128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_1681 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1465  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  70.16 
 
 
740 aa  1076    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00781151  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4012  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  70.44 
 
 
741 aa  1086    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.225038 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1354  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  63.14 
 
 
741 aa  974    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.945441  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2897  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  69.37 
 
 
743 aa  1077    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0583435  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0635  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  53.83 
 
 
734 aa  806    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.707304  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2629  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  97.44 
 
 
741 aa  1489    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3356  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  68.62 
 
 
743 aa  1040    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0469656  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3186  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  68.43 
 
 
740 aa  1056    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467142  normal  0.225365 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0287  isocitrate dehydrogenase  64.25 
 
 
739 aa  989    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3120  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  63.48 
 
 
745 aa  978    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4201  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  63.88 
 
 
747 aa  979    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3594  isocitrate dehydrogenase (NADP+)  70.44 
 
 
741 aa  1077    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.942271 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5855  isocitrate dehydrogenase (NADP+)  69.92 
 
 
742 aa  1075    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0781482  normal  0.186883 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0459  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  69.66 
 
 
741 aa  1073    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1410  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  70.2 
 
 
741 aa  1097    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1359  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  66.89 
 
 
740 aa  1023    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000634164  hitchhiker  8.074690000000001e-18 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1101  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  70.3 
 
 
739 aa  1075    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1047  isocitrate dehydrogenase (NADP+)  58.06 
 
 
729 aa  851    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0617391  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2227  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  66.8 
 
 
743 aa  1037    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.124629  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2203  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  65.21 
 
 
739 aa  993    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.199816  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2371  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  59.35 
 
 
731 aa  875    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0872233  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1684  isocitrate dehydrogenase (NADP+)  72.28 
 
 
742 aa  1105    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000025647  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0532  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  71.14 
 
 
742 aa  1088    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1831  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  82.81 
 
 
740 aa  1275    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.774798  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0525  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  69.78 
 
 
744 aa  1068    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0755459  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0315  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  64.66 
 
 
739 aa  999    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.789094  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3729  isocitrate dehydrogenase  63.44 
 
 
747 aa  976    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0477  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  60 
 
 
738 aa  874    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1912  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  70.05 
 
 
742 aa  1077    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1209  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  61.74 
 
 
750 aa  947    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.766417  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2377  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  66.31 
 
 
743 aa  1016    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00123907  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1641  isocitrate dehydrogenase  63.67 
 
 
737 aa  967    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1606  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  99.46 
 
 
741 aa  1518    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.601658  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1681  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  100 
 
 
741 aa  1524    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.642711  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1121  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  63.57 
 
 
744 aa  973    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.833434 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2257  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  84.59 
 
 
741 aa  1303    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2571  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  69.78 
 
 
742 aa  1064    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.124358  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30180  monomeric isocitrate dehydrogenase  65.02 
 
 
741 aa  983    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1092  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  66.12 
 
 
740 aa  1009    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.0070622  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2523  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  70.05 
 
 
742 aa  1077    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0065836  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1603  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  67.75 
 
 
742 aa  1016    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.213758  normal  0.272046 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1750  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  99.46 
 
 
741 aa  1518    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.307688  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0913  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  56.65 
 
 
730 aa  815    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.280691  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0680  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  70.69 
 
 
741 aa  1088    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.721925  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3575  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  66.58 
 
 
737 aa  1009    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.115962  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2059  isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  82.41 
 
 
741 aa  1264    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0165822  normal  0.66664 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1226  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  61.74 
 
 
750 aa  947    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.980555 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0983  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  68.88 
 
 
742 aa  1063    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.614065  normal  0.0628792 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3212  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  62.05 
 
 
746 aa  952    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0090  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  62.65 
 
 
747 aa  966    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0350175  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3680  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  64.49 
 
 
745 aa  990    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.465452  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2300  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  63.34 
 
 
744 aa  979    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.288016  hitchhiker  0.00925586 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0624  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  63.61 
 
 
745 aa  970    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0556  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  53.83 
 
 
767 aa  805    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2475  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  93.25 
 
 
741 aa  1441    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00185423  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1236  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  62.03 
 
 
745 aa  955    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.299875 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1563  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  83.76 
 
 
739 aa  1275    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.37594  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3455  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  61.69 
 
 
749 aa  949    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0243949  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0366  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  64.91 
 
 
744 aa  1013    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2230  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  94.06 
 
 
741 aa  1454    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.23954  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2397  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  64.29 
 
 
742 aa  977    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.942581  normal  0.0892636 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2181  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  68.88 
 
 
740 aa  1041    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0711  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent, monomeric type  75.24 
 
 
741 aa  1132    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2194  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  66.13 
 
 
743 aa  1028    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000647255  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1821  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  70.16 
 
 
767 aa  1083    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.111465 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2086  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  63.34 
 
 
739 aa  982    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2087  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  64.54 
 
 
740 aa  985    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10066  isocitrate dehydrogenase [NADP] icd2  61.32 
 
 
745 aa  962    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.655644 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3267  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  64.39 
 
 
740 aa  971    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000676188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2583  NADP-dependent isocitrate dehydrogenase  65.02 
 
 
741 aa  983    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.202906  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2468  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  93.12 
 
 
741 aa  1441    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00290005  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1588  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  68.33 
 
 
744 aa  1058    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0301338 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1399  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  53.55 
 
 
767 aa  801    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1135  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  55.19 
 
 
732 aa  822    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01563  socitrate dehydrogenase  73.75 
 
 
741 aa  1114    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1088  monomeric isocitrate dehydrogenase  47.54 
 
 
724 aa  676    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00133972  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1883  isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  79.7 
 
 
741 aa  1224    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.615158  decreased coverage  0.0000000395954 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2535  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  80.24 
 
 
740 aa  1236    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4274  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  63.9 
 
 
739 aa  978    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.876075  normal  0.344018 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1986  monomeric isocitrate dehydrogenase  55.68 
 
 
722 aa  795    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.305088 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2588  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  93.66 
 
 
741 aa  1449    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.540941  normal  0.0688936 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3645  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  62.96 
 
 
744 aa  968    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000734043  normal  0.208006 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0771  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  70.6 
 
 
741 aa  1085    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.318617  hitchhiker  0.000000506151 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3617  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  69.75 
 
 
741 aa  1061    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.162405  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3416  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  70.16 
 
 
741 aa  1087    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.379294 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2702  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  81.11 
 
 
740 aa  1235    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191551  normal  0.0232345 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2548  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  70.05 
 
 
742 aa  1075    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00891697  hitchhiker  0.0000000308445 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2249  isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  65.9 
 
 
743 aa  1018    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.267042  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4382  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  63.56 
 
 
745 aa  972    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000594787 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0369  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  64.24 
 
 
744 aa  998    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2442  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  69.92 
 
 
742 aa  1068    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000648853 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3132  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  65.99 
 
 
741 aa  1020    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.405756 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2159  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  65.49 
 
 
743 aa  1014    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.171562  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5456  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  63.58 
 
 
747 aa  971    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.897377  normal  0.0127926 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4080  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  71.06 
 
 
742 aa  1088    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03994  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  71.06 
 
 
743 aa  1090    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0694  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  57.1 
 
 
746 aa  875    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00369778  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0553  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  70.03 
 
 
741 aa  1083    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1624  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  67.21 
 
 
742 aa  1040    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00119638  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0799  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  67.71 
 
 
739 aa  1038    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>