxidase domain-containing protein  62.8 
 
 		 477 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.23565 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0923  FAD linked oxidase domain-containing protein  64.92 
 
 		 477 aa  596  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0282812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0884  FAD linked oxidase domain protein  65.13 
 
 		 477 aa  597  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.931044 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2502  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  61.21 
 
 		 482 aa  597  1e-169  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.207618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2680  FAD linked oxidase domain-containing protein  62.58 
 
 		 477 aa  590  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.152379 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1020  putative glycolate oxidase subunit protein  62.37 
 
 		 477 aa  587  1e-166  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0835602  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2896  FAD-binding oxidoreductase/transferase  60.34 
 
 		 480 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4399  FAD linked oxidase domain-containing protein  60.13 
 
 		 484 aa  569  1e-161  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.177563  normal  0.114484 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0690  FAD linked oxidase-like  59.35 
 
 		 481 aa  562  1.0000000000000001e-159  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.895548  normal  0.106558 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1827  FAD linked oxidase-like  57.77 
 
 		 497 aa  552  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.049746  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1321  FAD linked oxidase domain protein  57.56 
 
 		 497 aa  551  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0991  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  57.87 
 
 		 497 aa  548  1e-155  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0782856  normal  0.327269 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4137  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  57.35 
 
 		 497 aa  548  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4736  FAD linked oxidase-like  57.56 
 
 		 497 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.369244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1870  FAD linked oxidase domain-containing protein  59.66 
 
 		 502 aa  542  1e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.200444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2581  FAD linked oxidase  58.55 
 
 		 497 aa  538  1e-151  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.209325 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0364  FAD linked oxidase-like  57.85 
 
 		 498 aa  537  1e-151  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0161  glycolate oxidase, subunit GlcD  57.85 
 
 		 498 aa  528  1e-148  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0407483  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0180  glycolate oxidase, subunit GlcD  57.63 
 
 		 498 aa  526  1e-148  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.74675  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1695  FAD linked oxidase domain protein  54.91 
 
 		 495 aa  527  1e-148  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.84126 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3010  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  57.42 
 
 		 498 aa  528  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3204  FAD linked oxidase-like  58.33 
 
 		 497 aa  521  1e-146  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1662  glycolate oxidase, subunit GlcD  57.26 
 
 		 497 aa  512  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1899  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  54.83 
 
 		 496 aa  495  1e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0702  FAD linked oxidase domain-containing protein  52.16 
 
 		 497 aa  480  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138361 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1650  glycolate oxidase subunit D  51.49 
 
 		 492 aa  479  1e-134  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.054636 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0250  FAD linked oxidase-like  51.94 
 
 		 497 aa  479  1e-134  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.579749  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0734  FAD linked oxidase domain-containing protein  51.94 
 
 		 497 aa  479  1e-134  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.651197  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3820  FAD linked oxidase-like  51.51 
 
 		 497 aa  476  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0635309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1885  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  52.33 
 
 		 492 aa  476  1e-133  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.78076  hitchhiker  0.00459775 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2652  FAD linked oxidase domain-containing protein  51.07 
 
 		 497 aa  478  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0510945 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0650  FAD linked oxidase domain-containing protein  50.86 
 
 		 497 aa  473  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0624  FAD linked oxidase domain-containing protein  50.86 
 
 		 497 aa  473  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.864789  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3296  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  51.29 
 
 		 497 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3342  glycolate oxidase, subunit GlcD  51.29 
 
 		 497 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1291  glycolate oxidase, subunit GlcD  51.29 
 
 		 497 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0331  glycolate oxidase, subunit GlcD  51.08 
 
 		 497 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2414  glycolate oxidase, subunit GlcD  51.08 
 
 		 497 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2902  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  50.87 
 
 		 497 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.495619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2601  glycolate oxidase, subunit GlcD  51.08 
 
 		 497 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1192  glycolate oxidase, subunit GlcD  50.86 
 
 		 497 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2037  FAD linked oxidase domain protein  49.68 
 
 		 503 aa  467  9.999999999999999e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.159157  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2496  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  50.87 
 
 		 499 aa  467  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3330  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  51.08 
 
 		 497 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.510979  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2666  glycolate oxidase FAD-linked subunit oxidoreductase  50.22 
 
 		 497 aa  462  1e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.530486  normal  0.344368 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2514  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  49.78 
 
