34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_33180 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_3822  Xylan 1,4-beta-xylosidase  66.34 
 
 
518 aa  690    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.163293  normal  0.112071 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1978  Xylan 1,4-beta-xylosidase  64.13 
 
 
512 aa  647    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.727016  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33180  beta-xylosidase  100 
 
 
520 aa  1046    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0737494  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0370  Xylan 1,4-beta-xylosidase  63.42 
 
 
509 aa  657    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.809464  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2663  Xylan 1,4-beta-xylosidase  63.23 
 
 
510 aa  655    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2997  Xylan 1,4-beta-xylosidase  60.62 
 
 
514 aa  629  1e-179  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.864666 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2398  Xylan 1,4-beta-xylosidase  58.53 
 
 
519 aa  603  1.0000000000000001e-171  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.274955  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2705  glycoside hydrolase family 39  49.71 
 
 
503 aa  510  1e-143  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1259  glycoside hydrolase family 39  46.32 
 
 
501 aa  498  1e-139  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0184  Xylan 1,4-beta-xylosidase  43.68 
 
 
501 aa  481  1e-134  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0776  glycoside hydrolase family protein  33.33 
 
 
523 aa  306  4.0000000000000004e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1297  glycoside hydrolase family 39  34.67 
 
 
523 aa  307  4.0000000000000004e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0820  Xylan 1,4-beta-xylosidase  34.79 
 
 
550 aa  287  2.9999999999999996e-76  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3134  glycoside hydrolase family protein  35.86 
 
 
477 aa  278  2e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0114  glycoside hydrolase family 39  34.65 
 
 
544 aa  271  2e-71  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.747279  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3132  xylan 1,4-beta-xylosidase  33.54 
 
 
530 aa  270  2.9999999999999997e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.297531 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0187  glycoside hydrolase family 39  38.21 
 
 
388 aa  268  2e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7193  glycoside hydrolase family 39  31.74 
 
 
548 aa  243  5e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0114061  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0170  Xylan 1,4-beta-xylosidase  38.11 
 
 
611 aa  204  5e-51  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.268815  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1539  glycoside hydrolase family 39  27.97 
 
 
578 aa  146  7.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.262725 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3952  glycoside hydrolase family 39  26.34 
 
 
542 aa  140  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1416  glycoside hydrolase family 39  26.26 
 
 
557 aa  139  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.336596  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5268  glycoside hydrolase family 39  25.64 
 
 
561 aa  133  9e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3934  glycoside hydrolase family 39  27.05 
 
 
576 aa  129  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.346873 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5150  glycoside hydrolase family 39  24.31 
 
 
566 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0964315  hitchhiker  0.00110099 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1362  glycoside hydrolase family protein  26.61 
 
 
557 aa  110  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0695  glycoside hydrolase family protein  27.67 
 
 
466 aa  92.8  1e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.251112  normal  0.0214921 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2530  glycoside hydrolase family 39  33.33 
 
 
864 aa  75.1  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1432  AraC family transcriptional regulator  20 
 
 
686 aa  57  0.0000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00438113  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1698  AraC family transcriptional regulator  20 
 
 
686 aa  57  0.0000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000348751  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2759  glycoside hydrolase family protein  25.17 
 
 
437 aa  46.2  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6399  glycoside hydrolase family 5  27.19 
 
 
415 aa  45.4  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.337804 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0356  hypothetical protein  29.59 
 
 
369 aa  45.8  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000129825  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4926  Ricin B lectin  27.18 
 
 
748 aa  43.5  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.164927  normal  0.377281 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>