More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1066 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_1070  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  95.67 
 
 
508 aa  1006    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1255  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  84.87 
 
 
509 aa  892    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  78.37 
 
 
497 aa  792    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3334  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  77.96 
 
 
497 aa  791    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  83.01 
 
 
498 aa  815    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3196  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  78.37 
 
 
497 aa  793    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1177  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  78.37 
 
 
497 aa  793    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.651177  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
508 aa  1044    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1138  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  99.8 
 
 
508 aa  1043    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1006  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  55.88 
 
 
494 aa  543  1e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.3 
 
 
504 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2781  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.12 
 
 
498 aa  496  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1047  GGDEF domain-containing protein  51.32 
 
 
500 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.47 
 
 
500 aa  489  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3340  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.64 
 
 
500 aa  491  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3009  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.85 
 
 
492 aa  464  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.606625  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.33 
 
 
768 aa  361  2e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1077  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.11 
 
 
765 aa  356  5.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0375  GGDEF domain-containing protein  44.15 
 
 
762 aa  350  5e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93912  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.89 
 
 
768 aa  345  1e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3322  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.67 
 
 
775 aa  344  2e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.97 
 
 
776 aa  344  2e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  42.89 
 
 
768 aa  344  2e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3115  putative diguanylate phosphodiesterase  42.54 
 
 
768 aa  343  5.999999999999999e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4061  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.62 
 
 
768 aa  296  4e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.948422  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2577  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.16 
 
 
722 aa  266  5.999999999999999e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.64 
 
 
793 aa  264  2e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0256  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.23 
 
 
778 aa  262  8.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3143  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  33.07 
 
 
786 aa  256  5e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.661256  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0996  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.26 
 
 
829 aa  255  2.0000000000000002e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.846195  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01278  Putative signal protein with HAMP, GGDEF and EAL domains  36.52 
 
 
785 aa  253  5.000000000000001e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0804794  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.89 
 
 
1486 aa  252  1e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.27 
 
 
779 aa  251  2e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.148378 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.56 
 
 
533 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0439369  normal  0.12147 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2825  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.61 
 
 
651 aa  250  3e-65  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0147323 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  35.71 
 
 
1515 aa  250  4e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01685  predicted signal transduction protein containing a membrane domain, an EAL and a GGDEF domain  33.7 
 
 
729 aa  250  4e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.18 
 
 
826 aa  249  8e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8076  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain-like protein  34.56 
 
 
693 aa  248  1e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0411962  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 
1502 aa  248  1e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6026  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.13 
 
 
1109 aa  247  4e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178921  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.03 
 
 
1508 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.79 
 
 
1070 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.41 
 
 
1504 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.03 
 
 
1508 aa  246  6e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.03 
 
 
1508 aa  246  6e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0409  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor  34.53 
 
 
925 aa  246  6.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.231334  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.8 
 
 
1508 aa  246  9e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.17 
 
 
1505 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1871  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.45 
 
 
721 aa  244  1.9999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.616361 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.17 
 
 
1504 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2360  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.59 
 
 
603 aa  245  1.9999999999999999e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.95 
 
 
892 aa  244  3e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.34 
 
 
1107 aa  244  3e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.75 
 
 
958 aa  243  5e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.532324  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3696  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.45 
 
 
747 aa  243  7.999999999999999e-63  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.031791  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4742  RNase II stability modulator  34.44 
 
 
664 aa  242  9e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.632651  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.66 
 
 
816 aa  242  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3360  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.73 
 
 
785 aa  242  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.400189  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  36.04 
 
 
604 aa  241  2e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03720  sensory box GGDEF domain-containing protein  34.84 
 
 
760 aa  240  5e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164821 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  35.8 
 
 
735 aa  240  5.999999999999999e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.27 
 
 
947 aa  238  1e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  35.8 
 
 
892 aa  239  1e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.18 
 
 
499 aa  238  1e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462189  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  35.8 
 
 
892 aa  238  2e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  35.8 
 
 
892 aa  238  2e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.11 
 
 
805 aa  238  2e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00432386  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  35.8 
 
 
892 aa  238  2e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2945  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.61 
 
 
778 aa  238  2e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1240  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.71 
 
 
777 aa  238  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  35.48 
 
 
892 aa  238  3e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.89 
 
 
1499 aa  238  3e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.19 
 
 
693 aa  238  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.46 
 
 
862 aa  237  4e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4493  PAS:GGDEF  34.53 
 
 
972 aa  237  4e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.267938  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
716 aa  237  4e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.29 
 
 
925 aa  237  5.0000000000000005e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3786  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.05 
 
 
755 aa  236  6e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1614  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.72 
 
 
771 aa  236  7e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0431388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4208  HAMP domain/GGDEF domain/EAL domain protein  31.87 
 
 
784 aa  236  8e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.22 
 
 
996 aa  236  9e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.73 
 
 
724 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.73 
 
 
890 aa  235  1.0000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.19 
 
 
693 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
862 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3588  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.02 
 
 
827 aa  234  3e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0360121 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.87 
 
 
584 aa  234  3e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3562  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.49 
 
 
687 aa  234  3e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.6333  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.21 
 
 
1511 aa  234  3e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.57 
 
 
790 aa  233  5e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2728  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.25 
 
 
858 aa  233  6e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.04 
 
 
772 aa  233  7.000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3132  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.86 
 
 
677 aa  233  7.000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.95 
 
 
711 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.444283  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.28 
 
 
450 aa  233  8.000000000000001e-60  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.235348 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.02 
 
 
1209 aa  233  8.000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.7 
 
 
730 aa  232  9e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  34.02 
 
 
828 aa  232  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
756 aa  232  1e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>