More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2640 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2640  elongation factor Ts  100 
 
 
283 aa  564  1e-160  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000024092  normal  0.161673 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2707  elongation factor Ts  100 
 
 
283 aa  564  1e-160  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000189418  normal  0.0108139 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2814  elongation factor Ts  100 
 
 
283 aa  564  1e-160  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000281155  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1630  elongation factor Ts  98.23 
 
 
283 aa  557  1e-158  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1349  elongation factor Ts  96.82 
 
 
283 aa  499  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000281434  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1140  elongation factor Ts  87.28 
 
 
283 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000133846  normal  0.110772 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1555  elongation factor Ts  90.11 
 
 
283 aa  463  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000849908  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3280  elongation factor Ts  88.85 
 
 
282 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141167  hitchhiker  0.0000739911 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1271  elongation factor Ts  89.4 
 
 
283 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000259112  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2901  elongation factor Ts  91.87 
 
 
283 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000344412  normal  0.175279 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1446  elongation factor Ts  91.87 
 
 
283 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103615  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1482  elongation factor Ts  91.87 
 
 
283 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000112791  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1451  elongation factor Ts  91.87 
 
 
283 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000175062  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3160  elongation factor Ts  88.1 
 
 
282 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000947375  normal  0.213818 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2884  elongation factor Ts  87.28 
 
 
303 aa  447  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000033426  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2634  elongation factor Ts  88.26 
 
 
282 aa  450  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000554469  normal  0.227391 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1554  elongation factor Ts  75.8 
 
 
282 aa  436  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1850  elongation factor Ts  76 
 
 
280 aa  392  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000427669  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002747  translation elongation factor Ts  78.47 
 
 
281 aa  387  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000973884  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03236  elongation factor Ts  75.82 
 
 
281 aa  383  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00168  elongation factor Ts  69.82 
 
 
283 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0115413  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3433  translation elongation factor Ts  69.82 
 
 
283 aa  379  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0243528  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0163  elongation factor Ts  69.82 
 
 
283 aa  379  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00406817  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2426  elongation factor Ts  74.18 
 
 
282 aa  379  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00181853  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0174  elongation factor Ts  69.82 
 
 
283 aa  379  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00167  hypothetical protein  69.82 
 
 
283 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00987131  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0172  elongation factor Ts  69.82 
 
 
283 aa  379  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.403994  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0180  elongation factor Ts  69.82 
 
 
283 aa  379  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00454958  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0181  elongation factor Ts  69.82 
 
 
283 aa  379  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0337912  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3490  elongation factor Ts  69.82 
 
 
283 aa  379  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.126778  normal  0.506395 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0255  elongation factor Ts  70.55 
 
 
283 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0239  elongation factor Ts  70.55 
 
 
283 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.62558 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0239  elongation factor Ts  70.55 
 
 
283 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.637528  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0257  elongation factor Ts  70.55 
 
 
283 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0428296  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0708  elongation factor Ts  69.45 
 
 
283 aa  374  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0168239  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0942  elongation factor Ts  69.82 
 
 
283 aa  374  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00345216  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0242  elongation factor Ts  70.55 
 
 
283 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3359  elongation factor Ts  69.09 
 
 
283 aa  372  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.461306  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3789  elongation factor Ts  69.57 
 
 
283 aa  369  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00180508 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1089  elongation factor Ts  66.67 
 
 
283 aa  370  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0664105  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2980  elongation factor Ts  66.55 
 
 
285 aa  359  2e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.340847  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1014  elongation factor Ts  66.79 
 
 
285 aa  359  2e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140304  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1067  elongation factor Ts  66.79 
 
 
285 aa  359  2e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0055688  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3434  elongation factor Ts  66.79 
 
 
285 aa  359  2e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000483484  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3164  elongation factor Ts  66.31 
 
 
285 aa  355  6.999999999999999e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.347737  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01373  elongation factor Ts  62.2 
 
 
290 aa  342  4e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000291458  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1250  elongation factor Ts  57.76 
 
 
290 aa  315  4e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0559  elongation factor Ts  59.21 
 
 
292 aa  300  3e-80  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0031589 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2975  translation elongation factor Ts  56.68 
 
 
292 aa  299  4e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0351  elongation factor Ts  57.93 
 
 
294 aa  289  4e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.556574  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0390  elongation factor Ts  57.93 
 
