128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_R0009 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_R0009  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.170483  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0063  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0038  tRNA-Leu  87.67 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.544461  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0026  tRNA-Leu  97.5 
 
 
87 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.44875e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0013  tRNA-Leu  97.44 
 
 
82 bp  69.9  0.00000000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0018  tRNA-Leu  87.88 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0025  tRNA-Leu  87.88 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.579684  normal  0.318502 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0032  tRNA-Leu  87.88 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00179393  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0032  tRNA-Leu  87.88 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.979031  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  86.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0035  tRNA-Leu  86.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0731523  normal  0.959271 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2360  tRNA-Leu  86.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0017  tRNA-Leu  86.96 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.777785  hitchhiker  0.00241286 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0839  tRNA-Leu  86.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1149  tRNA-Leu  86.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.416978  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1064  tRNA-Leu  86.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1805  tRNA-Leu  86.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  95 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.806101  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  95 
 
 
86 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0001  tRNA-Leu  95 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.285029 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu03  tRNA-Leu  95 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.47359  normal  0.197924 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1733  tRNA-Leu  95 
 
 
86 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0092  tRNA-Leu  95 
 
 
86 bp  63.9  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000144621  hitchhiker  0.00311227 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0026  tRNA-Leu  95 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000599691  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0004  tRNA-Leu  95 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0877  tRNA-Leu  95 
 
 
86 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00381857  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0045  tRNA-Leu  93.18 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03461  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0132208  normal  0.375056 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.247975  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0001  tRNA-Leu  100 
 
 
84 bp  60  0.00000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0074  tRNA-Leu  86.36 
 
 
84 bp  60  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0008  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0100798  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1434  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.354876  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0076  tRNA-Leu  94.74 
 
 
82 bp  60  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000606872  normal  0.134188 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0006  tRNA-Leu  94.74 
 
 
82 bp  60  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831303  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1060  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00148501  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0024  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000365355  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0013  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00398291  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0041  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000000982654  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0076  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.243521  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0034  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0404979  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0041  tRNA-Leu  86.36 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.135898  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0068  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000000144281  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0079  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0546464 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0066  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000299649  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0076  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.445287  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 
86 bp  60  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.272755  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0022  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.17393  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1129  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.157736  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0738  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0135197  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1289  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1298  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.199566  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0412  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.56087  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0032  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1202  tRNA-Leu  94.74 
 
 
83 bp  60  0.00000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.5141  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0023  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0018  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000323651  normal  0.27333 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0068  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000478917  normal  0.0818589 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_R0084  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0386736 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0020  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.012052 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0022  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0068  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000344448  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_R0080  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0062  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000332284  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0010  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000141712  hitchhiker  0.00444268 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0030  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0008  tRNA-Leu  94.59 
 
 
85 bp  58  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.577966  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0032  tRNA-Leu  94.59 
 
 
85 bp  58  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0005  tRNA-Leu  94.59 
 
 
85 bp  58  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.13932 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0007  tRNA-Leu  94.59 
 
 
85 bp  58  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000213496 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0043  tRNA-Leu  94.59 
 
 
85 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0469942  normal  0.76232 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2227  tRNA-Leu  86.15 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0080  tRNA-Leu  94.59 
 
 
85 bp  58  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0051  tRNA-Leu  92.68 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_006368  lppt42  tRNA-Leu  92.5 
 
 
85 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0029  tRNA-Leu  94.44 
 
 
85 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0014  tRNA-Leu  94.44 
 
 
86 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0041  tRNA-Leu  94.44 
 
 
86 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0052  tRNA-Leu  84.72 
 
 
85 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0010  tRNA-Leu  94.44 
 
 
82 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000723961  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0048  tRNA-Leu  92.5 
 
 
85 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.496608  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0008  tRNA-Leu  91.67 
 
 
83 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.638996  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0028  tRNA-Leu  92.11 
 
 
85 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.179122  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0034  tRNA-Leu  92.11 
 
 
87 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0037  tRNA-Leu  92.11 
 
 
87 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.5451e-16  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0024  tRNA-Leu  90.48 
 
 
85 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.622642  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0057  tRNA-Leu  92.11 
 
 
87 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000344559  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0035  tRNA-Leu  92.11 
 
 
87 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0047  tRNA-Leu  92.11 
 
 
85 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000230626  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0026  tRNA-Leu  92.11 
 
 
87 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000721197  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0056  tRNA-Leu  92.11 
 
 
87 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000684765  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4585  tRNA-Leu  84.62 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0011  tRNA-Leu  93.94 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0552759  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0022  tRNA-Leu  84.62 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0033  tRNA-Leu  91.89 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.735021  normal  0.235069 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0020  tRNA-Leu  84.62 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24589  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0022  tRNA-Leu  84.62 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0047  tRNA-Leu  91.67 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.398541  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0019  tRNA-Leu  91.67 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0047  tRNA-Leu  91.67 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40219  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>