More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_3276 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_3276  response regulator receiver protein  100 
 
 
126 aa  254  4e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0012  response regulator receiver protein  77.6 
 
 
125 aa  207  4e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.7205  normal  0.156633 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2785  sensor for ctr capsule biosynthesis, histidine kinase acting on RcsB  63.93 
 
 
124 aa  169  9e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.255534 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3479  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.52 
 
 
1078 aa  97.8  5e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0743  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 
869 aa  90.5  7e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1825  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
932 aa  89.7  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4574  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.68 
 
 
729 aa  88.6  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.543152  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0420  PAS  38.6 
 
 
787 aa  89.4  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0516903 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0658  histidine kinase  42.86 
 
 
627 aa  88.6  3e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000289  sensor histidine kinase CqsS  32.77 
 
 
681 aa  88.2  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.487379  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0144  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
1009 aa  87  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.162275  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2693  histidine kinase  40.18 
 
 
571 aa  87  7e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0909214 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0831  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.74 
 
 
957 aa  86.3  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1697  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 
907 aa  86.3  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1328  Signal transduction histidine kinase-like protein  33.33 
 
 
763 aa  85.5  3e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2891  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  37.84 
 
 
858 aa  84.7  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.432629 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2480  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.68 
 
 
846 aa  83.6  9e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000921222 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2265  histidine kinase  37.93 
 
 
559 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.592554  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2754  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 
1275 aa  83.2  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.727357 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1522  histidine kinase  36.07 
 
 
544 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1968  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.66 
 
 
846 aa  83.6  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2984  PAS sensor protein  34.17 
 
 
2109 aa  83.2  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.591507  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1555  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 
1172 aa  82.4  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0698206 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2929  histidine kinase  38.79 
 
 
606 aa  82.8  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0588  ATP-binding region ATPase domain protein  37.07 
 
 
1068 aa  82.4  0.000000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1425  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 
1096 aa  82.8  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.579353  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1251  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.02 
 
 
1101 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000252838 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 
1044 aa  81.6  0.000000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.227424  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2895  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
1324 aa  81.3  0.000000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  unclonable  0.00000343468  normal  0.0609683 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2502  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.79 
 
 
957 aa  81.3  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000217317 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1614  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 
873 aa  80.9  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.499982  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0806  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 
902 aa  80.9  0.000000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3466  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.26 
 
 
1362 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.185791  normal  0.474676 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0307  response regulator, histidine kinase  33.05 
 
 
755 aa  80.5  0.000000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1409  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
778 aa  80.5  0.000000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2324  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 
1162 aa  80.5  0.000000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 
1350 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1933  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.9 
 
 
650 aa  80.1  0.000000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.77937  normal  0.846715 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1875  histidine kinase  36.67 
 
 
785 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0661847  normal  0.240097 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1450  histidine kinase  35.83 
 
 
785 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106734  normal  0.251272 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.04 
 
 
946 aa  79.7  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5254  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.13 
 
 
579 aa  79.7  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.601488  normal  0.0228125 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1424  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 
1050 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.4662  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  31.97 
 
 
1135 aa  79.7  0.00000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.36 
 
 
816 aa  79.7  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1484  histidine kinase  37.5 
 
 
785 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6561  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.84 
 
 
863 aa  80.1  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3840  histidine kinase  36.67 
 
 
785 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0989388  normal  0.369399 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1413  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 
918 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0187  response regulator receiver protein  29.41 
 
 
120 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1911  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.02 
 
 
787 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0413731  normal  0.503462 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
1271 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.152151  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6208  ATP-binding region ATPase domain protein  31.09 
 
 
1885 aa  79.3  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1642  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 
1131 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0330659  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2838  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.23 
 
 
860 aa  79.3  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3714  PAS  37.72 
 
 
1028 aa  79  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101634 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.71 
 
 
1055 aa  79  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1943  histidine kinase  35.96 
 
 
647 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.539019  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  33.33 
 
 
1331 aa  78.6  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1598  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 
964 aa  79.3  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.349888 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1801  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 
699 aa  79.3  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000631548  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 
1596 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1639  histidine kinase  33.33 
 
 
676 aa  78.6  0.00000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576569  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.78 
 
 
982 aa  78.6  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.288363 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2407  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.82 
 
 
577 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1070  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.82 
 
 
575 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.677044  normal  0.746379 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3492  Cache sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 
1041 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.430212  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2101  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.71 
 
 
678 aa  78.2  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.007905  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3612  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  38.46 
 
 
796 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.463414  normal  0.719468 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3041  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 
873 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.616698  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4006  histidine kinase  33.88 
 
 
736 aa  77.8  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.155316  hitchhiker  0.00128379 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0114  response regulator receiver protein  29.41 
 
 
120 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06089  transmembrane sensor histidine kinase  30.83 
 
 
681 aa  77.8  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3321  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.5 
 
 
973 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0240  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 
1005 aa  77.8  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  36.04 
 
 
2035 aa  77.8  0.00000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0080  response regulator receiver domain-containing protein  31.75 
 
 
124 aa  77.8  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.18 
 
 
802 aa  77.4  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2483  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 
1071 aa  77.8  0.00000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0135  response regulator receiver domain-containing protein  32.52 
 
 
132 aa  77.4  0.00000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0522  response regulator receiver protein  29.57 
 
 
125 aa  77.4  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1285  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  34.48 
 
 
772 aa  77.4  0.00000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1009  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  32.43 
 
 
655 aa  77  0.00000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000984  signal transduction histidine kinase  34.17 
 
 
631 aa  77  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3343  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
800 aa  77  0.00000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.339102  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0578  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.88 
 
 
667 aa  77  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0562  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 
743 aa  77  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.1893  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0472  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.79 
 
 
517 aa  77  0.00000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723652 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15460  membrane sensor hybrid histidine protein kinase  35.04 
 
 
772 aa  76.6  0.00000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.361903  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3703  Hpt sensor hybrid histidine kinase  32.26 
 
 
1021 aa  76.3  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0219575 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2154  hypothetical protein  36.19 
 
 
786 aa  76.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0411448  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4086  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  34.43 
 
 
631 aa  76.6  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5346  PAS  31.09 
 
 
1060 aa  76.3  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1051  response regulator receiver  32.2 
 
 
125 aa  76.6  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0455  sensor histidine kinase/response regulator LuxN  32.76 
 
 
686 aa  76.6  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0107  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.2 
 
 
774 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3979  histidine kinase  35.9 
 
 
778 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.405731  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2142  chemotaxis protein cheY  30.83 
 
 
121 aa  76.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0602  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.58 
 
 
1057 aa  76.6  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.862038  hitchhiker  0.00157552 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1782  PAS sensor protein  32.54 
 
 
1125 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.522243 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>