96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3104 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_0868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  98.39 
 
 		 311 aa  638    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3104  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 311 aa  649    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0837  NAD-dependent epimerase/dehydratase  95.82 
 
 		 311 aa  622  1e-177  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001158  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.86 
 
 		 314 aa  486  1e-136  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2822  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.11 
 
 		 314 aa  384  1e-105  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.67 
 
 		 307 aa  372  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.517647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4306  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.33 
 
 		 308 aa  369  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1297  saccharopine dehydrogenase related protein  54.64 
 
 		 305 aa  355  5e-97  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.58 
 
 		 312 aa  350  1e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.716604  normal  0.0199185 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3195  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.6 
 
 		 311 aa  349  3e-95  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.67739  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.7 
 
 		 304 aa  280  2e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0127633 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.74 
 
 		 319 aa  219  7e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.875328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0209  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.07 
 
 		 307 aa  155  8e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0178809  hitchhiker  0.0040496 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 		 315 aa  132  6e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.036254  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.56 
 
 		 319 aa  131  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.357446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 		 318 aa  125  6e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3981  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 		 317 aa  125  7e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0549387 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2007  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.7 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0894753  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.86 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 		 309 aa  108  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1426  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.2 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1542  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.11 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.08 
 
 		 307 aa  98.2  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1559  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 		 312 aa  97.4  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00329554  normal  0.0368212 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1987  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.97 
 
 		 328 aa  95.1  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0046  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.83 
 
 		 318 aa  95.1  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.582921 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.96 
 
 		 312 aa  92.4  9e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.62 
 
 		 324 aa  89.7  5e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.927449  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5665  NmrA-like protein/nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.24 
 
 		 324 aa  89.4  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.783073 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.95 
 
 		 329 aa  87.8  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 		 329 aa  87.8  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 		 309 aa  87  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.184838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2857  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.17 
 
 		 304 aa  87.4  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1740  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.17 
 
 		 332 aa  85.9  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.377476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.94 
 
 		 312 aa  85.9  8e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1143  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.4 
 
 		 325 aa  85.5  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.470047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0027  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.9 
 
 		 329 aa  84  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.535465  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.12 
 
 		 321 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.93 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2497  putative sugar dehydratase/epimerase  27.78 
 
 		 332 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.96633  normal  0.814546 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.44 
 
 		 313 aa  79  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00141609  hitchhiker  0.00437395 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4354  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 		 321 aa  79  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5344  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 		 352 aa  78.6  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.83 
 
 		 344 aa  78.6  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.860754 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.59 
 
 		 316 aa  78.6  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.765071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4635  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.22 
 
 		 276 aa  78.6  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0341156  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3608  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.04 
 
 		 306 aa  77  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1654  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.11 
 
 		 326 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354617  normal  0.0815308 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.29 
 
 		 308 aa  63.2  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.504553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.9 
 
 		 316 aa  61.6  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.22 
 
 		 309 aa  59.3  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.59 
 
 		 301 aa  57.8  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0922  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.94 
 
 		 327 aa  57  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2727  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.11 
 
 		 340 aa  56.6  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1458  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.58 
 
 		 326 aa  55.8  0.0000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.780601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3203  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 		 318 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.22 
 
 		 320 aa  54.7  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.84 
 
 		 327 aa  53.5  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.98 
 
 		 320 aa  52.4  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11950  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.76 
 
 		 322 aa  52.4  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.274992  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 		 318 aa  51.6  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.016337 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0189  hypothetical protein  25.73 
 
 		 332 aa  50.8  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0302861  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2988  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.07 
 
 		 340 aa  50.4  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.865432  normal  0.0888549 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0998  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.73 
 
 		 333 aa  50.8  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0217  hypothetical protein  25.73 
 
 		 345 aa  50.8  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.644245  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2579  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.73 
 
 		 345 aa  50.8  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62087  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2723  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.73 
 
 		 345 aa  50.8  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1558  hypothetical protein  25.73 
 
 		 345 aa  50.8  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1362  hypothetical protein  25.73 
 
 		 345 aa  50.8  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169729  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0230  ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase  27.34 
 
 		 310 aa  48.5  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000382346  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.14 
 
 		 321 aa  48.5  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 		 309 aa  47.4  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 		 320 aa  47.4  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.85 
 
 		 338 aa  46.2  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 		 325 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23000  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.28 
 
 		 310 aa  45.1  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.109037  normal  0.0324264 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 		 325 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 		 325 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.299821 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.56 
 
 		 320 aa  45.4  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.33 
 
 		 329 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.190053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.04 
 
 		 315 aa  44.3  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174065  normal  0.540107 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1967  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.37 
 
 		 308 aa  44.7  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.14 
 
 		 321 aa  44.3  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.44 
 
 		 340 aa  43.9  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.33 
 
 		 320 aa  44.3  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0526  GTP-binding protein  23.61 
 
 		 291 aa  43.9  0.004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5635  putative dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25 
 
 		 332 aa  43.1  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4802  L-threonine 3-dehydrogenase  23.89 
 
 		 315 aa  43.1  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.595386  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.36 
 
 		 318 aa  43.1  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.64 
 
 		 293 aa  42.7  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.56 
 
 		 321 aa  43.1  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 		 336 aa  42.7  0.007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.316364  hitchhiker  0.00353615 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.7 
 
 		 321 aa  42.7  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4804  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.91 
 
 		 333 aa  42.7  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0311388  normal  0.870429 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.7 
 
 		 321 aa  42.7  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3810  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.05 
 
 		 345 aa  42.7  0.008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>