245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3485 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3485  MSHA biogenesis protein MshM  100 
 
 		 310 aa  632  1e-180  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.607813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0467  MSHA biogenesis protein MshM  96.77 
 
 		 309 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3662  MSHA biogenesis protein MshM  96.77 
 
 		 309 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4111  MSHA biogenesis protein MshM  90.23 
 
 		 310 aa  564  1e-160  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0561  MSHA biogenesis protein MshM  81.61 
 
 		 308 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0509  MSHA biogenesis protein MshM  84.98 
 
 		 302 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3834  MSHA biogenesis protein MshM  84.3 
 
 		 302 aa  500  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.319406  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0485  MSHA biogenesis protein MshM  84.3 
 
 		 302 aa  500  1e-140  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0506  MSHA biogenesis protein MshM  84.3 
 
 		 302 aa  500  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0390  MSHA biogenesis protein MshM  73.67 
 
 		 301 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0545  MSHA biogenesis protein MshM  72.26 
 
 		 302 aa  455  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4416  MSHA biogenesis protein MshM  73.58 
 
 		 302 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.620402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3767  MSHA biogenesis protein MshM  71.19 
 
 		 302 aa  437  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3750  MSHA biogenesis protein MshM  73.7 
 
 		 314 aa  412  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.995764  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0455  MSHA biogenesis protein MshM  69.83 
 
 		 300 aa  401  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3346  MSHA biogenesis protein MshM  64.94 
 
 		 304 aa  394  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.158291  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4575  MSHA biogenesis protein MshM  61.76 
 
 		 300 aa  351  1e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0171  MSHA biogenesis protein MshM  55.22 
 
 		 302 aa  347  2e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3273  MSHA biogenesis protein MshM  58.3 
 
 		 300 aa  308  8e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0386  type II secretory pathway ATPase ExeA  52.9 
 
 		 281 aa  293  2e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0184909  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00252  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshM (pilus type IV)  49.83 
 
 		 300 aa  288  9e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0328  AAA ATPase  51.43 
 
 		 291 aa  284  1.0000000000000001e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.799716  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0894  general secretion pathway protein, ATPase  53.7 
 
 		 275 aa  277  2e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0470  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHM)  52.14 
 
 		 282 aa  275  7e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00298128  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1136  MSHA biogenesis protein MshM  49.82 
 
 		 296 aa  263  2e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0754  AAA ATPase  52.16 
 
 		 279 aa  263  3e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2821  MSHA biogenesis protein MshM  51.61 
 
 		 281 aa  263  4e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0765  type II secretory pathway component ATPase  50.36 
 
 		 323 aa  249  6e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00521912  normal  0.0426164 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03697  Type II secretory pathway, component ExeA  50.19 
 
 		 261 aa  243  1.9999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002369  MSHA biogenesis protein MshM  50.19 
 
 		 261 aa  242  5e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3404  ATPas  44.78 
 
 		 459 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0075  general secretion pathway protein, ATPase  42.65 
 
 		 447 aa  231  2e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.897971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3331  general secretion pathway protein, ATPase  43.25 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0818579  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0972  peptidoglycan binding domain-containing protein  43.45 
 
 		 558 aa  211  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00176108  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0550  ATPase, Type II secretory pathway component  43.07 
 
 		 437 aa  208  9e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2822  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.76 
 
 		 572 aa  207  2e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000460224  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1167  peptidoglycan binding domain-containing protein  43.77 
 
 		 538 aa  207  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00110256  hitchhiker  0.000320239 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3056  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  40.46 
 
 		 536 aa  206  5e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1217  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  41.56 
 
 		 536 aa  206  5e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1009  peptidoglycan binding domain-containing protein  43.34 
 
 		 587 aa  204  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00166085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1085  peptidoglycan binding domain-containing protein  45.04 
 
 		 541 aa  205  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0538082  normal  0.0243335 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1342  MSHA biogenesis protein MshM  35.35 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.577962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1587  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.11 
 
 		 562 aa  203  3e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0587648  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2688  general secretion pathway protein A  44.7 
 
 		 519 aa  202  6e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.387594  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2983  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 557 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3749  ATPase  40.29 
 
 		 271 aa  201  1.9999999999999998e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.572942 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4212  putative general secretion pathway protein A  40.67 
 
 		 563 aa  199  7e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2466  peptidoglycan binding domain-containing protein  44.53 
 
