More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0428 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00113  pyruvate dehydrogenase subunit E1  66.52 
 
 
887 aa  1278    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.162586  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3488  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  66.52 
 
 
887 aa  1277    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000010003  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1842  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  54.56 
 
 
907 aa  973    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  unclonable  0.0000000223069  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0339  pyruvate dehydrogenase subunit E1  64.85 
 
 
881 aa  1217    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.684841 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1919  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.63 
 
 
902 aa  1152    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.525375  normal  0.0960769 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3000  pyruvate dehydrogenase subunit E1  63.45 
 
 
895 aa  1166    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.685258  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1600  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.9 
 
 
896 aa  1159    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.160826  normal  0.690435 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4808  pyruvate dehydrogenase subunit E1  71.93 
 
 
893 aa  1345    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0424  pyruvate dehydrogenase subunit E1  97.75 
 
 
888 aa  1815    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3860  pyruvate dehydrogenase, E1 component  57.3 
 
 
889 aa  1063    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1502  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.16 
 
 
891 aa  1113    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0833868  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5005  pyruvate dehydrogenase, E1 component  65.19 
 
 
881 aa  1209    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1721  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.16 
 
 
898 aa  1113    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.630674  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1737  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  54.56 
 
 
907 aa  973    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.0000212328  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1461  pyruvate dehydrogenase subunit E1  62.3 
 
 
887 aa  1166    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1522  pyruvate dehydrogenase subunit E1  62.19 
 
 
887 aa  1165    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0518  pyruvate dehydrogenase subunit E1  64.74 
 
 
881 aa  1207    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2324  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  54.67 
 
 
907 aa  974    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110026  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1625  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  57.87 
 
 
889 aa  1074    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1328  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.32 
 
 
937 aa  1090    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.028663  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0442  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.8 
 
 
891 aa  1155    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000000000082511  normal  0.261896 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1303  pyruvate dehydrogenase subunit E1  62.43 
 
 
895 aa  1173    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.305881  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4683  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  60.07 
 
 
891 aa  1122    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.219426  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2667  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.16 
 
 
890 aa  1113    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2746  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.16 
 
 
898 aa  1113    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0783  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  54.56 
 
 
907 aa  971    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.0000178151  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2462  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  54.56 
 
 
907 aa  971    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.000000385423  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1254  pyruvate dehydrogenase subunit E1  57.47 
 
 
891 aa  1057    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0734  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.1 
 
 
898 aa  1105    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00461526  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0463  pyruvate dehydrogenase subunit E1  64.85 
 
 
881 aa  1216    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0874  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  52.52 
 
 
891 aa  941    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.242196  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5443  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.94 
 
 
898 aa  1118    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1007  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  58.23 
 
 
897 aa  1094    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0194825  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3431  pyruvate dehydrogenase subunit E1  93.58 
 
 
888 aa  1761    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.771222 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3090  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.16 
 
 
891 aa  1113    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00640831  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1001  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.17 
 
 
886 aa  1107    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00011508  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1037  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.68 
 
 
891 aa  1118    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0358  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.51 
 
 
889 aa  1172    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3373  pyruvate dehydrogenase subunit E1  51.81 
 
 
924 aa  928    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.1248  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0670  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  53.56 
 
 
916 aa  948    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.0000000792343  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1864  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.82 
 
 
898 aa  1116    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2130  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.56 
 
 
885 aa  1147    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3057  pyruvate dehydrogenase subunit E1  51 
 
 
945 aa  941    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.636776  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3373  pyruvate dehydrogenase subunit E1  52.72 
 
 
912 aa  957    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2212  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.87 
 
 
903 aa  1137    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00159714  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3650  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  51.25 
 
 
875 aa  883    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2573  pyruvate dehydrogenase subunit E1  62.29 
 
 
884 aa  1174    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.207684  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2230  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.16 
 
 
891 aa  1113    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.768184  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2074  pyruvate dehydrogenase subunit E1  63.71 
 
 
884 aa  1219    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2672  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.6 
 
 
913 aa  1150    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000588589  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3831  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  52.22 
 
 
900 aa  887    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1541  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.28 
 