 		 501 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0495  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  51.33 
 
 		 496 aa  458  1e-127  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2926  FAD linked oxidase-like protein  50.11 
 
 		 500 aa  456  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0720  FAD linked oxidase domain protein  49.57 
 
 		 497 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.732845 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0221  FAD linked oxidase domain-containing protein  50.23 
 
 		 501 aa  451  1e-125  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.120176  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3978  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  49.57 
 
 		 497 aa  451  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0945147 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0160  FAD linked oxidase domain protein  48.68 
 
 		 483 aa  451  1e-125  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0997  FAD linked oxidase domain protein  50.77 
 
 		 498 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2369  FAD linked oxidase domain protein  48.19 
 
 		 481 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3638  putative glycolate oxidase (FAD-linked subunit) oxidoreductase protein  48.83 
 
 		 504 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.147047  normal  0.472178 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2687  glycolate oxidase subunit GlcD  49.67 
 
 		 499 aa  445  1.0000000000000001e-124  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3304  FAD linked oxidase domain-containing protein  50.45 
 
 		 490 aa  447  1.0000000000000001e-124  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.563604  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5643  glycolate oxidase subunit GlcD  48.7 
 
 		 499 aa  442  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.170782  normal  0.475418 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1501  glycolate oxidase, GlcD subunit  49.12 
 
 		 484 aa  444  1e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0901528  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1637  FAD linked oxidase domain protein  49.45 
 
 		 503 aa  443  1e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.114103  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1665  glycolate oxidase, subunit GlcD  51.27 
 
 		 488 aa  444  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.121595  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7454  glycolate oxidase subunit GlcD  48.8 
 
 		 499 aa  442  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.108738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1362  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  51.04 
 
 		 488 aa  442  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2219  glycolate oxidase subunit GlcD  49.67 
 
 		 499 aa  444  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.165204  hitchhiker  0.00964982 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2159  glycolate oxidase subunit GlcD  49.78 
 
 		 499 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251033 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6392  glycolate oxidase subunit GlcD  49.13 
 
 		 499 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2018  glycolate oxidase subunit GlcD  49.89 
 
 		 499 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.252442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1894  FAD linked oxidase domain-containing protein  49.57 
 
 		 500 aa  441  9.999999999999999e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140191 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0959  putative glycolate oxidase (FAD-linked subunit) oxidoreductase protein  48.15 
 
 		 501 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.967814  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3745  glycolate oxidase subunit GlcD  49.89 
 
 		 499 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0047  glycolate oxidase, subunit GlcD  49.67 
 
 		 483 aa  438  1e-121  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.424124  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1138  D-lactate dehydrogenase  52.32 
 
 		 483 aa  433  1e-120  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.588849 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2790  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  49.67 
 
 		 506 aa  433  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0173  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  48.46 
 
 		 485 aa  434  1e-120  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.155859  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43330  glycolate oxidase subunit GlcD  48.37 
 
 		 499 aa  433  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70690  glycolate oxidase subunit GlcD  49.01 
 
 		 499 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2219  glycolate oxidase subunit GlcD  48.89 
 
 		 499 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000941234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0033  glycolate oxidase subunit GlcD  49.34 
 
 		 499 aa  429  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2833  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  48.98 
 
 		 484 aa  431  1e-119  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02848  glycolate oxidase subunit, FAD-linked  47.4 
 
 		 499 aa  426  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.139975  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0717  glycolate oxidase, subunit GlcD  47.44 
 
 		 499 aa  427  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3257  glycolate oxidase subunit GlcD  47.4 
 
 		 496 aa  425  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3555  glycolate oxidase, subunit GlcD  47.19 
 
 		 499 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02798  hypothetical protein  47.4 
 
 		 499 aa  426  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.160001  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1914  FAD linked oxidase domain protein  46.77 
 
 		 485 aa  428  1e-118  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0185125  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2306  glycolate oxidase subunit GlcD  48.37 
 
 		 499 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.354077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1781  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  49.35 
 
 		 501 aa  427  1e-118  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0721  glycolate oxidase subunit GlcD  47.4 
 
 		 499 aa  426  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3152  glycolate oxidase subunit GlcD  47.4 
 
 		 496 aa  426  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3439  glycolate oxidase subunit GlcD  47.4 
 
 		 496 aa  426  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6132  glycolate oxidase subunit GlcD  49.1 
 
 		 499 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>