 		 562 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1297  general secretion pathway protein a  42.71 
 
 		 554 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1031  general secretion pathway protein A  38.61 
 
 		 563 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3281  ATPase  44.62 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1116  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.51 
 
 		 559 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0637  ATPase  37.36 
 
 		 368 aa  196  5.000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2023  general secretion pathway protein A  40.33 
 
 		 529 aa  196  6e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000142113  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2896  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.71 
 
 		 562 aa  196  6e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.495254  hitchhiker  0.000377738 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2978  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.41 
 
 		 562 aa  196  6e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111666  normal  0.0445873 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3075  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.41 
 
 		 562 aa  195  7e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  hitchhiker  0.0000100576 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1537  general secretion pathway protein-related protein  40.54 
 
 		 540 aa  194  1e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.259719  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0061  general secretion pathway protein A  40.85 
 
 		 549 aa  195  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.71374  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3157  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  42.07 
 
 		 557 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.526164  normal  0.754225 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1156  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.07 
 
 		 557 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1233  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.07 
 
 		 557 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.64745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0835  peptidoglycan binding domain-containing protein  44.27 
 
 		 613 aa  193  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.121118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1483  peptidoglycan binding domain-containing protein  40.43 
 
 		 536 aa  192  4e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00859  Type II secretory pathway, component ExeA  38.33 
 
 		 541 aa  192  6e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1200  peptidoglycan binding domain-containing protein  41.72 
 
 		 557 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1638  AAA ATPase  40.45 
 
 		 291 aa  192  7e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00905579  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1766  peptidoglycan binding domain-containing protein  40.44 
 
 		 564 aa  192  7e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2499  peptidoglycan binding domain-containing protein  40.74 
 
 		 562 aa  191  9e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000546942 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0205  AAA ATPase  38.64 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001613  general secretion pathway protein A  37.42 
 
 		 538 aa  191  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2575  AAA ATPase  42.74 
 
 		 291 aa  189  4e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0471  peptidoglycan binding domain-containing protein  38.71 
 
 		 580 aa  189  7e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2981  peptidoglycan binding domain-containing protein  41.39 
 
 		 589 aa  188  8e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0901758 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0462  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  38.21 
 
 		 577 aa  188  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.388723  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0788  peptidoglycan binding domain-containing protein  40.6 
 
 		 568 aa  185  7e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0177  general secretion pathway ATPase protein  38.78 
 
 		 584 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3594  putative general secretion pathway protein A  38.89 
 
 		 357 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1148  general secretion pathway protein A  38.05 
 
 		 563 aa  179  8e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.873243 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2396  Type II secretory pathway component ExeA (predicted ATPase)-like protein  33.99 
 
 		 427 aa  170  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3145  AAA ATPase  37.16 
 
 		 266 aa  169  5e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2300  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  37.64 
 
 		 532 aa  169  6e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2221  general secretion pathway protein-related protein  38.31 
 
 		 267 aa  168  8e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2822  peptidoglycan binding domain-containing protein  39.32 
 
 		 556 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.786314  normal  0.174429 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2967  AAA ATPase  39.38 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22880  General secretion pathway protein A  41.95 
 
 		 570 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.499914  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2310  ATPase  37.55 
 
 		 267 aa  166  4e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03091  putative ATPase and membrane protein  43.14 
 
 		 257 aa  166  4e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0977  AAA ATPase  35.46 
 
 		 498 aa  166  6.9999999999999995e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0423306  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3190  AAA ATPase  35.34 
 
 		 388 aa  165  8e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2362  AAA ATPase  34.83 
 
 		 390 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1071  AAA ATPase  35.34 
 
 		 388 aa  163  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.618974  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2879  AAA ATPase  35.29 
 
 		 422 aa  162  8.000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1671  type II secretory pathway ATPase ExeA  33.78 
 
 		 505 aa  161  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000168756  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5029  putative general secretion pathway protein A  39.26 
 
 		 346 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.372214  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0756  AAA ATPase  37.12 
 
 		 266 aa  160  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00453451 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2475  secretion ATPase, PEP-CTERM locus subfamily  36.33 
 
 		 372 aa  160  3e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1772  secretion ATPase, PEP-CTERM locus subfamily  36.33 
 
 		 372 aa  160  4e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0741  AAA ATPase  35.98 
 
 		 266 aa  159  7e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1982  general secretion pathway protein-related protein  35.58 
 
 		 393 aa  158  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>