58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0325 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0325  hypothetical protein  100 
 
 		 372 aa  726    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  0.0811524 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0387  protein of unknown function DUF898 transmembrane  56.58 
 
 		 360 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0342219  normal  0.0662296 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3471  protein of unknown function DUF898 transmembrane  42.12 
 
 		 345 aa  247  3e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1148  hypothetical protein  39.38 
 
 		 422 aa  226  3e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2916  hypothetical protein  36.47 
 
 		 401 aa  207  3e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.646021  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0257  hypothetical protein  39.36 
 
 		 358 aa  204  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000425261  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0568  hypothetical protein  33.77 
 
 		 392 aa  189  7e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0536  protein of unknown function DUF898 transmembrane  38.8 
 
 		 360 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.229414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0580  protein of unknown function DUF898 transmembrane  39.03 
 
 		 357 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.395868 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2800  hypothetical protein  36.34 
 
 		 356 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.168464 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1119  protein of unknown function DUF898 transmembrane  35.26 
 
 		 432 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.785224  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0513  protein of unknown function DUF898 transmembrane  35.28 
 
 		 408 aa  176  6e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00308332  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0643  hypothetical protein  35.31 
 
 		 358 aa  169  9e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0377  hypothetical protein  31.41 
 
 		 393 aa  169  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.983589  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3663  hypothetical protein  31 
 
 		 398 aa  164  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2154  hypothetical protein  32.78 
 
 		 411 aa  164  3e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0871  hypothetical protein  31 
 
 		 398 aa  164  3e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2076  transmembrane protein  37.71 
 
 		 348 aa  164  3e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.512785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3534  hypothetical protein  31.25 
 
 		 398 aa  164  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0643  hypothetical protein  36.94 
 
 		 366 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0097  hypothetical protein  34.82 
 
 		 421 aa  161  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0128644  normal  0.289564 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03033  hypothetical protein  33.25 
 
 		 391 aa  160  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0463  hypothetical protein  38.37 
 
 		 376 aa  157  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0184539  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2661  hypothetical protein  32.89 
 
 		 397 aa  153  4e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0768686 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1952  hypothetical protein  30.96 
 
 		 385 aa  152  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000110513  normal  0.0630235 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4142  hypothetical protein  30.34 
 
 		 434 aa  150  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.633496  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2181  hypothetical protein  32.35 
 
 		 437 aa  149  9e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.729465  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0428  protein of unknown function DUF898 transmembrane  28.32 
 
 		 393 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.749307  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3621  protein of unknown function DUF898 transmembrane  31.99 
 
 		 395 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3685  protein of unknown function DUF898 transmembrane  31.99 
 
 		 395 aa  133  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3533  hypothetical protein  31.55 
 
 		 397 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3509  hypothetical protein  30.35 
 
 		 370 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4879  hypothetical protein  27.39 
 
 		 395 aa  103  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.868148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4730  inner membrane protein YjgN  27.13 
 
 		 395 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.254018 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4823  inner membrane protein YjgN  26.87 
 
 		 395 aa  100  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0791  hypothetical protein  25.13 
 
 		 413 aa  99  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.047554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4760  inner membrane protein YjgN  26.74 
 
 		 395 aa  97.4  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4737  hypothetical protein  38.67 
 
 		 407 aa  90.5  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.243262  normal  0.802179 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3755  hypothetical protein  38.67 
 
 		 398 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4828  hypothetical protein  38.67 
 
 		 398 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5778  hypothetical protein  37.33 
 
 		 407 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04087  hypothetical protein  38 
 
 		 398 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04123  conserved inner membrane protein  38 
 
 		 398 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4513  hypothetical protein  39.33 
 
 		 398 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00333203  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5226  protein of unknown function DUF898 transmembrane  30.86 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.163779 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3740  protein of unknown function DUF898 transmembrane  39.33 
 
 		 398 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3003  protein of unknown function DUF898 transmembrane  34.78 
 
 		 419 aa  78.2  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.440486  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3720  hypothetical protein  34.56 
 
 		 419 aa  76.6  0.0000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.214138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3400  hypothetical protein  25.14 
 
 		 357 aa  70.9  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal  0.120686 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1892  hypothetical protein  37.1 
 
 		 419 aa  68.6  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1890  hypothetical protein  48.39 
 
 		 1397 aa  68.2  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.608701  normal  0.552077 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2755  membrane-like protein  29.73 
 
 		 353 aa  59.7  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.132975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6657  hypothetical protein  28.89 
 
 		 377 aa  52.4  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255906 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3236  hypothetical protein  31.36 
 
 		 430 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2015  hypothetical protein  26.74 
 
 		 429 aa  47.4  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.78332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1863  hypothetical protein  48.94 
 
 		 120 aa  47.4  0.0004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1977  hypothetical protein  26.2 
 
 		 429 aa  45.4  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.27072  normal  0.176782 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2292  protein of unknown function DUF898 transmembrane  29.13 
 
 		 306 aa  42.7  0.01  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.141919 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>