More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_1090 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03036  transcription elongation factor NusA  72.75 
 
 		 495 aa  749    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0536  NusA antitermination factor  72.75 
 
 		 495 aa  749    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4490  transcription elongation factor NusA  72.55 
 
 		 495 aa  748    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3281  transcription elongation factor NusA  94.59 
 
 		 499 aa  929    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000185934  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2202  transcription termination factor NusA  72.89 
 
 		 497 aa  755    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3465  transcription elongation factor NusA  72.55 
 
 		 495 aa  749    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.246943  normal  0.841765 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1203  transcription elongation factor NusA  98.8 
 
 		 499 aa  985    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2835  transcription elongation factor NusA  95.39 
 
 		 499 aa  934    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0457826  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0173  transcription elongation factor NusA  73.15 
 
 		 495 aa  754    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000303519  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1127  transcription elongation factor NusA  94.59 
 
 		 499 aa  929    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000246453  unclonable  0.00000000000839394 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0807  transcription elongation factor NusA  68.88 
 
 		 509 aa  691    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03397  transcription elongation factor NusA  74.95 
 
 		 495 aa  763    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3992  transcription elongation factor NusA  70.34 
 
 		 495 aa  737    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000690041  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3347  transcription elongation factor NusA  71.03 
 
 		 496 aa  739    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01759  transcription elongation factor NusA  71.29 
 
 		 498 aa  752    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.320518  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3476  transcription elongation factor NusA  69.44 
 
 		 500 aa  724    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.555068  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0584  transcription elongation factor NusA  68.3 
 
 		 509 aa  711    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3562  transcription elongation factor NusA  88.58 
 
 		 499 aa  898    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.490076  decreased coverage  0.000000857333 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3582  transcription elongation factor NusA  69.44 
 
 		 500 aa  724    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3597  transcription elongation factor NusA  70.34 
 
 		 495 aa  737    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000179276  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002608  transcription termination protein NusA  74.35 
 
 		 495 aa  758    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000346209  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3390  transcription elongation factor NusA  88.55 
 
 		 499 aa  895    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000181989  hitchhiker  0.00101946 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3418  transcription elongation factor NusA  94.59 
 
 		 499 aa  929    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000438946  hitchhiker  0.000891299 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3361  transcription elongation factor NusA  72.75 
 
 		 495 aa  749    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0352386  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3061  transcription elongation factor NusA  88.38 
 
 		 499 aa  882    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000291489  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3466  transcription elongation factor NusA  71.57 
 
 		 496 aa  739    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02987  hypothetical protein  72.75 
 
 		 495 aa  749    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1006  transcription elongation factor NusA  89.18 
 
 		 499 aa  904    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.614883  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0597  transcription elongation factor NusA  71.94 
 
 		 495 aa  736    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.023824  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0632  transcription termination factor NusA  64.66 
 
 		 495 aa  682    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3240  transcription elongation factor NusA  94.39 
 
 		 499 aa  926    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.001866  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0488  transcription elongation factor NusA  68.97 
 
 		 502 aa  719    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.573333  normal  0.128624 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3545  transcription elongation factor NusA  69.44 
 
 		 500 aa  724    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.929482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1694  NusA antitermination factor  70.88 
 
 		 497 aa  748    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3602  transcription elongation factor NusA  72.14 
 
 		 495 aa  745    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.761318  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2828  transcription elongation factor NusA  90.98 
 
 		 499 aa  897    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00193559  hitchhiker  0.00416619 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0820  transcription elongation factor NusA  68.41 
 
 		 493 aa  714    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1025  transcription elongation factor NusA  100 
 
 		 499 aa  995    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00167997  hitchhiker  0.00000356504 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1090  transcription elongation factor NusA  100 
 
 		 499 aa  995    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0136267  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0989  transcription elongation factor NusA  90.18 
 
 		 499 aa  908    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0722775  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3606  transcription elongation factor NusA  70.54 
 
 		 495 aa  734    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0209266  normal  0.0368341 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3644  transcription elongation factor NusA  69.44 
 
 		 500 aa  724    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0529  transcription elongation factor NusA  72.75 
 
 		 495 aa  749    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000129927 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3477  transcription elongation factor NusA  69.44 
 
 		 500 aa  724    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1029  transcription elongation factor NusA  98.4 
 
 		 499 aa  984    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0307152  hitchhiker  0.0000658902 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3731  transcription elongation factor NusA  70.34 
 
 		 495 aa  737    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00415908  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0960  transcription elongation factor NusA  91.98 
 
 		 499 aa  909    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.285563  normal  0.179607 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0816  NusA antitermination factor  71.14 
 
 		 499 aa  750    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.706967  hitchhiker  0.00205757 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3653  transcription elongation factor NusA  72.75 
 
 		 495 aa  749    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.588616  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42830  transcription elongation factor NusA  65.25 
 
 		 493 aa  633  1e-180  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62770  transcription elongation factor NusA  63.64 
 
