More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3173 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3173  ribose-phosphate pyrophosphokinase  100 
 
 
315 aa  635    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.283101  normal  0.911812 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0793  ribose-phosphate pyrophosphokinase  100 
 
 
315 aa  635    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000256168  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0765  ribose-phosphate pyrophosphokinase  100 
 
 
315 aa  635    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.675099  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3837  ribose-phosphate pyrophosphokinase  99.68 
 
 
315 aa  632  1e-180  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0797  ribose-phosphate pyrophosphokinase  99.68 
 
 
315 aa  632  1e-180  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.97766  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3618  ribose-phosphate pyrophosphokinase  99.05 
 
 
315 aa  628  1e-179  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.294091  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3550  ribose-phosphate pyrophosphokinase  99.05 
 
 
315 aa  628  1e-179  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000537383 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0692  ribose-phosphate pyrophosphokinase  99.05 
 
 
315 aa  628  1e-179  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3741  ribose-phosphate pyrophosphokinase  99.05 
 
 
315 aa  628  1e-179  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.473037 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0719  ribose-phosphate pyrophosphokinase  98.1 
 
 
315 aa  624  1e-178  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0196966  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0916  ribose-phosphate pyrophosphokinase  97.46 
 
 
315 aa  619  1e-176  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2570  ribose-phosphate pyrophosphokinase  96.19 
 
 
315 aa  616  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00338227  normal  0.11667 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3463  ribose-phosphate pyrophosphokinase  94.29 
 
 
315 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.281933  normal  0.770216 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3130  ribose-phosphate pyrophosphokinase  93.97 
 
 
324 aa  598  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268526  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2916  ribose-phosphate pyrophosphokinase  94.29 
 
 
324 aa  599  1e-170  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000010971  normal  0.440092 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3689  ribose-phosphate pyrophosphokinase  93.65 
 
 
324 aa  595  1e-169  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00564575  normal  0.505374 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1852  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.49 
 
 
315 aa  550  1e-156  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.220471  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1986  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.81 
 
 
315 aa  553  1e-156  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.675824  normal  0.0111954 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2070  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.49 
 
 
315 aa  551  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000481775  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2068  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.81 
 
 
315 aa  552  1e-156  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0476582  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2184  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.49 
 
 
315 aa  551  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2464  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.49 
 
 
315 aa  551  1e-156  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.162098  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1919  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.17 
 
 
315 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.167319  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01182  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.49 
 
 
315 aa  550  1e-155  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472694  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01192  hypothetical protein  83.49 
 
 
315 aa  550  1e-155  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.332422  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1312  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.49 
 
 
315 aa  550  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147835  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1355  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.49 
 
 
315 aa  550  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000522341  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1541  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.17 
 
 
315 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.049338  normal  0.157535 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2341  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.17 
 
 
315 aa  547  1e-155  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1371  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.17 
 
 
315 aa  549  1e-155  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000127042  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1688  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.49 
 
 
315 aa  550  1e-155  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000327484  normal  0.706483 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1357  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.17 
 
 
315 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000430302  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0911  ribose-phosphate pyrophosphokinase  84.98 
 
 
314 aa  547  1e-155  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.613362  normal  0.368621 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1977  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.17 
 
 
315 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.607656  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2419  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.49 
 
 
315 aa  550  1e-155  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0172206  hitchhiker  0.00439854 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1913  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.17 
 
 
315 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.282698  normal  0.8749 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2440  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.17 
 
 
337 aa  547  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.019928  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1935  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.17 
 
 
337 aa  547  1e-154  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351672  normal  0.350342 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2118  ribose-phosphate pyrophosphokinase  82.86 
 
 
315 aa  546  1e-154  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.092676  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2411  ribose-phosphate pyrophosphokinase  82.86 
 
 
315 aa  546  1e-154  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.516491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3557  ribose-phosphate pyrophosphokinase  84.35 
 
 
314 aa  542  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00334731  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0996  ribose-phosphate pyrophosphokinase  83.17 
 
 
315 aa  543  1e-153  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1760  ribose-phosphate pyrophosphokinase  80.89 
 
 
314 aa  535  1e-151  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000290937  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004207  ribose-phosphate pyrophosphokinase  81.21 
 
 
314 aa  533  1e-150  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000977539  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0786  ribose-phosphate pyrophosphokinase  79.05 
 
 
332 aa  525  1e-148  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000113332  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01246  ribose-phosphate pyrophosphokinase  80.39 
 
 
311 aa  525  1e-148  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0293  ribose-phosphate pyrophosphokinase  79.49 
 
 
312 aa  518  1e-146  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.855019  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2567  ribose-phosphate pyrophosphokinase  81.9 
 
