169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_4883 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_4883  YceI family protein  100 
 
 
185 aa  383  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.831843  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0053  YceI family protein  30.82 
 
 
198 aa  90.9  9e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1395  YceI family protein  29.45 
 
 
174 aa  71.6  0.000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.187267  normal  0.0429317 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0583  hypothetical protein  31.33 
 
 
183 aa  69.3  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2164  YceI family protein  27.78 
 
 
177 aa  60.5  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2314  YceI family protein  29.66 
 
 
177 aa  59.7  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.133318  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3147  hypothetical protein  30.94 
 
 
200 aa  57.8  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.486493  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0400  hypothetical protein  32.5 
 
 
246 aa  57.8  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00289936  normal  0.0247339 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0950  hypothetical protein  33.33 
 
 
190 aa  57.4  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000269923  normal  0.477847 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0734  YceI family protein  29.06 
 
 
241 aa  57  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00686408 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5071  YceI-like family protein  34.25 
 
 
192 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0457  hypothetical protein  34.25 
 
 
192 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0089  YceI family protein  28.83 
 
 
184 aa  54.7  0.0000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3289  YceI family protein  30.5 
 
 
236 aa  54.7  0.0000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2718  signal peptide protein  28.49 
 
 
189 aa  54.3  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.495901  normal  0.071315 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1609  YceI family protein  31.73 
 
 
192 aa  53.9  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3260  YceI family protein  30.22 
 
 
188 aa  54.3  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.152541  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4981  hypothetical protein  33.33 
 
 
204 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.94461  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0780  hypothetical protein  26.67 
 
 
196 aa  53.5  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.263048  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1253  hypothetical protein  28.36 
 
 
191 aa  53.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.845086 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2552  YceI family protein  29.7 
 
 
190 aa  53.1  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370741  normal  0.285953 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1570  hypothetical protein  32.38 
 
 
192 aa  53.1  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.599107 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4854  hypothetical protein  33.33 
 
 
192 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.393068  normal  0.0523451 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1224  hypothetical protein  28.36 
 
 
191 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.984654  normal  0.418516 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3389  YceI family protein  40.58 
 
 
193 aa  52.8  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.013479  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3326  YceI family protein  26.67 
 
 
190 aa  52.8  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000103156 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2216  hypothetical protein  28.36 
 
 
191 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.933696  normal  0.515995 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5030  hypothetical protein  36.61 
 
 
192 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727283  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0484  hypothetical protein  36.61 
 
 
192 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.611751  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1268  hypothetical protein  28.36 
 
 
191 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2032  hypothetical protein  28.36 
 
 
191 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3338  YceI family protein  29.5 
 
 
202 aa  52  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4649  YceI family protein  33.33 
 
 
177 aa  52  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.270217  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00890  hypothetical protein  31.53 
 
 
183 aa  51.6  0.000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03828  YceI  25.18 
 
 
188 aa  51.2  0.000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1988  YceI family protein  32.99 
 
 
196 aa  51.2  0.000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0621  YceI family protein  30.77 
 
 
213 aa  50.8  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1249  hypothetical protein  33.04 
 
 
191 aa  50.8  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00199018  normal  0.506862 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1179  hypothetical protein  33.04 
 
 
191 aa  50.8  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000115477  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3325  YceI family protein  28.12 
 
 
178 aa  50.8  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000106411 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0461  YceI-like family protein  30.77 
 
 
213 aa  50.8  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.151619  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2823  hypothetical protein  26 
 
 
192 aa  49.7  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4138  YceI family protein  26 
 
 
186 aa  50.1  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.459798 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1821  hypothetical protein  30 
 
 
192 aa  50.1  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.129752  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2224  hypothetical protein  30 
 
 
192 aa  50.1  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0021514  hitchhiker  0.00838786 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1931  hypothetical protein  30 
 
 
192 aa  50.1  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28440  hypothetical protein  27.27 
 
 
229 aa  50.1  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.533417 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2962  YceI family protein  29.27 
 
 
190 aa  50.1  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1178  hypothetical protein  37.04 
 
 
191 aa  49.3  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000879388  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2702  hypothetical protein  26.32 
 
 
191 aa  49.3  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.120827  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3514  YceI family protein  31.9 
 
