More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0024 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0024  hypothetical protein  100 
 
 		 385 aa  780    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201715 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0039  putative SAM-dependent methyltransferase protein  72.53 
 
 		 365 aa  512  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274671 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0054  putative SAM-dependent methyltransferase protein  73.52 
 
 		 365 aa  510  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0413  SAM dependent methyltransferase  66.5 
 
 		 405 aa  502  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0146  putative SAM dependent methyltransferase  64.66 
 
 		 381 aa  431  1e-119  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.440659  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0151  SAM dependent methyltransferase, putative  64.37 
 
 		 381 aa  429  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0163  hypothetical protein  63.04 
 
 		 386 aa  429  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3676  hypothetical protein  63.3 
 
 		 334 aa  415  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1373  putative SAM-dependent methyltransferase  61.33 
 
 		 314 aa  387  1e-106  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3093  hypothetical protein  51.19 
 
 		 304 aa  285  5.999999999999999e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3845  hypothetical protein  45.3 
 
 		 291 aa  252  7e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3027  putative SAM-dependent methyltransferase  45.94 
 
 		 298 aa  247  3e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129145 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1415  SAM-dependent methyltransferase-like protein  46.64 
 
 		 288 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  normal  0.0960542 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0922  SAM-dependent methyltransferase  45.08 
 
 		 294 aa  242  9e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.728224  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1397  SAM-dependent methyltransferase  48.05 
 
 		 252 aa  232  8.000000000000001e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.404398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2432  hypothetical protein  39.44 
 
 		 287 aa  219  8.999999999999998e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0277  hypothetical protein  39.44 
 
 		 291 aa  218  2e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2221  SAM dependent methyltransferase  42.55 
 
 		 297 aa  211  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0816781 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3463  SAM dependent methyltransferase  40.89 
 
 		 293 aa  205  1e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0898386 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0841  hypothetical protein  40.86 
 
 		 311 aa  200  3e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.359342 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1219  oxidoreductase  39 
 
 		 295 aa  200  3e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00837631  hitchhiker  0.00166496 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1019  putative SAM-dependent methyltransferase  35.15 
 
 		 290 aa  192  1e-47  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0743  oxidoreductase  38.93 
 
 		 293 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3671  hypothetical protein  37.02 
 
 		 291 aa  179  5.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000273453  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0684  hypothetical protein  39.22 
 
 		 275 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.654148  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2887  hypothetical protein  37.69 
 
 		 287 aa  158  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1977  hypothetical protein  33.08 
 
 		 297 aa  79.3  0.0000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.257048  hitchhiker  0.000740302 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1462  hypothetical protein  26.03 
 
 		 318 aa  75.5  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.685404  normal  0.241812 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3540  hypothetical protein  34.85 
 
 		 409 aa  72.4  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2072  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  25.43 
 
 		 713 aa  67.8  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3385  putative RNA methylase  32.41 
 
 		 412 aa  67.8  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.871032  normal  0.230972 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02010  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.83 
 
 		 699 aa  67.4  0.0000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.347097  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0667  hypothetical protein  28.33 
 
 		 390 aa  66.2  0.0000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1491  putative RNA methylase  42.7 
 
 		 408 aa  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.286756 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1952  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.19 
 
 		 712 aa  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.64464  normal  0.031867 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26220  predicted SAM-dependent methyltransferase  34.17 
 
 		 657 aa  66.2  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1343  putative RNA methylase  29.52 
 
 		 400 aa  65.5  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.417493  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2661  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.97 
 
 		 712 aa  64.7  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4037  PUA domain-containing protein  40.62 
 
 		 397 aa  64.3  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.663766  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1913  hypothetical protein  32.38 
 
 		 335 aa  63.9  0.000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0121293  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1601  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.25 
 
 		 713 aa  63.5  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0419159  normal  0.867514 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2610  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.85 
 
 		 709 aa  63.2  0.000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000568014  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1774  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.85 
 
 		 709 aa  63.2  0.000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.828749  hitchhiker  0.000200873 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3155  SAM-dependent methyltransferase  40.62 
 
 		 411 aa  63.5  0.000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2570  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.85 
 
 		 709 aa  63.2  0.000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0113028  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2685  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.85 
 
 		 709 aa  63.2  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1607  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.25 
 