 
315 aa  520  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02577  ribose-phosphate pyrophosphokinase  80.63 
 
 
315 aa  511  1e-144  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000766958  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3604  ribose-phosphate pyrophosphokinase  70.93 
 
 
315 aa  473  1e-132  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00259725  normal  0.154121 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1524  ribose-phosphate pyrophosphokinase  70.61 
 
 
313 aa  462  1e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.152066  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2365  ribose-phosphate pyrophosphokinase  70.48 
 
 
316 aa  460  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.870749  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41520  ribose-phosphate pyrophosphokinase  69.01 
 
 
313 aa  452  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.684903  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0527  ribose-phosphate pyrophosphokinase  68.18 
 
 
312 aa  449  1e-125  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1104  ribose-phosphate pyrophosphokinase  68.69 
 
 
313 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0944  ribose-phosphate pyrophosphokinase  68.69 
 
 
313 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.494544  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4753  ribose-phosphate pyrophosphokinase  69.48 
 
 
310 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00928462  normal  0.419726 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3256  ribose-phosphate diphosphokinase  69.33 
 
 
313 aa  445  1.0000000000000001e-124  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670875  normal  0.0151507 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0722  ribose-phosphate pyrophosphokinase  68.37 
 
 
313 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162348  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0756  ribose-phosphate pyrophosphokinase  69.16 
 
 
310 aa  441  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0172  ribose-phosphate pyrophosphokinase  66.77 
 
 
315 aa  442  1e-123  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0093989 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0185  ribose-phosphate pyrophosphokinase  66.77 
 
 
315 aa  442  1e-123  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.015709  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0766  ribose-phosphate pyrophosphokinase  69.16 
 
 
310 aa  441  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1055  ribose-phosphate pyrophosphokinase  69.16 
 
 
310 aa  444  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.973686  normal  0.13758 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4461  ribose-phosphate pyrophosphokinase  69.16 
 
 
310 aa  441  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.329466  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5320  ribose-phosphate pyrophosphokinase  68.05 
 
 
313 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.887978  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61770  ribose-phosphate pyrophosphokinase  68.05 
 
 
313 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.701218  hitchhiker  0.0074174 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2105  ribose-phosphate pyrophosphokinase  66.56 
 
 
318 aa  437  1e-121  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537624  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1168  ribose-phosphate pyrophosphokinase  64.63 
 
 
318 aa  429  1e-119  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.613331  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0345  ribose-phosphate pyrophosphokinase  65.26 
 
 
311 aa  424  1e-117  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.276335 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4345  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.9 
 
 
323 aa  421  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3229  ribose-phosphate diphosphokinase  63.55 
 
 
321 aa  422  1e-117  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1660  ribose-phosphate pyrophosphokinase  64.01 
 
 
325 aa  420  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3498  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.54 
 
 
320 aa  419  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000549461 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0395  ribose-phosphate pyrophosphokinase  64.74 
 
 
316 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00089412  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0250  ribose-phosphate pyrophosphokinase  64.74 
 
 
316 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0607  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.17 
 
 
315 aa  416  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0588  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.17 
 
 
315 aa  414  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0387  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.34 
 
 
316 aa  414  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0198132 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1293  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.38 
 
 
324 aa  416  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.891091 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0824  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.69 
 
 
321 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0513  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.82 
 
 
318 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.127422  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1920  ribose-phosphate pyrophosphokinase  64.33 
 
 
321 aa  417  9.999999999999999e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0277  ribose-phosphate pyrophosphokinase  64.74 
 
 
316 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.918759  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0283  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.96 
 
 
318 aa  417  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0895  Fis family transcriptional regulator  63.69 
 
 
321 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.944384  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1056  ribose-phosphate pyrophosphokinase  64.29 
 
 
311 aa  413  1e-114  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.550032  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0899  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.06 
 
 
324 aa  413  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.941259  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6132  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.18 
 
 
320 aa  411  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000299156  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2720  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.5 
 
 
320 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000418106  normal  0.234705 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1625  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.69 
 
 
321 aa  412  1e-114  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.765759  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0474  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.5 
 
 
318 aa  412  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.393869  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4133  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.5 
 
 
318 aa  412  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.266741  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5433  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.69 
 
 
319 aa  414  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2188  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.5 
 
 
320 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0141666  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2813  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.5 
 
 
320 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223011  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2862  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.5 
 
 
320 aa  413  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000366656  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0315  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.14 
 
 
318 aa  412  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0515679  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2802  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.5 
 
 
320 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0348969  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0342  ribose-phosphate pyrophosphokinase  64.31 
 
 
317 aa  410  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.379543  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>