 
285 aa  49.3  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2101  YceI family protein  28.37 
 
 
219 aa  49.3  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.957341  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0504  YceI family protein  30 
 
 
267 aa  49.3  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0863373  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2933  YceI family protein  30.43 
 
 
182 aa  49.3  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.258273 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01052  hypothetical protein  25.93 
 
 
191 aa  48.9  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.772796  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2590  YceI family protein  25.93 
 
 
191 aa  48.9  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.549032  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1041  hypothetical protein  25 
 
 
189 aa  48.9  0.00004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.570231  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1680  YceI family protein  27.83 
 
 
200 aa  48.9  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1435  hypothetical protein  25.93 
 
 
191 aa  48.9  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.383161  normal  0.170982 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01060  hypothetical protein  25.93 
 
 
191 aa  48.9  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.880778  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1179  hypothetical protein  25.33 
 
 
191 aa  48.9  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.537467  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2544  hypothetical protein  25.33 
 
 
191 aa  48.9  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.162419  normal  0.478359 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2074  hypothetical protein  25.93 
 
 
191 aa  48.9  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.598885  normal  0.498469 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2272  hypothetical protein  25.93 
 
 
191 aa  48.9  0.00004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3297  hypothetical protein  30.77 
 
 
191 aa  48.9  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.019174  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3093  YceI family protein  31.19 
 
 
182 aa  48.9  0.00005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2913  YceI family protein  33.33 
 
 
201 aa  48.5  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7583  YceI-like family protein  32.89 
 
 
202 aa  48.5  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.94246  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1026  YceI family protein  29.89 
 
 
225 aa  48.5  0.00006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1722  YceI family protein  31.94 
 
 
183 aa  48.1  0.00006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1178  hypothetical protein  25.93 
 
 
191 aa  48.5  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2518  hypothetical protein  31.43 
 
 
192 aa  48.5  0.00006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0382  hypothetical protein  26.9 
 
 
180 aa  47.8  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0621265  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0903  YceI family protein  28.46 
 
 
209 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.150803  normal  0.443368 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3294  YceI family protein  30.28 
 
 
182 aa  47.4  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3001  YceI family protein  38.24 
 
 
195 aa  47.4  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000127378  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5164  hypothetical protein  24.24 
 
 
178 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.160405 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3198  hypothetical protein  25.37 
 
 
191 aa  47  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000543452  normal  0.576975 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0090  YceI family protein  30.3 
 
 
175 aa  47.8  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.108082  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2790  hypothetical protein  28.28 
 
 
193 aa  46.6  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.234701  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3041  hypothetical protein  27.41 
 
 
191 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000749458  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1312  YceI family protein  33.33 
 
 
201 aa  47  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000260413 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0172  hypothetical protein  37.31 
 
 
190 aa  46.2  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0333  YceI family protein  31.48 
 
 
199 aa  47  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192845  normal  0.888817 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6393  YceI family protein  30.46 
 
 
180 aa  47  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0963  YceI family protein  27.64 
 
 
213 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00574961 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1323  hypothetical protein  25.56 
 
 
191 aa  45.8  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00141701  normal  0.012746 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2065  hypothetical protein  26.55 
 
 
191 aa  45.8  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.257216  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14930  hypothetical protein  30.91 
 
 
182 aa  46.2  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1405  YceI family protein  27.74 
 
 
201 aa  46.2  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.247492 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0473  hypothetical protein  34.21 
 
 
189 aa  46.2  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.81293e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3055  hypothetical protein  25.56 
 
 
191 aa  45.8  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0011163  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1217  hypothetical protein  29.09 
 
 
192 aa  46.2  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000670198  normal  0.302127 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1317  hypothetical protein  29 
 
 
191 aa  45.8  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.269449  normal  0.532637 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0469  hypothetical protein  25.56 
 
 
190 aa  45.8  0.0004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.189395  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05510  hypothetical protein  27.88 
 
 
191 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1869  YceI family protein  23.93 
 
 
189 aa  45.4  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.155995  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1334  YceI  25.27 
 
 
189 aa  45.8  0.0004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000025527  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1887  YceI family protein  30.48 
 
 
192 aa  45.4  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.810222  hitchhiker  0.000541612 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1711  YceI  26.27 
 
 
420 aa  45.4  0.0005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.811721  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>