 		 713 aa  63.2  0.000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00710463  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2965  putative SAM-dependent methyltransferase  40.62 
 
 		 396 aa  63.2  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.545858 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1540  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.25 
 
 		 713 aa  63.2  0.000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0206  hypothetical protein  40.86 
 
 		 425 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3144  hypothetical protein  29.96 
 
 		 402 aa  62.8  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3257  hypothetical protein  40.86 
 
 		 425 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.521213  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2170  hypothetical protein  40.86 
 
 		 425 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.64943  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1771  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.43 
 
 		 807 aa  62.8  0.00000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1344  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  26.91 
 
 		 732 aa  62.4  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3429  hypothetical protein  40.86 
 
 		 425 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2919  hypothetical protein  40.86 
 
 		 425 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0869648  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0194  hypothetical protein  40.86 
 
 		 422 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2348  hypothetical protein  36.59 
 
 		 396 aa  61.6  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.287324  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1851  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.43 
 
 		 711 aa  62  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0390  SAM-dependent methyltransferase  40.86 
 
 		 425 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0169  hypothetical protein  40.86 
 
 		 423 aa  62  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2376  SAM-dependent methyltransferase  31.06 
 
 		 400 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1583  PUA domain containing protein  35.19 
 
 		 400 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.303299  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2005  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.85 
 
 		 701 aa  61.6  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.391349  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1488  PUA domain containing protein  31.06 
 
 		 400 aa  62  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1946  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  27.32 
 
 		 711 aa  62  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.478167  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00971  predicted methyltransferase  36.59 
 
 		 367 aa  61.6  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.406744  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2676  Protein of unknown function methylase putative  36.59 
 
 		 391 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00640456  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1132  hypothetical protein  36.59 
 
 		 396 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.250632 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1163  hypothetical protein  27.24 
 
 		 390 aa  61.2  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.809319  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00978  hypothetical protein  36.59 
 
 		 367 aa  61.6  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.536136  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1082  hypothetical protein  36.59 
 
 		 396 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000305834  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2629  hypothetical protein  36.59 
 
 		 396 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.126778  hitchhiker  0.0000254452 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1076  hypothetical protein  36.59 
 
 		 396 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00716941  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1141  hypothetical protein  27.24 
 
 		 390 aa  61.2  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.432078  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2151  hypothetical protein  36.59 
 
 		 396 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.111749  normal  0.201335 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0346  PUA domain containing protein  41.46 
 
 		 400 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.734176 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1121  SAM-dependent methyltransferase  36.59 
 
 		 403 aa  60.8  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  7.50041e-16 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1479  SAM-dependent methyltransferase  26.7 
 
 		 396 aa  60.5  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.41969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0073  PUA domain-containing protein  41.98 
 
 		 400 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.891321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  30.51 
 
 		 560 aa  60.1  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0954  SAM-dependent methyltransferase  42.17 
 
 		 384 aa  60.1  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.358949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1632  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.37 
 
 		 709 aa  59.7  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0586736  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3390  PUA domain-containing protein  39.58 
 
 		 396 aa  59.7  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2932  PUA domain-containing protein  39.58 
 
 		 396 aa  59.7  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2473  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  25 
 
 		 711 aa  59.7  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00287682 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3279  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.2 
 
 		 715 aa  58.9  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3105  PUA domain-containing protein  40.74 
 
 		 404 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.281212 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1149  SAM-dependent methyltransferase  39.58 
 
 		 396 aa  58.9  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1189  hypothetical protein  35.37 
 
 		 403 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.887543 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1155  hypothetical protein  35.37 
 
 		 403 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.282182  normal  0.900174 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4073  SAM-dependent methyltransferase  30.43 
 
 		 402 aa  58.9  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.910073  normal  0.355186 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0772  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.09 
 
 		 776 aa  59.3  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.829763 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2474  PUA domain-containing protein  40.74 
 
 		 404 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.78499  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0973  SAM-dependent methyltransferase  39.58 
 
 		 396 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.510915 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1011  SAM-dependent methyltransferase  39.58 
 
 		 396 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.719099 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3088  PUA domain-containing protein  40.74 
 
 		 404 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1038  protein YccW  35.37 
 
 		 403 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.677771  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1143  protein YccW  35.37 
 
 		 403 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.405441 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>