More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3802 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3802  hypothetical protein  100 
 
 
394 aa  817    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4466  hypothetical protein  81.22 
 
 
394 aa  675    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.119173 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0054  hypothetical protein  82.99 
 
 
396 aa  693    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0055  hypothetical protein  83.76 
 
 
394 aa  699    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000153695 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4328  hypothetical protein  82.74 
 
 
394 aa  691    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0051  HI0933 family protein  82.49 
 
 
394 aa  691    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.71818 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0047  hypothetical protein  82.74 
 
 
394 aa  692    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0051  hypothetical protein  82.74 
 
 
394 aa  692    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  unclonable  0.0000135975 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0044  hypothetical protein  83.5 
 
 
394 aa  697    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3694  HI0933-like protein  79.15 
 
 
398 aa  662    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4873  hypothetical protein  80.2 
 
 
394 aa  677    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4212  hypothetical protein  82.95 
 
 
394 aa  657    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0049  hypothetical protein  83.5 
 
 
394 aa  697    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000378391 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0047  hypothetical protein  83.25 
 
 
394 aa  696    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00322221 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4017  hypothetical protein  79.95 
 
 
393 aa  669    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0064  hypothetical protein  63.71 
 
 
397 aa  531  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001943  NAD(FAD)-utilizing dehydrogenase  62.37 
 
 
397 aa  510  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00536  oxidoreductase  62.12 
 
 
397 aa  509  1e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0145  hypothetical protein  59.49 
 
 
394 aa  506  9.999999999999999e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2949  putative FAD dependent oxidoreductase  61.01 
 
 
401 aa  507  9.999999999999999e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2434  hypothetical protein  61.68 
 
 
398 aa  500  1e-140  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3931  HI0933 family protein  61.52 
 
 
397 aa  494  9.999999999999999e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4118  HI0933 family protein  60 
 
 
394 aa  491  9.999999999999999e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4688  hypothetical protein  60.47 
 
 
413 aa  488  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00166  predicted flavoprotein  60.76 
 
 
393 aa  488  1e-137  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3858  hypothetical protein  60.05 
 
 
398 aa  486  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00469108  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4204  HI0933 family protein  59.6 
 
 
399 aa  485  1e-136  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3791  hypothetical protein  60.05 
 
 
398 aa  484  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3901  hypothetical protein  60.05 
 
 
398 aa  484  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.150346  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3962  hypothetical protein  59.8 
 
 
398 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.327369  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4032  hypothetical protein  59.75 
 
 
398 aa  484  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0123  hypothetical protein  59.49 
 
 
460 aa  483  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.291133  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3781  hypothetical protein  60.05 
 
 
398 aa  484  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4094  hypothetical protein  59.24 
 
 
460 aa  480  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3906  hypothetical protein  60.37 
 
 
397 aa  480  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4838  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase family protein  61.58 
 
 
400 aa  477  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4487  HI0933 family protein  59.75 
 
 
399 aa  476  1e-133  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03341  predicted oxidoreductase with FAD/NAD(P)-binding domain  60.81 
 
 
400 aa  472  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.542782  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0223  HI0933 family protein  60.81 
 
 
400 aa  472  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3830  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase family protein  61.07 
 
 
400 aa  473  1e-132  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3781  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase family protein  61.07 
 
 
400 aa  473  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3691  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase family protein  60.81 
 
 
400 aa  471  1e-132  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3974  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase family protein  60.81 
 
 
400 aa  471  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0224  hypothetical protein  60.81 
 
 
400 aa  471  1e-132  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03294  hypothetical protein  60.81 
 
 
400 aa  472  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.555868  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0375  HI0933-like protein  58.23 
 
 
393 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3115  FAD-dependent oxidoreductase of HI0933-like family protein  59.15 
 
 
400 aa  456  1e-127  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2552  hypothetical protein  55.08 
 
 
393 aa  448  1e-125  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0623  hypothetical protein  55.25 
 
 
428 aa  447  1.0000000000000001e-124  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.228803 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2099  hypothetical protein  56.44 
 
 
396 aa  447  1.0000000000000001e-124  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2680  hypothetical protein  55.08 
 
