More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_06410 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_06410  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  100 
 
 
320 aa  629  1e-179  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.138967  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.59 
 
 
309 aa  330  2e-89  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.383419  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.28 
 
 
311 aa  302  6.000000000000001e-81  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.12 
 
 
344 aa  269  5e-71  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1898  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.11 
 
 
331 aa  258  1e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1400  ABC transporter related  48.45 
 
 
638 aa  254  2.0000000000000002e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.785888  normal  0.726008 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.32 
 
 
274 aa  250  2e-65  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.534309  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.98 
 
 
331 aa  241  9e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0878076  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20160  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component  47.55 
 
 
621 aa  236  3e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.533008  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.6 
 
 
334 aa  235  8e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.84 
 
 
348 aa  230  3e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0929  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.62 
 
 
350 aa  228  1e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1482  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  43.07 
 
 
727 aa  224  2e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.94 
 
 
320 aa  220  3e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01330  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  44.7 
 
 
311 aa  217  2e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2578  ABC-type [(GlcNAc)2] transporter, permease protein  38.21 
 
 
341 aa  218  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0547  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  43.87 
 
 
327 aa  216  2.9999999999999998e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0218475  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0147  peptide ABC transporter, permease protein  39.53 
 
 
341 aa  217  2.9999999999999998e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2726  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
303 aa  215  9.999999999999999e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.576006 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1180  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03425  hypothetical protein  38.82 
 
 
341 aa  211  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
358 aa  210  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.471831  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002584  (GlcNAc)2 ABC transporter permease component 2  37.5 
 
 
341 aa  209  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.96 
 
 
300 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.36 
 
 
292 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340693  normal  0.469526 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7458  peptide ABC transporter, permease protein  41.33 
 
 
281 aa  192  5e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34910  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  38.19 
 
 
342 aa  191  1e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1613  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.32 
 
 
319 aa  189  5.999999999999999e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1492  peptide ABC transporter, permease protein  39.93 
 
 
279 aa  187  3e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2743  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
302 aa  187  3e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.418739  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1282  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
279 aa  187  3e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1268  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, permease component  40.07 
 
 
279 aa  185  9e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6186  ABC transporter related  39.34 
 
 
590 aa  181  1e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5782  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.10252 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
280 aa  178  1e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0590918  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.21 
 
 
320 aa  177  2e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.3 
 
 
282 aa  176  4e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.951442  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1547  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.3 
 
 
285 aa  175  9e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.107676  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0912  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, permease components  35.76 
 
 
304 aa  169  4e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.88 
 
 
302 aa  168  1e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
325 aa  167  2e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.6 
 
 
299 aa  164  3e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.502248  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
314 aa  160  3e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.289557  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
313 aa  159  7e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.92 
 
 
288 aa  158  1e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0043  hypothetical protein  36.29 
 
 
269 aa  155  6e-37  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.728589  normal  0.420247 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.71 
 
 
276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.82 
 
 
273 aa  152  5e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141415  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.92 
 
 
274 aa  152  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21760  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  32.73 
 
 
310 aa  150  2e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0612673  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0928  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.82 
 
 
274 aa  149  4e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00180433  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  37.54 
 
 
288 aa  149  6e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.57 
 
 
291 aa  149  6e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.125001  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2198  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.68 
 
 
290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00106936  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.6 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  34.39 
 
 
335 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.17 
 
 
300 aa  146  5e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.16 
 
 
310 aa  145  6e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.16 
 
 
310 aa  145  6e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4577  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  36.23 
 
 
308 aa  145  9e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046213 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19890  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  39.57 
 
 
289 aa  145  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00186711  hitchhiker  0.000357505 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
277 aa  144  2e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.19 
 
 
280 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  34.67 
 
 
283 aa  143  3e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.67 
 
 
283 aa  143  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.95 
 
 
290 aa  144  3e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.204889 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
306 aa  143  3e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
285 aa  143  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.41 
 
 
289 aa  143  4e-33  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.771808  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.5 
 
 
285 aa  143  5e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.36 
 
 
283 aa  142  6e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.05 
 
 
283 aa  142  6e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2084  ABC transporter, permease  36.64 
 
 
293 aa  142  6e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.395639  normal  0.741475 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.82 
 
 
280 aa  142  6e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  36.05 
 
 
283 aa  142  7e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  36.05 
 
 
283 aa  142  7e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.18 
 
 
321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.187971  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.51 
 
 
279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.194033 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4965  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.6 
 
 
309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.031791  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  35.66 
 
 
283 aa  140  3e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.47 
 
 
280 aa  140  3e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
280 aa  140  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.47 
 
 
280 aa  140  3e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7446  ABC transporter, permease  36.23 
 
 
299 aa  139  4.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913354  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.29 
 
 
312 aa  139  4.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.66 
 
 
283 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
283 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.04 
 
 
309 aa  139  7e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00634879  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
301 aa  138  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.20807  normal  0.604183 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.63 
 
 
280 aa  138  1e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0346829  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
287 aa  138  1e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
283 aa  138  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.639488  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.39 
 
 
293 aa  137  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 
302 aa  137  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.99 
 
 
293 aa  138  2e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0357708  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.56 
 
 
296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
296 aa  136  4e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.84 
 
 
296 aa  135  8e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0816987  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>