More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3704 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3704  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
356 aa  739    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.524405  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0701  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.65 
 
 
360 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.004629  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0107  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.29 
 
 
367 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.88 
 
 
353 aa  444  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2719  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.53 
 
 
358 aa  439  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.719616  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  60.53 
 
 
355 aa  432  1e-120  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.88 
 
 
360 aa  431  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1683  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.21 
 
 
363 aa  434  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.429769  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.88 
 
 
360 aa  433  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.53 
 
 
355 aa  431  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.53 
 
 
355 aa  431  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.89 
 
 
355 aa  434  1e-120  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1212  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60 
 
 
360 aa  428  1e-119  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.809645  decreased coverage  0.00336065 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.88 
 
 
353 aa  430  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2762  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.83 
 
 
352 aa  430  1e-119  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.12 
 
 
360 aa  428  1e-119  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.41 
 
 
355 aa  427  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.41 
 
 
355 aa  426  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3017  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.05 
 
 
340 aa  425  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0758664 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.59 
 
 
352 aa  427  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.82 
 
 
355 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.82 
 
 
355 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.82 
 
 
355 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.41 
 
 
355 aa  427  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.82 
 
 
355 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.41 
 
 
355 aa  426  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4215  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.41 
 
 
355 aa  426  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4299  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.41 
 
 
355 aa  427  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03666  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.12 
 
 
355 aa  424  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  59.24 
 
 
363 aa  424  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03615  hypothetical protein  60.12 
 
 
355 aa  424  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.41 
 
 
354 aa  421  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0103955  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  59.24 
 
 
363 aa  424  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.94 
 
 
355 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.6 
 
 
355 aa  422  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4198  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.48 
 
 
355 aa  419  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3167  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.61 
 
 
343 aa  421  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4006  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.48 
 
 
355 aa  419  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4812  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.47 
 
 
355 aa  419  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3554  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.7 
 
 
355 aa  414  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.110317  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2106  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.72 
 
 
350 aa  416  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0474818  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2830  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.82 
 
 
367 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00106167  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.43 
 
 
359 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  57.23 
 
 
361 aa  414  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0837  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.26 
 
 
361 aa  411  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.378615  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2900  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.45 
 
 
358 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2100  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.26 
 
 
357 aa  414  1e-114  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.564792  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.94 
 
 
361 aa  412  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.62 
 
 
360 aa  413  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1562  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.06 
 
 
353 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  57.23 
 
 
361 aa  414  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.14 
 
 
354 aa  412  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.98 
 
 
358 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.36 
 
 
361 aa  408  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  58.09 
 
 
361 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.65 
 
 
361 aa  409  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2711  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.6 
 
 
356 aa  410  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0773  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.52 
 
 
358 aa  409  1e-113  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.781884  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  58.09 
 
 
361 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  58.09 
 
 
361 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.06 
 
 
356 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.14 
 
 
359 aa  411  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  58.09 
 
 
361 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.86 
 
 
359 aa  408  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  58.09 
 
 
361 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.48 
 
 
356 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.77 
 
 
358 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3502  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.52 
 
 
363 aa  406  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602458 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4723  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.24 
 
 
356 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00234117 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.35 
 
 
358 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.94 
 
 
361 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.8 
 
 
357 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.65 
 
 
365 aa  402  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0120  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.18 
 
 
353 aa  401  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0624  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.09 
 
 
365 aa  404  1e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0728968 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2132  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.32 
 
 
363 aa  404  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.11 
 
 
367 aa  403  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3030  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.29 
 
 
359 aa  401  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.179842 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0209  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.74 
 
 
350 aa  403  1e-111  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1183  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.81 
 
 
351 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.769877  normal  0.417509 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0165  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.77 
 
 
355 aa  399  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.183737  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0050  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.1 
 
 
351 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00991  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.46 
 
 
360 aa  400  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.67 
 
 
371 aa  398  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1571  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.72 
 
 
353 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.285914 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0707  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.16 
 
 
339 aa  400  9.999999999999999e-111  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0585358  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1399  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.93 
 
 
339 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0294946 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.48 
 
 
365 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3188  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.97 
 
 
375 aa  398  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1272  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.51 
 
 
351 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.447034 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2242  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.99 
 
 
377 aa  395  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.366599 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0682  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  57.77 
 
 
354 aa  392  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3306  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.66 
 
 
356 aa  393  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.310142  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2131  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.69 
 
 
358 aa  391  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2859  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.42 
 
 
354 aa  394  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0536365  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1491  dTDP-D-glucose-46-dehydratase  55.52 
 
 
352 aa  392  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170996  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4019  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.47 
 
 
352 aa  389  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.68615  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.69 
 
 
362 aa  391  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1986  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.36 
 
 
352 aa  390  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149951  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.29 
 
 
353 aa  389  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>