More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2139 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1838  signal transduction protein  100 
 
 		 138 aa  284  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00822959 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2139  signal transduction protein  100 
 
 		 138 aa  284  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0162016 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1896  signal transduction protein  98.55 
 
 		 138 aa  280  7.000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000161177 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2228  CBS domain-containing protein  94.93 
 
 		 138 aa  273  7e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1899  signal transduction protein  92.75 
 
 		 138 aa  269  9e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.288112  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1932  signal transduction protein  91.97 
 
 		 138 aa  267  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.412842  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2387  putative signal transduction protein with CBS domains  91.97 
 
 		 138 aa  267  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.851922  normal  0.155065 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1906  signal transduction protein  91.97 
 
 		 138 aa  267  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1939  signal transduction protein  91.24 
 
 		 138 aa  264  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2685  signal transduction protein  77.37 
 
 		 138 aa  233  5.0000000000000005e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1506  CBS domain-containing protein  81.16 
 
 		 138 aa  233  6e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1446  signal transduction protein  78.26 
 
 		 138 aa  231  2.0000000000000002e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.697131  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2431  signal transduction protein  75.36 
 
 		 138 aa  226  1e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1909  signal transduction protein  72.46 
 
 		 138 aa  218  3e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.597362  normal  0.0569884 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1618  CBS domain-containing protein  74.64 
 
 		 138 aa  216  7.999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1766  signal transduction protein  69.57 
 
 		 138 aa  204  4e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0550  CBS domain-containing protein  45.26 
 
 		 146 aa  130  5e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004008  inosine monophosphate dehydrogenase-related protein  44.2 
 
 		 139 aa  127  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2064  hypothetical protein  42.34 
 
 		 139 aa  126  8.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.769911  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01513  hypothetical protein  42.03 
 
 		 139 aa  120  5e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2171  CBS domain-containing protein  42.96 
 
 		 139 aa  119  9e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2859  signal transduction protein  44.44 
 
 		 143 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.206571  hitchhiker  0.00464967 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1719  CBS domain-containing protein  42.22 
 
 		 143 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000658293 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02402  CBS domain protein  43.7 
 
 		 148 aa  114  3.9999999999999997e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.121948  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1712  CBS domain-containing protein  42.86 
 
 		 131 aa  108  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2259  signal transduction protein  41.04 
 
 		 138 aa  108  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0497964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1253  CBS domain-containing protein  42.97 
 
 		 136 aa  105  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3311  CBS domain-containing protein  40.15 
 
 		 141 aa  103  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.881932 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2242  CBS domain-containing protein  39.68 
 
 		 144 aa  102  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0256  CBS domain-containing protein  39.02 
 
 		 143 aa  94  7e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2970  CBS domain-containing protein  37.3 
 
 		 147 aa  90.5  8e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1710  formate/nitrite transporter  33.33 
 
 		 491 aa  84.7  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.402769  hitchhiker  0.00135887 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2376  formate/nitrite transporter  35.48 
 
 		 537 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1674  formate/nitrite transporter  33.91 
 
 		 493 aa  79.3  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2880  formate/nitrite transporter  33.64 
 
 		 494 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.910131  hitchhiker  0.000564584 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2287  CBS domain containing membrane protein  32.28 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.146345  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01920  Inosine monophosphate dehydrogenase-related protein  30.15 
 
 		 154 aa  68.9  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.778717  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2388  formate/nitrite transporter  29.66 
 
 		 508 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0694768 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2470  formate/nitrite transporter  31.58 
 
 		 558 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0519177  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0474  putative formate transporter 1  28.39 
 
 		 483 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000188118  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000193  formate efflux transporter  28.95 
 
 		 483 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000746052  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6174  CBS domain containing membrane protein  25.97 
 
 		 246 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1253  CBS domain-containing protein  29.45 
 
 		 150 aa  60.8  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.515572 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0243  signal transduction protein  26.9 
 
 		 155 aa  60.5  0.000000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05923  methionine gamma-lyase  26.97 
 
 		 483 aa  59.7  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2338  CBS domain containing membrane protein  25.32 
 
 		 247 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1308  putative signal transduction protein with CBS domains  27.45 
 
 		 161 aa  57.8  0.00000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0188  signal-transduction protein  28.33 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.885258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2661  CBS domain-containing protein  27.46 
 
 		 156 aa  57  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.611003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1201  CBS domain-containing protein  28.08 
 
 		 152 aa  55.8  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000963836  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2202  CBS domain-containing protein  28.77 
 
 		 152 aa  55.1  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000112787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1094  signal-transduction protein  28.57 
 
