More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0383 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_2465  Catalase  66.94 
 
 
485 aa  656    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.864013 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0355  catalase  80.96 
 
 
499 aa  858    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.692778  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0383  catalase  100 
 
 
494 aa  1036    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2779  catalase  70.49 
 
 
488 aa  709    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.432347  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2489  catalase  74.27 
 
 
484 aa  741    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.350666  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0830  catalase  73.18 
 
 
480 aa  753    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2321  catalase  75 
 
 
501 aa  762    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3054  catalase  81.98 
 
 
499 aa  872    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1421  catalase  70.49 
 
 
488 aa  709    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.898508  normal  0.0406547 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0481  catalase  63.26 
 
 
498 aa  652    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0322  catalase  81.16 
 
 
499 aa  861    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0032  catalase  64.51 
 
 
485 aa  634  1e-180  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00175553  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2779  Catalase  62.26 
 
 
498 aa  595  1e-169  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1057  catalase  59.92 
 
 
480 aa  585  1e-166  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.852537  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1387  catalase  61.81 
 
 
474 aa  583  1.0000000000000001e-165  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000679986  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1576  catalase  61.81 
 
 
474 aa  583  1.0000000000000001e-165  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.278462  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0273  catalase  61.97 
 
 
474 aa  584  1.0000000000000001e-165  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0265  catalase  61.6 
 
 
474 aa  582  1.0000000000000001e-165  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2521  catalase  58.92 
 
 
484 aa  578  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0794366  normal  0.723936 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5463  Catalase  58.02 
 
 
481 aa  576  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0365  Catalase  57.72 
 
 
490 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.357048  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3986  catalase  59.49 
 
 
484 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.510644 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0712  Catalase  58.96 
 
 
484 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3278  catalase  57.51 
 
 
478 aa  573  1.0000000000000001e-162  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0289  catalase  57.31 
 
 
490 aa  568  1e-161  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.745578 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0333  Catalase  57.31 
 
 
490 aa  569  1e-161  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.90897  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5439  Catalase  58.95 
 
 
485 aa  566  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09150  catalase  58.04 
 
 
482 aa  565  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.789625 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1242  Catalase  59.07 
 
 
480 aa  567  1e-160  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0122794 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0864  catalase  57.62 
 
 
482 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0269  catalase  58.91 
 
 
504 aa  564  1.0000000000000001e-159  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146052  normal  0.35045 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0481  catalase  57.59 
 
 
479 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000437674 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001311  catalase  56.99 
 
 
479 aa  560  1e-158  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2262  catalase-like  57.65 
 
 
477 aa  561  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2855  catalase  55.74 
 
 
479 aa  558  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0514  catalase  57.81 
 
 
479 aa  561  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0447892 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2776  catalase  55.74 
 
 
479 aa  558  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2441  catalase  55.42 
 
 
481 aa  557  1e-157  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.431026  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05192  catalase  56.66 
 
 
478 aa  556  1e-157  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1320  catalase  55.74 
 
 
479 aa  558  1e-157  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0510  catalase  57.81 
 
 
479 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0656  catalase  57.86 
 
 
506 aa  556  1e-157  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4522  catalase  56.88 
 
 
481 aa  557  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.587252 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4722  catalase  57.56 
 
 
479 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.356848 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1721  catalase  57.47 
 
 
487 aa  555  1e-157  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1932  catalase  56.85 
 
 
488 aa  556  1e-157  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000172656  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3018  catalase  57.95 
 
 
485 aa  558  1e-157  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5053  catalase-like  56.46 
 
 
484 aa  552  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.272262  normal  0.0793097 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4001  catalase  56.3 
 
 
487 aa  551  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0215  catalase  56.87 
 
 
483 aa  552  1e-156  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1494  Catalase  57.05 
 
 
485 aa  551  1e-156  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0618429  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1801  Catalase  57.51 
 
 
496 aa  550  1e-155  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1999  catalase  57.44 
 