 		 493 aa  632  1e-180  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5463  transcription elongation factor NusA  63.64 
 
 		 493 aa  632  1e-180  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3349  transcription elongation factor NusA  63.2 
 
 		 497 aa  626  1e-178  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.451805  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4713  transcription elongation factor NusA  64.44 
 
 		 493 aa  618  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944851 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4491  N utilization substance protein A  64.24 
 
 		 493 aa  620  1e-176  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.119546  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4181  transcription elongation factor NusA  64.04 
 
 		 493 aa  619  1e-176  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4713  transcription elongation factor NusA  64.44 
 
 		 493 aa  618  1e-176  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4578  transcription elongation factor NusA  64.44 
 
 		 493 aa  618  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00867288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0720  transcription elongation factor NusA  64.24 
 
 		 493 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0992944 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0778  transcription elongation factor NusA  63.84 
 
 		 493 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311397  normal  0.0634223 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2709  transcription elongation factor NusA  61.12 
 
 		 493 aa  607  9.999999999999999e-173  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  61.04 
 
 		 498 aa  605  9.999999999999999e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3609  transcription elongation factor NusA  62.22 
 
 		 493 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1026  NusA antitermination factor  60.76 
 
 		 496 aa  600  1e-170  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.152945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1002  transcription elongation factor NusA  61.72 
 
 		 501 aa  600  1e-170  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3075  NusA antitermination factor  62.53 
 
 		 497 aa  597  1e-169  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1316  transcription elongation factor NusA  59.15 
 
 		 499 aa  590  1e-167  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0724  NusA antitermination factor  58.59 
 
 		 495 aa  585  1e-166  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.188433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0562  transcription elongation factor NusA  58.4 
 
 		 503 aa  582  1.0000000000000001e-165  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1601  transcription elongation factor NusA  58.4 
 
 		 503 aa  581  1.0000000000000001e-165  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.468238  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1750  transcription elongation factor NusA  59.39 
 
 		 501 aa  580  1e-164  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.844805  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2121  transcription elongation factor NusA  57.98 
 
 		 506 aa  577  1.0000000000000001e-163  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.274581  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2821  transcription elongation factor NusA  60 
 
 		 492 aa  572  1.0000000000000001e-162  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2690  transcription elongation factor NusA  59.8 
 
 		 492 aa  570  1e-161  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1122  NusA antitermination factor  58.35 
 
 		 495 aa  569  1e-161  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0178  transcription elongation factor NusA  55.58 
 
 		 503 aa  538  9.999999999999999e-153  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.125443  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1468  NusA antitermination factor  57.14 
 
 		 491 aa  539  9.999999999999999e-153  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0601103  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0202  transcription elongation factor NusA  55.58 
 
 		 503 aa  539  9.999999999999999e-153  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504361  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2816  transcription elongation factor NusA  57.26 
 
 		 503 aa  524  1e-147  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01302  transcription elongation factor NusA  57.38 
 
 		 495 aa  519  1e-146  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.30262  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0554  NusA antitermination factor  53.13 
 
 		 493 aa  509  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557873  normal  0.218927 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1865  transcription elongation factor NusA  53.23 
 
 		 495 aa  510  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.253606  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0390  transcription termination factor NusA  53.13 
 
 		 493 aa  509  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0698  NusA antitermination factor  52.11 
 
 		 492 aa  506  9.999999999999999e-143  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.10534  normal  0.240105 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2453  transcription elongation factor NusA  50.3 
 
 		 490 aa  495  1e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000540151  normal  0.905596 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2032  transcription elongation factor NusA  51.92 
 
 		 491 aa  497  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.395424  normal  0.0287229 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1209  transcription elongation factor NusA  51.61 
 
 		 491 aa  497  1e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.128579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1116  transcription elongation factor NusA  51.41 
 
 		 491 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.749384 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1288  transcription elongation factor NusA  51.41 
 
 		 491 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0215031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2029  transcription elongation factor NusA  51.31 
 
 		 491 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1700  NusA antitermination factor  51.72 
 
 		 492 aa  491  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00892855 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2425  NusA antitermination factor  50.3 
 
 		 506 aa  489  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000562867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1228  transcription elongation factor NusA  51.01 
 
 		 493 aa  490  1e-137  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00625796  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1094  transcription elongation factor NusA  51.21 
 
 		 493 aa  486  1e-136  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0066  transcription elongation factor NusA  53.23 
 
 		 488 aa  488  1e-136  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000185989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3384  NusA antitermination factor  50.6 
 
 		 494 aa  482  1e-135  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0163394  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2747  NusA antitermination factor  49.6 
 
 		 494 aa  483  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1922  NusA antitermination factor  50.91 
 
 		 492 aa  483  1e-135  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208405 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2012  NusA antitermination factor  50.3 
 
 		 506 aa  482  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000880424  normal  0.51664 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1246  NusA antitermination factor  50.4 
 
 		 494 aa  481  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0519661  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>