 		 230 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1776  putative PAS/PAC sensor protein  25.95 
 
 		 698 aa  53.9  0.0000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1851  CBS domain containing membrane protein  25.17 
 
 		 151 aa  53.9  0.0000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.309684  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07150  CBS domain containing protein  32.23 
 
 		 865 aa  53.1  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0367477  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4294  polynucleotide adenylyltransferase region  30.58 
 
 		 907 aa  52.8  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00498072  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2019  putative signal transduction protein with CBS domains  26.02 
 
 		 144 aa  53.1  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.80054  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3570  CBS domain-containing protein  24.68 
 
 		 246 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.212334 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0937  CBS domain-containing protein  28.35 
 
 		 232 aa  53.5  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.447969  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2755  CBS domain-containing protein  30.63 
 
 		 896 aa  53.1  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.1635  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2115  signal transduction protein  25.2 
 
 		 300 aa  52.8  0.000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.548765 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1614  CBS domain containing membrane protein  25.62 
 
 		 155 aa  52.4  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.267585  normal  0.113023 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1812  CBS domain containing membrane protein  29.17 
 
 		 132 aa  52.8  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1281  signal transduction protein  28.1 
 
 		 153 aa  52.8  0.000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.366949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5546  CBS domain containing membrane protein  24.67 
 
 		 230 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103522  normal  0.484256 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1225  signal-transduction protein  28.71 
 
 		 127 aa  52  0.000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.276884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6220  signal-transduction protein  25 
 
 		 230 aa  51.6  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0657  signal transduction protein  26.87 
 
 		 309 aa  52  0.000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00784458  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1695  signal transduction protein  31.3 
 
 		 281 aa  51.6  0.000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000133254 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6936  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  31.9 
 
 		 490 aa  51.6  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.294111 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1028  CBS domain containing membrane protein  26.62 
 
 		 226 aa  51.6  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0495705 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1844  CBS domain-containing protein  26.61 
 
 		 688 aa  51.2  0.000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1883  CBS domain-containing protein  25.17 
 
 		 154 aa  51.6  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0663  signal-transduction protein  25.2 
 
 		 127 aa  51.6  0.000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1462  putative signal transduction protein with CBS domains  29.59 
 
 		 145 aa  51.2  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0493403  normal  0.625814 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0119  CBS domain containing protein  26.62 
 
 		 181 aa  50.8  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.851715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1708  phosphoesterase, RecJ-like  30.58 
 
 		 904 aa  50.8  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.833662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2046  CBS  29.37 
 
 		 150 aa  50.8  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.455097  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5821  signal-transduction protein  28.35 
 
 		 231 aa  50.8  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.12685 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  26.96 
 
 		 696 aa  50.4  0.000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4751  CBS domain containing membrane protein  26.21 
 
 		 154 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.142923  hitchhiker  0.00000010565 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2812  CBS domain containing membrane protein  25.76 
 
 		 201 aa  49.7  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000718769  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2229  CBS domain-containing protein  24.59 
 
 		 313 aa  49.7  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0318  CBS domain-containing protein  28.12 
 
 		 370 aa  49.7  0.00001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.147887  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0679  polynucleotide adenylyltransferase region  26.27 
 
 		 888 aa  50.1  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.197003  normal  0.0338911 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0269  signal transduction protein  26.05 
 
 		 688 aa  49.7  0.00001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0728  XRE family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 199 aa  49.7  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.109971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2016  CBS domain-containing protein  27.07 
 
 		 144 aa  49.7  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1567  CBS domain-containing protein  30.43 
 
 		 280 aa  49.7  0.00002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  unclonable  0.0000000000000154873 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17480  predicted signal-transduction protein containing cAMP-binding and CBS domains  31.36 
 
 		 191 aa  49.7  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1929  CBS domain containing protein  27.12 
 
 		 875 aa  49.3  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0278  CBS domain containing membrane protein  27.27 
 
 		 150 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10697 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0498  CBS domain-containing protein  25.21 
 
 		 279 aa  49.3  0.00002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.235797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2521  signal transduction protein  22.08 
 
 		 161 aa  48.9  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1873  hypothetical protein  26.77 
 
 		 229 aa  48.9  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.994541 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2294  CBS domain containing protein  27.97 
 
 		 875 aa  49.3  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1421  CBS domain-containing protein  26.05 
 
 		 279 aa  49.3  0.00002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.351959  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5888  CBS domain-containing protein  27.91 
 
 		 242 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.361711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1119  signal transduction protein  29.41 
 
 		 295 aa  49.3  0.00002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.700202 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0339  CBS domain-containing protein  26.05 
 
 		 279 aa  49.3  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.436853  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>