 
294 aa  285  5e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.432291  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1160  elongation factor Ts  53.63 
 
 
293 aa  276  2e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1862  elongation factor Ts  53.74 
 
 
292 aa  269  2.9999999999999997e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.981206  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0809  elongation factor Ts  52.23 
 
 
294 aa  266  2e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.333937  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1496  translation elongation factor Ts  51.23 
 
 
289 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0528  translation elongation factor Ts  45.68 
 
 
280 aa  264  1e-69  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.101205  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1535  translation elongation factor Ts  51.41 
 
 
287 aa  263  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1672  elongation factor Ts  52.78 
 
 
292 aa  263  2e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1344  elongation factor Ts  51.06 
 
 
287 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.483596 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1453  translation elongation factor Ts  51.75 
 
 
292 aa  262  4.999999999999999e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.358895  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1102  elongation factor Ts  52.98 
 
 
287 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.433956  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1678  elongation factor Ts  52.43 
 
 
292 aa  260  1e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1273  elongation factor Ts  52.48 
 
 
286 aa  256  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00309579  normal  0.676189 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0568  elongation factor Ts  51.86 
 
 
293 aa  255  7e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.011982  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3052  elongation factor Ts  52.82 
 
 
287 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.204992  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1465  elongation factor Ts  49.49 
 
 
291 aa  249  3e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.456181  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1147  elongation factor Ts  50.74 
 
 
287 aa  248  8e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1592  elongation factor Ts  50.74 
 
 
287 aa  247  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  normal  0.635775 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4081  elongation factor Ts  50.74 
 
 
287 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.356848 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4185  elongation factor Ts  50.74 
 
 
287 aa  247  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2596  elongation factor Ts  51.55 
 
 
290 aa  241  7e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.526378  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38980  elongation factor Ts  51.4 
 
 
289 aa  241  7.999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0564  translation elongation factor Ts (EF-Ts)  50.18 
 
 
289 aa  240  1e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1161  elongation factor Ts  47.12 
 
 
292 aa  239  4e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.899352 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1445  elongation factor Ts  47.12 
 
 
292 aa  239  4e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0721565  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01131  elongation factor Ts  49.13 
 
 
292 aa  239  5e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.179274  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1549  elongation factor Ts  48.96 
 
 
291 aa  236  4e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.406336 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0609  elongation factor Ts  46.96 
 
 
296 aa  235  5.0000000000000005e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00638051  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1544  elongation factor Ts  46.96 
 
 
296 aa  235  5.0000000000000005e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3725  elongation factor Ts  45.52 
 
 
296 aa  231  1e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.689523  normal  0.208993 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2150  elongation factor Ts  46.78 
 
 
292 aa  229  3e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0274457  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2547  elongation factor Ts  48.92 
 
 
306 aa  227  2e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1284  elongation factor Ts  47.72 
 
 
294 aa  227  2e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000149192  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1841  translation elongation factor Ts (EF-Ts)  44.97 
 
 
303 aa  227  2e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.844303 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2305  elongation factor Ts  45.8 
 
 
291 aa  225  5.0000000000000005e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.427266  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0658  elongation factor Ts  44.93 
 
 
302 aa  223  2e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1211  elongation factor Ts  46.53 
 
 
291 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2065  elongation factor Ts  45.76 
 
 
292 aa  222  6e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1484  elongation factor Ts  50 
 
 
289 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.113842  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17070  elongation factor Ts  50 
 
 
289 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0079  translation elongation factor Ts  44.26 
 
 
294 aa  217  2e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000572472  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1405  elongation factor Ts  43.68 
 
 
292 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0214  translation elongation factor Ts  44.52 
 
 
292 aa  213  3.9999999999999995e-54  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1880  elongation factor Ts  44.29 
 
 
292 aa  211  7.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613315  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1265  elongation factor Ts  46.55 
 
 
291 aa  211  9e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.898186  normal  0.638362 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2034  elongation factor Ts  46.94 
 
 
294 aa  210  2e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1142  elongation factor Ts  46.6 
 
 
294 aa  209  3e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000657358  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1920  translation elongation factor Ts  44.67 
 
 
303 aa  209  4e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.1869799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2454  elongation factor Ts  43.21 
 
 
293 aa  208  8e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.050391  hitchhiker  0.000441551 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2694  elongation factor Ts  42.41 
 
 
304 aa  208  8e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129335  normal  0.591352 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>