294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1635 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
BN001305  ANIA_05571  oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) (Eurofung)  41.5 
 
 		 1048 aa  712    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.532364 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00685  alpha-ketoglutarate decarboxylase  68.16 
 
 		 933 aa  1363    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2910  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 subunit  68.16 
 
 		 933 aa  1363    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.644532  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_79721  alpha-ketoglutarate dehydrogenase  38.77 
 
 		 1015 aa  668    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0668593 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2449  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.21 
 
 		 894 aa  783    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4189  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  59.24 
 
 		 943 aa  1163    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02000  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component  42.47 
 
 		 920 aa  723    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.995655  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1952  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  51.92 
 
 		 937 aa  987    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1309  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.44 
 
 		 884 aa  725    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1269  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.6 
 
 		 953 aa  1075    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2625  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.67 
 
 		 987 aa  779    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.835957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1772  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.12 
 
 		 954 aa  1064    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537135  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2219  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  71.25 
 
 		 934 aa  1425    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.67632  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3979  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.69 
 
 		 959 aa  1021    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0538563 
 
 
-
 
NC_004310  BR1923  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.76 
 
 		 1004 aa  779    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1930  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  97.44 
 
 		 939 aa  1924    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2199  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component  58.39 
 
 		 943 aa  1154    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.374775  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3987  alpha-ketoglutarate decarboxylase  42.47 
 
 		 1264 aa  712    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.439029  normal  0.370702 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2515  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  93.82 
 
 		 943 aa  1880    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.908934  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1750  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.12 
 
 		 954 aa  1064    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1052  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.23 
 
 		 954 aa  1066    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0597  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  55.34 
 
 		 936 aa  1068    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0578  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  55.24 
 
 		 936 aa  1066    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01730  oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring), putative  41.85 
 
 		 1055 aa  699    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.256683  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1856  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.01 
 
 		 963 aa  1023    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.61724  normal  0.555418 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2009  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  58.39 
 
 		 943 aa  1154    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0102  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.56 
 
 		 961 aa  1035    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2859  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  54.57 
 
 		 945 aa  1044    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.256736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0566  alpha-ketoglutarate decarboxylase  47.17 
 
 		 1214 aa  762    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.622687  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2047  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.54 
 
 		 950 aa  1067    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.738586  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4481  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  49.47 
 
 		 944 aa  877    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0255  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.67 
 
 		 912 aa  734    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0124838  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1188  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.37 
 
 		 1001 aa  911    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.489523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0422  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.26 
 
 		 985 aa  762    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1924  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.12 
 
 		 954 aa  1064    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.283552  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0111  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  56.2 
 
 		 940 aa  1079    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0025  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.28 
 
 		 999 aa  785    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1614  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  59.56 
 
 		 943 aa  1169    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.3492  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0965  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.67 
 
 		 992 aa  780    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.192526  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2940  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  41.8 
 
 		 907 aa  722    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000647014  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4649  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.38 
 
 		 954 aa  1053    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.355037 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2769  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.63 
 
 		 896 aa  759    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1000  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.23 
 
 		 954 aa  1066    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0848692  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0857  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.12 
 
 		 935 aa  1030    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.813693  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1213  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.26 
 
 		 987 aa  798    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.326546  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2556  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.02 
 
 		 954 aa  1062    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0781  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.31 
 
 		 939 aa  742    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0981915  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3748  alpha-ketoglutarate decarboxylase  45.93 
 
 		 1244 aa  726    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0278  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.85 
 
 		 985 aa  810    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.268531 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1180  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.59 
 
 		 950 aa  768    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0578  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  40 
 
 		 905 aa  657    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0166  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.23 
 
 		 954 aa  1066    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.673869  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0832  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.39 
 
 		 912 aa  732    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0831  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.84 
 
 		 985 aa  791    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.270147 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2321  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  51.01 
 
 		 963 aa  1000    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.676675  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2106  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  57.53 
 
 		 953 aa  1143    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000654804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0191  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.35 
 
 		 991 aa  781    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2624  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.16 
 
 		 963 aa  1018    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.844376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2812  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.12 
 
 		 953 aa  1052    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.198639 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2013  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  51.64 
 
 		 952 aa  1020    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.430973 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2183  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  87.75 
 
 		 940 aa  1749    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0544  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.04 
 
 		 985 aa  808    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.898698  normal  0.505126 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1217  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  58.62 
 
 		 943 aa  1142    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.718447  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0542  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.99 
 
 		 989 aa  773    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1498  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.23 
 
 		 954 aa  1066    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0111  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.56 
 
 		 961 aa  1033    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2050  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.12 
 
 		 950 aa  1056    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.414377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3507  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.59 
 
 		 820 aa  664    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0140  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  51.21 
 
 		 986 aa  951    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3511  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.32 
 
 		 983 aa  789    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.364999  normal  0.890777 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2228  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.67 
 
 		 940 aa  762    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.424063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1028  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.17 
 
 		 954 aa  1049    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3973  alpha-ketoglutarate decarboxylase  42.47 
 
 		 1269 aa  714    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2535  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  40.1 
 
 		 946 aa  661    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00287256  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1799  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  69.43 
 
 		 940 aa  1400    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.243197  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3398  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.11 
 
 		 994 aa  809    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1822  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52 
 
 		 958 aa  1017    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.549181 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3362  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.08 
 
 		 946 aa  768    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.044527 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0959  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  61.27 
 
 		 931 aa  1222    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.292659  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1635  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  100 
 
 		 939 aa  1969    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1710  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  99.79 
 
 		 939 aa  1966    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.799991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2609  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  58.09 
 
 		 941 aa  1136    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00855464 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2343  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  88.5 
 
 		 940 aa  1769    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0982455  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2817  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.54 
 
 		 994 aa  768    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.900682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1390  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.17 
 
 		 954 aa  1048    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44010  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  60.93 
 
 		 943 aa  1190    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1086  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  55.45 
 
 		 945 aa  1058    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2645  alpha-ketoglutarate decarboxylase  44.88 
 
 		 1277 aa  733    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.178892  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1508  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.17 
 
 		 954 aa  1049    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3547  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.3 
 
 		 901 aa  756    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2395  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.9 
 
 		 981 aa  809    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0106518 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1710  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  98.83 
 
 		 939 aa  1952    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.150842 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0586  alpha-ketoglutarate decarboxylase  46.83 
 
 		 1233 aa  756    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.577894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0555  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.16 
 
 		 988 aa  755    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0848498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1737  alpha-ketoglutarate decarboxylase  44.73 
 
 		 1263 aa  709    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.765927  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1427  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  89.14 
 
 		 940 aa  1758    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.345596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4047  alpha-ketoglutarate decarboxylase  42.47 
 
 		 1269 aa  714    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2252  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 subunit  65.11 
 
 		 935 aa  1310    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.392494  normal  0.744433 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4477  alpha-ketoglutarate decarboxylase  42.89 
 
 		 1262 aa  713    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.655001  normal  0.23332 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1154  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  59.83 
 
 		 945 aa  1198    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>