81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1993 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0778  Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  55.58 
 
 
803 aa  931    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.163489 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1993  hypothetical protein  100 
 
 
795 aa  1664    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0573537  hitchhiker  0.00434895 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1982  hypothetical protein  98.87 
 
 
795 aa  1644    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0591519  hitchhiker  0.000518937 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2080  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  97.48 
 
 
795 aa  1590    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.254608  hitchhiker  0.00000268125 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3876  hypothetical protein  43.86 
 
 
765 aa  709    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2153  protein of unknown function DUF1680  76.63 
 
 
792 aa  1284    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.299284  normal  0.0915146 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3214  hypothetical protein  46.91 
 
 
844 aa  687    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.77483  normal  0.454399 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1422  protein of unknown function DUF1680  45.1 
 
 
760 aa  707    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.428296  normal  0.497833 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0363  protein of unknown function DUF1680  41.08 
 
 
744 aa  513  1e-144  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0478  protein of unknown function DUF1680  42.86 
 
 
641 aa  514  1e-144  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.216473  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11690  hypothetical protein  38.42 
 
 
752 aa  508  9.999999999999999e-143  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1194  protein of unknown function DUF1680  39.22 
 
 
749 aa  504  1e-141  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.113974  normal  0.159601 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01470  hypothetical protein  33.77 
 
 
783 aa  414  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1236  protein of unknown function DUF1680  31.42 
 
 
955 aa  340  4e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00269962  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2836  protein of unknown function DUF1680  35.45 
 
 
614 aa  336  7.999999999999999e-91  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4996  protein of unknown function DUF1680  33.76 
 
 
846 aa  334  3e-90  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0569195 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3107  protein of unknown function DUF1680  33.44 
 
 
771 aa  330  5.0000000000000004e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0859472  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4617  protein of unknown function DUF1680  30.43 
 
 
1025 aa  261  3e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0602011  normal  0.370298 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4712  protein of unknown function DUF1680  30.25 
 
 
881 aa  225  2e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0997  protein of unknown function DUF1680  27.05 
 
 
597 aa  201  5e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0320  hypothetical protein  25.22 
 
 
607 aa  146  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.280201  normal  0.603461 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1859  protein of unknown function DUF1680  28.1 
 
 
736 aa  135  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0164  hypothetical protein  23.95 
 
 
602 aa  131  6e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.935603  normal  0.0626406 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1696  hypothetical protein  25.75 
 
 
634 aa  111  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.793702  normal  0.298068 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1938  protein of unknown function DUF1680  22.53 
 
 
711 aa  109  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0062  protein of unknown function DUF1680  23.16 
 
 
596 aa  107  6e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.560227 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0635  protein of unknown function DUF1680  23.45 
 
 
656 aa  107  7e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.248482 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5347  protein of unknown function DUF1680  30.21 
 
 
686 aa  105  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.611947  normal  0.22403 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4720  protein of unknown function DUF1680  22.22 
 
 
655 aa  104  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.827878  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4835  protein of unknown function DUF1680  24.76 
 
 
648 aa  101  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4996  protein of unknown function DUF1680  25.89 
 
 
800 aa  100  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0292235  normal  0.0722722 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2720  protein of unknown function DUF1680  26.16 
 
 
640 aa  100  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2738  protein of unknown function DUF1680  23.85 
 
 
680 aa  100  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0391777  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2242  protein of unknown function DUF1680  21.93 
 
 
652 aa  95.1  4e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0910  hypothetical protein  22.35 
 
 
665 aa  91.7  5e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.027132  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7232  protein of unknown function DUF1680  22.7 
 
 
666 aa  88.6  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00213031  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3619  protein of unknown function DUF1680  22.92 
 
 
640 aa  87.8  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2907  protein of unknown function DUF1680  21.58 
 
 
659 aa  87.4  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0376366  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3930  protein of unknown function DUF1680  22.07 
 
 
640 aa  85.5  0.000000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.693712 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0969  hypothetical protein  25.08 
 