 
393 aa  446  1.0000000000000001e-124  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0662  hypothetical protein  56.12 
 
 
392 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0741866  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07280  hypothetical protein  55.87 
 
 
392 aa  444  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28030  HI0933-like protein  56.92 
 
 
411 aa  441  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5249  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like  53.3 
 
 
392 aa  435  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1441  HI0933-like protein  54.59 
 
 
394 aa  437  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00402  hypothetical protein  55.04 
 
 
393 aa  434  1e-120  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.96178  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1621  HI0933 family protein  54.99 
 
 
394 aa  431  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0160754  normal  0.370908 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0599  HI0933 family protein  55.33 
 
 
392 aa  431  1e-119  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.623073 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0476  hypothetical protein  55.19 
 
 
394 aa  426  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.900431  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1635  hypothetical protein  50.74 
 
 
405 aa  425  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2555  hypothetical protein  55.44 
 
 
396 aa  426  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00730633  hitchhiker  0.0000156467 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0515  hypothetical protein  53.28 
 
 
392 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2547  hypothetical protein  54.18 
 
 
394 aa  422  1e-117  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.374165  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1707  HI0933-like protein  54.2 
 
 
399 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0202  HI0933-like protein  51.06 
 
 
433 aa  420  1e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.309698  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0271  hypothetical protein  52.26 
 
 
401 aa  419  1e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5008  conserved hypothetical protein TIGR00275  53.19 
 
 
392 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3274  hypothetical protein  53.09 
 
 
396 aa  415  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.142928  normal  0.877884 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0156  hypothetical protein  53.08 
 
 
392 aa  418  9.999999999999999e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0512  hypothetical protein  54.76 
 
 
410 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0137  hypothetical protein  52.26 
 
 
405 aa  418  9.999999999999999e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5002  hypothetical protein  54.45 
 
 
393 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.32275  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4826  hypothetical protein  54.19 
 
 
393 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.270305  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4953  hypothetical protein  54.19 
 
 
393 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683781  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2183  hypothetical protein  51.13 
 
 
396 aa  414  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.286863 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0183  hypothetical protein  50.47 
 
 
438 aa  414  1e-114  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.18446 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0801  hypothetical protein  54.85 
 
 
395 aa  412  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1798  hypothetical protein  50.13 
 
 
392 aa  414  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1349  hypothetical protein  51.52 
 
 
393 aa  412  1e-114  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1392  hypothetical protein  51.27 
 
 
393 aa  406  1.0000000000000001e-112  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.574952  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0303  hypothetical protein  51.39 
 
 
394 aa  404  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.918662  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1725  hypothetical protein  51.79 
 
 
397 aa  401  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.685186 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0413  HI0933-like protein  51.52 
 
 
392 aa  400  9.999999999999999e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0650019  normal  0.0294705 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0398  HI0933 family protein  52.42 
 
 
406 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00801709 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2623  hypothetical protein  48.35 
 
 
393 aa  394  1e-108  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0366  HI0933 family protein  51.41 
 
 
406 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.128737 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2832  flavoprotein  47.97 
 
 
392 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838235  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1463  hypothetical protein  48.22 
 
 
392 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.261664  normal  0.428497 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1513  hypothetical protein  47.72 
 
 
392 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.86402  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1341  hypothetical protein  49.74 
 
 
393 aa  382  1e-105  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3945  hypothetical protein  47.49 
 
 
405 aa  379  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1831  HI0933-like protein  51.13 
 
 
402 aa  379  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.000611752  normal  0.363311 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2364  hypothetical protein  47.99 
 
 
406 aa  379  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.709721  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0680  HI0933-like protein  51.47 
 
 
394 aa  377  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.192167 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1238  hypothetical protein  49.61 
 
 
414 aa  374  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3800  hypothetical protein  50.25 
 
 
391 aa  374  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.225042  normal  0.0906126 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1400  hypothetical protein  45.89 
 
 
415 aa  369  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.615162  normal  0.401096 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2824  HI0933-like protein  49.5 
 
 
405 aa  370  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0499  HI0933 family protein  47.98 
 
 
398 aa  364  1e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0205832 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>