 
898 aa  1126    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.292704  normal  0.0677375 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4472  pyruvate dehydrogenase subunit E1  55.97 
 
 
913 aa  993    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00150993 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1063  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  54.41 
 
 
906 aa  981    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3383  pyruvate dehydrogenase subunit E1  67.23 
 
 
886 aa  1262    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.771869  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1551  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  51.39 
 
 
879 aa  906    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00110575  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0855  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.11 
 
 
896 aa  1080    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1050  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.5 
 
 
937 aa  1087    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.349396  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1196  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.98 
 
 
895 aa  1158    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.737897  normal  0.868931 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4263  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  59.09 
 
 
892 aa  1095    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0512  pyruvate dehydrogenase subunit E1  62.56 
 
 
889 aa  1207    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0724588  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0512  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  54.56 
 
 
907 aa  973    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  unclonable  0.0000699469  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2792  pyruvate dehydrogenase subunit E1  55.33 
 
 
893 aa  1034    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.215552  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1887  pyruvate dehydrogenase subunit E1  50.67 
 
 
902 aa  924    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2781  pyruvate dehydrogenase subunit E1  50.57 
 
 
929 aa  934    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4918  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  54.06 
 
 
904 aa  967    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5940  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.94 
 
 
898 aa  1118    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3362  pyruvate dehydrogenase subunit E1  51.81 
 
 
924 aa  928    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00342151  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1115  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  51.47 
 
 
899 aa  947    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3350  pyruvate dehydrogenase subunit E1  72.95 
 
 
890 aa  1375    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1095  pyruvate dehydrogenase subunit E1  64.57 
 
 
887 aa  1263    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.159185  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0428  pyruvate dehydrogenase subunit E1  100 
 
 
888 aa  1847    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.753679  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3599  pyruvate dehydrogenase subunit E1  100 
 
 
888 aa  1847    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.172197  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0269  pyruvate dehydrogenase subunit E1  62.68 
 
 
895 aa  1152    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.818226  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3777  pyruvate dehydrogenase subunit E1  93.81 
 
 
888 aa  1750    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.341316  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2174  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.94 
 
 
898 aa  1118    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6501  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  53.62 
 
 
904 aa  961    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66290  pyruvate dehydrogenase subunit E1  65.19 
 
 
882 aa  1224    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.572078  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2612  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.16 
 
 
890 aa  1112    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2464  pyruvate dehydrogenase subunit E1  51.76 
 
 
922 aa  930    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0453737  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3414  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  50.34 
 
 
922 aa  914    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2137  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.94 
 
 
898 aa  1118    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.304128  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3245  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  54.17 
 
 
904 aa  970    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.633638  normal  0.656536 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0426  pyruvate dehydrogenase subunit E1  98.54 
 
 
888 aa  1826    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.373094  normal  0.0838359 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2128  pyruvate dehydrogenase subunit E1  62.14 
 
 
909 aa  1180    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00934481  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3913  pyruvate dehydrogenase subunit E1  97.41 
 
 
888 aa  1816    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4858  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  51.02 
 
 
906 aa  902    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0734587  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1993  pyruvate dehydrogenase subunit E1  50.68 
 
 
932 aa  924    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.883092  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2105  pyruvate dehydrogenase subunit E1  46.22 
 
 
892 aa  746    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00865423  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0375  pyruvate dehydrogenase subunit E1  67.41 
 
 
898 aa  1243    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00106725 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3424  pyruvate dehydrogenase subunit E1  51.81 
 
 
929 aa  928    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2927  pyruvate dehydrogenase subunit E1  65.43 
 
 
886 aa  1210    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0320949  normal  0.180637 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3752  pyruvate dehydrogenase subunit E1  51.25 
 
 
924 aa  946    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0660504  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3328  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.63 
 
 
887 aa  1180    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.973498  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2462  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.62 
 
 
907 aa  1165    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0130543  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4757  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  51.37 
 
 
915 aa  877    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1781  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.67 
 
 
909 aa  1152    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000127285  decreased coverage  0.000322845 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1617  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  53.14 
 
 
905 aa  894    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.743799  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2125  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.64 
 
 
898 aa  1168    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0558604  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1634  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  54.56 
 
 
907 aa  973    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000003166  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>