143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1039 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_1219  phosphopentomutase  97.77 
 
 
404 aa  786    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1027  phosphopentomutase  83.42 
 
 
405 aa  662    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1039  phosphopentomutase  100 
 
 
404 aa  828    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.536446  hitchhiker  0.0000000672539 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1104  phosphopentomutase  99.26 
 
 
404 aa  823    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000314431 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1004  phosphopentomutase  82.67 
 
 
405 aa  698    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.490105  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1043  phosphopentomutase  99.01 
 
 
404 aa  820    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000600335 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0975  phosphopentomutase  85.4 
 
 
407 aa  711    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.515828  hitchhiker  0.00460474 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3225  phosphopentomutase  93.56 
 
 
404 aa  780    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2813  phosphopentomutase  86.88 
 
 
405 aa  685    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00335296  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2820  phosphopentomutase  94.31 
 
 
404 aa  785    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.776511  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3228  phosphopentomutase  94.31 
 
 
404 aa  786    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3376  phosphopentomutase  84.16 
 
 
405 aa  712    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.301348  normal  0.0494326 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3046  phosphopentomutase  84.41 
 
 
405 aa  679    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.308084  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3364  phosphopentomutase  93.56 
 
 
404 aa  780    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.438117  hitchhiker  0.00673377 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1142  phosphopentomutase  93.32 
 
 
404 aa  778    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000656152 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3547  phosphopentomutase  85.89 
 
 
405 aa  729    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0922116  hitchhiker  0.000231976 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1927  phosphopentomutase  72.66 
 
 
406 aa  617  1e-176  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03375  phosphopentomutase  71.92 
 
 
406 aa  613  9.999999999999999e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0829  phosphopentomutase  71.5 
 
 
407 aa  611  9.999999999999999e-175  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3496  phosphopentomutase  71.5 
 
 
407 aa  610  1e-173  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3625  phosphopentomutase  71.5 
 
 
407 aa  610  1e-173  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.871395  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0621  phosphopentomutase  71.92 
 
 
406 aa  609  1e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.482863  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0662  phosphopentomutase  71.43 
 
 
407 aa  607  9.999999999999999e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002631  phosphopentomutase  70.94 
 
 
406 aa  600  1e-170  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0543  phosphopentomutase  70.27 
 
 
407 aa  598  1e-170  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.284768  normal  0.109677 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04259  phosphopentomutase  70.44 
 
 
407 aa  593  1e-168  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.676098  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04225  hypothetical protein  70.44 
 
 
407 aa  593  1e-168  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.836281  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4925  phosphopentomutase  70.02 
 
 
407 aa  591  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.141985  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4977  phosphopentomutase  70.02 
 
 
407 aa  591  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4823  phosphopentomutase  70.02 
 
 
407 aa  591  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4891  phosphopentomutase  70.02 
 
 
407 aa  591  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0858658  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4984  phosphopentomutase  70.02 
 
 
407 aa  592  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3615  phosphopentomutase  70.2 
 
 
407 aa  590  1e-167  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3331  phosphopentomutase  70.02 
 
 
407 aa  588  1e-167  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00236172  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0823  phosphopentomutase  69.04 
 
 
407 aa  587  1e-167  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2985  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0601  phosphopentomutase  69.29 
 
 
407 aa  589  1e-167  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4618  phosphopentomutase  70.2 
 
 
407 aa  590  1e-167  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4982  phosphopentomutase  70.2 
 
 
407 aa  590  1e-167  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5898  phosphopentomutase  70.2 
 
 
407 aa  590  1e-167  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3673  phosphopentomutase  70.2 
 
 
407 aa  590  1e-167  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.863426  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4932  phosphopentomutase  70.2 
 
 
407 aa  590  1e-167  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.912083  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4930  phosphopentomutase  70.2 
 
 
407 aa  590  1e-167  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3450  phosphopentomutase  70.47 
 
 
407 aa  587  1e-166  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2863  phosphopentomutase  64.25 
 
 
415 aa  568  1e-161  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3345  phosphopentomutase  58.87 
 
 
406 aa  486  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0641  phosphopentomutase  57.82 
 
 
413 aa  475  1e-133  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1976  phosphopentomutase  56.68 
 
 
404 aa  476  1e-133  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0351038  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0693  phosphopentomutase  58.33 
 
 
407 aa  477  1e-133  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0676  phosphopentomutase  57.78 
 
