69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_20480 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_20480  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  100 
 
 
559 aa  1133    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.497394  normal  0.432529 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2806  extracellular solute-binding protein family 1  66.54 
 
 
556 aa  753    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.636428  normal  0.0208064 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01630  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  59.01 
 
 
557 aa  634  1e-180  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2399  extracellular solute-binding protein family 1  43.89 
 
 
553 aa  437  1e-121  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000923736  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33170  carbohydrate-binding protein  44.63 
 
 
551 aa  433  1e-120  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0165973  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1979  extracellular solute-binding protein family 1  39.39 
 
 
542 aa  395  1e-109  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1561  sugar ABC transporter periplasmic component-like protein  38.71 
 
 
553 aa  386  1e-106  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.129044  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2998  extracellular solute-binding protein family 1  40.04 
 
 
552 aa  379  1e-104  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.58673  normal  0.432395 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3323  extracellular solute-binding protein family 1  37.97 
 
 
552 aa  349  8e-95  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.175879  normal  0.023879 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3821  extracellular solute-binding protein family 1  36.12 
 
 
553 aa  327  3e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.0761262 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1580  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  34 
 
 
544 aa  310  5e-83  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0369  extracellular solute-binding protein family 1  34.88 
 
 
556 aa  305  1.0000000000000001e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2662  hypothetical protein  31.9 
 
 
557 aa  245  9.999999999999999e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2654  sugar ABC transporter substrate-binding protein  28.38 
 
 
586 aa  203  5e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1118  extracellular solute-binding protein  29.21 
 
 
541 aa  178  3e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000575789  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0426  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 
536 aa  100  5e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1101  extracellular solute-binding protein family 1  23.37 
 
 
567 aa  84.7  0.000000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0849  extracellular solute-binding protein family 1  27.22 
 
 
558 aa  81.3  0.00000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.206456  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0123  extracellular solute-binding protein family 1  20.97 
 
 
505 aa  76.3  0.000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1016  extracellular solute-binding protein family 1  21.76 
 
 
585 aa  74.7  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0487  extracellular solute-binding protein  22.31 
 
 
558 aa  71.2  0.00000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0395  extracellular solute-binding protein  22.92 
 
 
559 aa  70.9  0.00000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17890  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.73 
 
 
527 aa  69.3  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0310  extracellular solute-binding protein family 1  26.59 
 
 
566 aa  67.8  0.0000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0150  extracellular solute-binding protein family 1  21.93 
 
 
567 aa  65.9  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0931  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 
544 aa  65.1  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0552135  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0847  extracellular solute-binding protein family 1  22.32 
 
 
556 aa  62.4  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0948  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 
525 aa  60.8  0.00000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000245196  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1870  extracellular solute-binding protein family 1  25.04 
 
 
492 aa  59.7  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.440802  normal  0.959587 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2703  extracellular solute-binding protein family 1  25.99 
 
 
450 aa  58.5  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263225  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2554  extracellular solute-binding protein family 1  22.25 
 
 
548 aa  58.2  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00103966  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0698  extracellular solute-binding protein family 1  32.82 
 
 
428 aa  57.4  0.0000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0317884  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0763  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  21.6 
 
 
520 aa  55.5  0.000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.34388  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2784  extracellular solute-binding protein family 1  25.45 
 
 
573 aa  53.9  0.000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2193  extracellular solute-binding protein  19.76 
 
 
557 aa  53.5  0.000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0279  extracellular solute-binding protein family 1  21.78 
 
 
510 aa  52.8  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.795384  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2029  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  20.56 
 
 
526 aa  52  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0775  extracellular solute-binding protein  21.2 
 
 
523 aa  52  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.062981  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2052  extracellular solute-binding protein family 1  30.28 
 
 
565 aa  51.6  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  27.14 
 
 
422 aa  50.8  0.00006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  27.14 
 
 
422 aa  50.8  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  27.14 
 
 
422 aa  50.8  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0663  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.38 
 
 
556 aa  50.8  0.00007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000120034  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 
498 aa  50.1  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3873  extracellular solute-binding protein family 1  27.46 
 
 
463 aa  50.1  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0964469  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2626  extracellular solute-binding protein family 1  27.59 
 
 
455 aa  48.9  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0491272  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1077  extracellular solute-binding protein  20.95 
 
 
477 aa  48.5  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.182725  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  24.55 
 
 
423 aa  47.8  0.0005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1218  extracellular solute-binding protein family 1  26.58 
 
 
444 aa  47.4  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2335  extracellular solute-binding protein  22.58 
 
 
482 aa  47.4  0.0008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1463  extracellular solute-binding protein family 1  24.26 
 
 
444 aa  47  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0659  extracellular solute-binding protein family 1  29.58 
 
 
425 aa  46.6  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.579585  normal  0.728331 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1990  extracellular solute-binding protein family 1  24.51 
 
 
366 aa  47  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0058  extracellular solute-binding protein, family 1  22.42 
 
 
551 aa  47  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.182513 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2627  extracellular solute-binding protein family 1  23.59 
 
 
434 aa  46.2  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00662506  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3337  extracellular solute-binding protein family 1  29.32 
 
 
427 aa  45.8  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.806542  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1466  putative lipoprotein  20.78 
 
 
483 aa  46.2  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.123804  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1285  hypothetical protein  20.45 
 
 
467 aa  45.8  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0350392  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29210  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  20.2 
 
 
503 aa  45.4  0.003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3075  extracellular solute-binding protein family 1  24.2 
 
 
423 aa  45.1  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2920  extracellular solute-binding protein family 1  25.14 
 
 
424 aa  45.1  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1306  extracellular solute-binding protein family 1  27.53 
 
 
445 aa  44.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0747  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 
433 aa  45.1  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190936 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2588  extracellular solute-binding protein  23.21 
 
 
419 aa  45.1  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000485668  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1104  hypothetical protein  20.19 
 
 
467 aa  44.3  0.007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.229225  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3409  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 
404 aa  43.9  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.280364  normal  0.614723 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1105  extracellular solute-binding protein family 1  23.5 
 
 
443 aa  43.9  0.008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.698754  normal  0.0706181 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6904  extracellular solute-binding protein family 1  23.85 
 
 
404 aa  43.5  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000382644  hitchhiker  0.00751503 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3674  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  24.32 
 
 
404 aa  43.9  0.009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>