60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_34060 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_34060  DNA-binding protein, excisionase family  100 
 
 
76 aa  154  3e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.910239  normal  0.267084 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2349  DNA binding domain protein, excisionase family  72 
 
 
79 aa  116  9.999999999999999e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3086  DNA binding domain protein, excisionase family  94.34 
 
 
69 aa  103  9e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0294  DNA binding domain protein, excisionase family  79.66 
 
 
67 aa  98.6  3e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0170  DNA binding domain-containing protein  81.03 
 
 
69 aa  97.8  4e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.996607  hitchhiker  0.0018108 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0161  DNA binding domain-containing protein  81.03 
 
 
69 aa  97.8  4e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.177228  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4391  DNA binding domain protein, excisionase family  77.97 
 
 
67 aa  97.1  7e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2751  excisionase/Xis, DNA-binding  77.97 
 
 
67 aa  97.1  7e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0704152  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5979  DNA binding domain-containing protein, excisionase family  68.49 
 
 
75 aa  97.1  7e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.553184 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8997  hypothetical protein  77.97 
 
 
67 aa  97.1  8e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.944138  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3348  excisionase family DNA binding domain-containing protein  77.97 
 
 
67 aa  97.1  8e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.401166 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7205  DNA binding domain-containing protein  77.59 
 
 
68 aa  96.3  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0300475  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0099  excisionase/Xis, DNA-binding  77.59 
 
 
68 aa  96.3  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.51311 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2905  DNA binding domain protein, excisionase family  78.57 
 
 
71 aa  95.1  3e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.616527  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2068  DNA binding domain-containing protein  84.62 
 
 
69 aa  94.4  5e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0301  DNA binding domain protein, excisionase family  67.65 
 
 
67 aa  94  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4385  DNA binding domain-containing protein  68.18 
 
 
83 aa  90.5  6e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2159  DNA binding domain protein, excisionase family  78.43 
 
 
72 aa  85.9  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4511  DNA binding domain-containing protein  62.5 
 
 
88 aa  85.9  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.812065  hitchhiker  0.00570166 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03000  DNA-binding protein, excisionase family  70.18 
 
 
69 aa  84.7  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.17033  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5016  DNA binding domain protein, excisionase family  78 
 
 
64 aa  84.3  4e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4091  DNA binding domain-containing protein  62.5 
 
 
90 aa  84.7  4e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.446784 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2699  excisionase/Xis, DNA-binding  78 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0931  DNA binding domain protein, excisionase family  72.73 
 
 
68 aa  84.3  6e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0276  excisionase family DNA binding domain-containing protein  78 
 
 
73 aa  84  7e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.42155  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08990  DNA-binding protein, excisionase family  70.91 
 
 
72 aa  83.6  8e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.269526  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4424  DNA binding domain protein, excisionase family  78 
 
 
68 aa  83.6  9e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0579  hypothetical protein  78 
 
 
79 aa  83.2  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6709  DNA binding domain protein, excisionase family  68.97 
 
 
72 aa  82  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0819  DNA binding domain-containing protein, excisionase family  71.15 
 
 
65 aa  82.4  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0258  DNA binding domain-containing protein  75 
 
 
74 aa  80.9  0.000000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.453374  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0693  DNA binding domain protein, excisionase family  63.46 
 
 
79 aa  72.8  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0633565  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1042  DNA binding domain protein, excisionase family  65.96 
 
 
82 aa  69.3  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1644  regulatory protein MerR  69.23 
 
 
41 aa  61.6  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.356829  normal 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9401  hypothetical protein  57.41 
 
 
74 aa  61.2  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2000  DNA binding domain protein, excisionase family  58.33 
 
 
212 aa  59.7  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.27976  normal  0.357405 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4676  DNA binding domain protein, excisionase family  54.17 
 
 
80 aa  57.8  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.272297  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4926  merR family DNA-binding response regulator  39.66 
 
 
192 aa  54.7  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1619  DNA-binding response regulator  44.44 
 
 
185 aa  54.7  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.208637  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3943  DNA binding domain protein, excisionase family  44.9 
 
 
203 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000130893  normal  0.0337021 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1219  DNA binding domain protein, excisionase family  41.82 
 
 
201 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3893  DNA binding domain protein, excisionase family  44.9 
 
 
203 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1220  DNA binding domain protein, excisionase family  40 
 
 
201 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3670  DNA binding domain-containing protein  40 
 
 
201 aa  47  0.00009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.635315  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1938  excisionase family DNA-binding response regulator  35.38 
 
 
190 aa  46.2  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440271  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2935  Resolvase domain protein  38.6 
 
 
206 aa  45.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6401  DNA binding domain protein, excisionase family  40.35 
 
 
279 aa  45.4  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.566174  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1000  Resolvase domain protein  38.6 
 
 
206 aa  45.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0589477 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3543  DNA binding domain-containing protein  42.55 
 
 
207 aa  43.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000932058  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1911  DNA binding domain-containing protein  44.23 
 
 
216 aa  43.5  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1270  Resolvase domain protein  42.5 
 
 
195 aa  42.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1174  DNA binding domain protein, excisionase family  41.67 
 
 
219 aa  42.7  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.122691  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1745  DNA binding domain-containing protein  42.86 
 
 
205 aa  41.6  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1808  DNA binding domain protein, excisionase family  46 
 
 
219 aa  41.6  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2771  hypothetical protein  41.67 
 
 
70 aa  41.2  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.604646  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1649  hypothetical protein  41.67 
 
 
71 aa  40.8  0.007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0606557  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1872  hypothetical protein  41.67 
 
 
75 aa  40.4  0.007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2583  hypothetical protein  41.67 
 
 
70 aa  40.4  0.008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.011334 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2025  DNA binding domain-containing protein  41.38 
 
 
206 aa  40.4  0.009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.870655  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1504  DNA binding domain protein, excisionase family  32.26 
 
 
77 aa  40  0.01  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>