38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1562 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1501  RDD domain-containing protein  88.42 
 
 		 444 aa  776    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.561992  hitchhiker  0.000145013 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1568  RDD domain-containing protein  88.74 
 
 		 448 aa  780    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.957894  normal  0.02442 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1562  RDD domain-containing protein  100 
 
 		 449 aa  925    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0211691 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2662  RDD domain-containing protein  57.87 
 
 		 412 aa  499  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2684  RDD domain-containing protein  57.65 
 
 		 415 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0059123  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2763  RDD domain-containing protein  56.67 
 
 		 412 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.136751  hitchhiker  0.000413792 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1700  RDD domain containing protein  57.65 
 
 		 415 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.6304  hitchhiker  0.00000345448 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2369  RDD domain-containing protein  56 
 
 		 398 aa  480  1e-134  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2902  hypothetical protein  63.73 
 
 		 376 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1722  RDD domain-containing protein  42.12 
 
 		 403 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000166004 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2381  RDD domain-containing protein  42.42 
 
 		 414 aa  294  2e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210385 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2856  RDD domain-containing protein  39.33 
 
 		 375 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000762039 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1683  RDD domain-containing protein  40.54 
 
 		 424 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1509  hypothetical protein  41.75 
 
 		 375 aa  271  2e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2514  RDD domain-containing protein  34.97 
 
 		 453 aa  188  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2416  hypothetical protein  37.5 
 
 		 270 aa  55.5  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3590  RDD domain containing protein  35 
 
 		 310 aa  54.3  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1285  hypothetical protein  38.1 
 
 		 165 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0232  RDD domain containing protein  29.03 
 
 		 247 aa  49.7  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14520  hypothetical protein  38.1 
 
 		 165 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1061  RDD domain containing protein  35.29 
 
 		 211 aa  48.9  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8545  membrane protein/domain-like protein  34.57 
 
 		 175 aa  48.9  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3524  RDD domain-containing protein  35.71 
 
 		 165 aa  47.4  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.352555 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4234  RDD domain-containing protein  37.8 
 
 		 162 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11690  RDD domain-containing membrane protein  39.02 
 
 		 141 aa  46.2  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270076  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14920  predicted membrane protein/domain protein  30.85 
 
 		 365 aa  46.6  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0445754  normal  0.0682409 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1145  hypothetical protein  38.04 
 
 		 166 aa  46.2  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0989  RDD domain-containing protein  35.37 
 
 		 162 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00320129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1021  RDD domain-containing protein  35.37 
 
 		 162 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1175  RDD domain-containing protein  35.87 
 
 		 166 aa  45.8  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1340  serine/threonine protein kinase  30 
 
 		 536 aa  45.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.975368 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0984  RDD domain containing protein  35.37 
 
 		 162 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1364  hypothetical protein  35.87 
 
 		 166 aa  45.4  0.002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.356558  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0277  RDD domain containing protein  34.67 
 
 		 217 aa  44.7  0.004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.666159  normal  0.0986894 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3769  RDD domain containing protein  36.25 
 
 		 258 aa  44.3  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.469918 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0170  RDD domain-containing protein  30.77 
 
 		 145 aa  43.9  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000000534855  decreased coverage  0.00967799 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1422  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 		 257 aa  44.3  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000176176  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0098  RDD domain containing protein  34.57 
 
 		 204 aa  43.1  0.01  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>