 
514 aa  548  1e-155  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.209766  normal  0.601662 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21110  catalase  57.11 
 
 
487 aa  547  1e-154  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.218837 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3881  catalase  55.14 
 
 
480 aa  545  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000327701  hitchhiker  0.000000338063 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1323  catalase  56.49 
 
 
478 aa  545  1e-154  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1165  Catalase  55.4 
 
 
547 aa  546  1e-154  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0518  Catalase  56.02 
 
 
483 aa  546  1e-154  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.309279  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5599  catalase  56.07 
 
 
481 aa  539  9.999999999999999e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.555062  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2662  catalase  55.94 
 
 
486 aa  539  9.999999999999999e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1574  hypothetical protein  55.25 
 
 
501 aa  536  1e-151  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0310454 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2941  catalase  55.26 
 
 
488 aa  538  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0358189 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3591  catalase  54.58 
 
 
491 aa  532  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3029  catalase  54.79 
 
 
486 aa  533  1e-150  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.590786 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0945  catalase  54.79 
 
 
486 aa  533  1e-150  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0885996  normal  0.400146 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1070  catalase  54.37 
 
 
486 aa  530  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3468  catalase  54.37 
 
 
491 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.482946  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3392  Catalase  53.54 
 
 
491 aa  528  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5844  Catalase  54.29 
 
 
493 aa  530  1e-149  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.453783  normal  0.956183 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0894  catalase  54.17 
 
 
491 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0908  catalase domain-containing protein  54.58 
 
 
486 aa  530  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.161902  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1759  Catalase  55.19 
 
 
483 aa  525  1e-148  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.191846  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0563  catalase  53.86 
 
 
486 aa  526  1e-148  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3190  catalase  53.75 
 
 
486 aa  524  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0631825  normal  0.81248 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4268  catalase  54.72 
 
 
483 aa  524  1e-147  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0338278  normal  0.901094 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3940  catalase  53.75 
 
 
493 aa  524  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.109711  normal  0.357218 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2706  Catalase  55.23 
 
 
499 aa  524  1e-147  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1958  catalase  55.14 
 
 
483 aa  524  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1147  catalase  54.77 
 
 
479 aa  519  1e-146  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.11065  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4417  Catalase  54.81 
 
 
490 aa  517  1.0000000000000001e-145  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0279064  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0128  Catalase  54.6 
 
 
517 aa  516  1.0000000000000001e-145  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0638  catalase  52.7 
 
 
487 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2782  Catalase  54.79 
 
 
494 aa  509  1e-143  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0203481 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0903  catalase  52.39 
 
 
504 aa  504  1e-141  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0236  catalase  52.99 
 
 
482 aa  504  1e-141  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0517  Catalase  51.75 
 
 
483 aa  504  1e-141  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00522  catalase  52.08 
 
 
491 aa  500  1e-140  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1622  Catalase  52.88 
 
 
500 aa  499  1e-140  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.468937  normal  0.655187 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1422  catalase  52.18 
 
 
505 aa  500  1e-140  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000148509  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1395  catalase  52.18 
 
 
505 aa  500  1e-140  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000176487  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0778  Catalase  52.57 
 
 
507 aa  491  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3078  catalase  53.22 
 
 
499 aa  492  9.999999999999999e-139  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0523  catalase  51.93 
 
 
504 aa  491  1e-137  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.903425  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22460  catalase  50.8 
 
 
499 aa  486  1e-136  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1649  catalase  52.37 
 
 
555 aa  484  1e-135  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0672008  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1308  catalase  52.82 
 
 
480 aa  479  1e-134  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3238  Catalase  51.7 
 
 
510 aa  476  1e-133  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.067006 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20430  catalase  52.37 
 
 
499 aa  476  1e-133  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.678559  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2094  catalase  50.95 
 
 
482 aa  477  1e-133  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.615987  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5493  catalase  52.05 
 
 
482 aa  476  1e-133  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.620099  normal  0.0567456 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>