 
634 aa  85.1  0.000000000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00300565  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4162  hypothetical protein  22.07 
 
 
640 aa  85.1  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.549846 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4002  hypothetical protein  25.87 
 
 
651 aa  84.7  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.563325 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3893  hypothetical protein  25.52 
 
 
651 aa  84.3  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3957  hypothetical protein  25.52 
 
 
651 aa  84.3  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.565903  normal  0.86497 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2215  protein of unknown function DUF1680  23.23 
 
 
638 aa  84.3  0.000000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4064  hypothetical protein  25.52 
 
 
651 aa  84  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3877  hypothetical protein  25.52 
 
 
651 aa  83.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3909  hypothetical protein  23.28 
 
 
656 aa  84  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.921384 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4952  hypothetical protein  22.51 
 
 
656 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2133  protein of unknown function DUF1680  23.17 
 
 
673 aa  82.8  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0401427  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4097  hypothetical protein  22.41 
 
 
672 aa  82  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.121081  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4474  protein of unknown function DUF1680  26.51 
 
 
636 aa  81.3  0.00000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0254713  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3907  protein of unknown function DUF1680  22.25 
 
 
648 aa  81.3  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.373018 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03438  conserved hypothetical protein  22.22 
 
 
659 aa  80.9  0.00000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03389  hypothetical protein  22.27 
 
 
667 aa  80.9  0.00000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1151  protein of unknown function DUF1680  24.34 
 
 
679 aa  78.6  0.0000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3839  hypothetical protein  22.38 
 
 
654 aa  75.9  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254825  normal  0.0525361 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0643  hypothetical protein  22.77 
 
 
620 aa  74.3  0.000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000119693  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0668  hypothetical protein  23.12 
 
 
620 aa  74.3  0.000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01840  hypothetical protein  22.16 
 
 
643 aa  73.6  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0591  hypothetical protein  24.9 
 
 
646 aa  72.8  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000770924  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0502  protein of unknown function DUF1680  22.29 
 
 
617 aa  72  0.00000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.171957  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4148  protein of unknown function DUF1680  22.12 
 
 
652 aa  70.1  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.834889  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4989  protein of unknown function DUF1680  22.46 
 
 
647 aa  69.3  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0192762 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2748  protein of unknown function DUF1680  22.17 
 
 
684 aa  68.9  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.0072487  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1126  protein of unknown function DUF1680  22.51 
 
 
628 aa  68.2  0.0000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0636  protein of unknown function DUF1680  24.58 
 
 
667 aa  65.1  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.788531 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6525  protein of unknown function DUF1680  20.9 
 
 
647 aa  64.3  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0294245 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05305  DUF1680 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_1G08910)  23.08 
 
 
629 aa  62.4  0.00000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1535  hypothetical protein  21.14 
 
 
742 aa  62.8  0.00000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2831  protein of unknown function DUF1680  20.1 
 
 
629 aa  61.2  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1728  protein of unknown function DUF1680  23.02 
 
 
675 aa  60.8  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.670849  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1254  protein of unknown function DUF1680  21.79 
 
 
684 aa  59.7  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.831647  normal  0.201869 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1342  hypothetical protein  26.63 
 
 
669 aa  59.3  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2035  protein of unknown function DUF1680  23.81 
 
 
678 aa  58.9  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.337709 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2967  protein of unknown function DUF1680  33.61 
 
 
838 aa  55.8  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000186086  hitchhiker  0.000639223 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0407  protein of unknown function DUF1680  22.87 
 
 
633 aa  55.5  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4363  protein of unknown function DUF1680  24.65 
 
 
963 aa  54.7  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0125989  normal  0.151908 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0089  protein of unknown function DUF1680  22.48 
 
 
677 aa  53.5  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2143  hypothetical protein  19.35 
 
 
648 aa  47  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.56985  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3545  hypothetical protein  24.46 
 
 
663 aa  45.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.550366  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>