 
407 aa  477  1e-133  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0829  phosphopentomutase  61.76 
 
 
418 aa  476  1e-133  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.44144  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0229  phosphopentomutase  57.14 
 
 
406 aa  470  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.44638  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4469  phosphopentomutase  56.65 
 
 
406 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.614507  normal  0.393425 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4099  phosphopentomutase  58.72 
 
 
409 aa  464  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4181  phosphopentomutase  56.9 
 
 
406 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0280  phosphopentomutase  56.76 
 
 
397 aa  464  1e-129  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.240489  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2210  phosphopentomutase  56.54 
 
 
405 aa  449  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1934  phosphopentomutase  56.79 
 
 
406 aa  449  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5134  phosphopentomutase  56.13 
 
 
407 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.426443  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1825  phosphopentomutase  55.31 
 
 
406 aa  437  1e-121  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0453691  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4521  phosphopentomutase  55.17 
 
 
405 aa  426  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.425757 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0816  phosphopentomutase  52.22 
 
 
406 aa  413  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.212684 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2985  phosphopentomutase  52.32 
 
 
402 aa  397  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.393208 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1570  phosphopentomutase  50.12 
 
 
404 aa  386  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0277  phosphopentomutase  52.54 
 
 
398 aa  381  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1596  phosphopentomutase  52.15 
 
 
398 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0249  phosphopentomutase  52.41 
 
 
398 aa  381  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0829  phosphopentomutase  48.27 
 
 
399 aa  366  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.654335  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0408  phosphopentomutase  48.78 
 
 
389 aa  359  5e-98  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1773  phosphopentomutase  48.16 
 
 
390 aa  354  2e-96  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6094  phosphopentomutase  48.28 
 
 
420 aa  350  3e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11773  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2221  phosphopentomutase  47.68 
 
 
394 aa  349  4e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.526738  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3449  phosphopentomutase  48.53 
 
 
388 aa  346  5e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1100  phosphopentomutase  46.31 
 
 
397 aa  339  4e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0954  phosphopentomutase  47.67 
 
 
388 aa  337  1.9999999999999998e-91  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0368  phosphopentomutase  46.55 
 
 
393 aa  334  1e-90  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3205  phosphopentomutase  45.54 
 
 
392 aa  335  1e-90  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2256  phosphopentomutase  46.06 
 
 
393 aa  333  2e-90  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0905  phosphopentomutase  47.42 
 
 
391 aa  334  2e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0956  phosphopentomutase  47.42 
 
 
388 aa  334  2e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1500  phosphopentomutase  47.54 
 
 
389 aa  332  1e-89  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1040  phosphopentomutase  45.01 
 
 
394 aa  330  3e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000119876  hitchhiker  0.000224801 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4197  phosphopentomutase  45.01 
 
 
394 aa  330  4e-89  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00100464  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0781  phosphopentomutase  47.52 
 
 
390 aa  330  4e-89  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3918  phosphopentomutase  45.01 
 
 
394 aa  329  6e-89  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000783591  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4156  phosphopentomutase  44.77 
 
 
394 aa  329  7e-89  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0317626  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3844  phosphopentomutase  44.77 
 
 
394 aa  328  7e-89  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.512526  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4220  phosphopentomutase  44.77 
 
 
394 aa  328  7e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000013434  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3997  phosphopentomutase  44.96 
 
 
394 aa  328  9e-89  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4309  phosphopentomutase  44.96 
 
 
394 aa  328  9e-89  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0282781  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0758  phosphopentomutase  47.03 
 
 
390 aa  328  9e-89  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2786  phosphopentomutase  45.5 
 
 
395 aa  328  9e-89  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000455105  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4111  phosphopentomutase  44.77 
 
 
394 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.25334e-34 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3828  phosphopentomutase  44.77 
 
 
394 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0706266  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0677  phosphopentomutase  45.81 
 
 
388 aa  325  8.000000000000001e-88  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0951  phosphopentomutase  46.21 
 
 
389 aa  325  1e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2053  phosphopentomutase  45.93 
 
 
397 aa  323  3e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1791  phosphopentomutase  46.17 
 
 
392 aa  318  1e-85  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3719  phosphopentomutase  45.32 
 
 
390 aa  317  2e-85  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1281  phosphopentomutase  47.21 
 
 
397 aa  315  9e-85  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.477667  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1667  phosphopentomutase  44.94 
 
 
392 aa  315  9.999999999999999e-85  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.104924  normal  0.0318533 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>