More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3572 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3572  alcohol dehydrogenase  100 
 
 
326 aa  654    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3941  quinone oxidoreductase putative YhdH/YhfP  80.06 
 
 
326 aa  536  1e-151  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0271  alcohol dehydrogenase  79.75 
 
 
326 aa  537  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000478762 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0254  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  77.61 
 
 
326 aa  527  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000117637 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0250  alcohol dehydrogenase  77.61 
 
 
326 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0255  quinone oxidoreductase  77.91 
 
 
326 aa  525  1e-148  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0252  quinone oxidoreductase putative YhdH/YhfP  78.22 
 
 
326 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0272  quinone oxidoreductase  78.53 
 
 
326 aa  525  1e-148  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3530  alcohol dehydrogenase  76.38 
 
 
326 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2154  alcohol dehydrogenase  76.07 
 
 
326 aa  510  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.573953  normal  0.0933085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2231  alcohol dehydrogenase  75.77 
 
 
326 aa  510  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499373  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001990  alcohol dehydrogenase  67.79 
 
 
326 aa  465  9.999999999999999e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1035  alcohol dehydrogenase  68.1 
 
 
326 aa  464  9.999999999999999e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00458  alcohol dehydrogenase  66.87 
 
 
326 aa  459  9.999999999999999e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2493  zinc-binding alcohol dehydrogenase  68.71 
 
 
326 aa  456  1e-127  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2972  putative zinc-binding alcohol dehydrogenase  63.5 
 
 
326 aa  423  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.886983  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03112  predicted oxidoreductase, Zn-dependent and NAD(P)-binding  63.38 
 
 
324 aa  413  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0728423  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0454  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  63.38 
 
 
324 aa  413  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.749607  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3689  alcohol dehydrogenase  62.46 
 
 
324 aa  411  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0316802  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3443  quinone oxidoreductase  63.38 
 
 
324 aa  413  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378871  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0454  quinone oxidoreductase  63.38 
 
 
324 aa  413  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0267753  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0249  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  61.85 
 
 
325 aa  413  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0608751  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4569  quinone oxidoreductase, YhdH family  63.08 
 
 
324 aa  412  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000284525  normal  0.204185 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03063  hypothetical protein  63.38 
 
 
324 aa  413  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0710671  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3737  quinone oxidoreductase  63.08 
 
 
324 aa  412  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000296751  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0260  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  62.15 
 
 
325 aa  411  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.18967  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3285  quinone oxidoreductase, YhdH family  62.77 
 
 
324 aa  410  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00682496  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3548  quinone oxidoreductase  63.08 
 
 
324 aa  410  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000395647  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0396  putative quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family protein  60.62 
 
 
325 aa  406  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4413  quinone oxidoreductase putative YhdH/YhfP  61.54 
 
 
325 aa  405  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00493012  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3679  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  60.92 
 
 
326 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0862676  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0463  quinone oxidoreductase  60.62 
 
 
325 aa  406  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.152247  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1200  putative quinone oxidoreductase  60.31 
 
 
325 aa  403  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0700296  normal  0.0860145 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3568  protein YhdH  61.23 
 
 
324 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.408975  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3567  protein YhdH  61.23 
 
 
324 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000716793  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3674  hypothetical protein  60.92 
 
 
324 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0677066  normal  0.330413 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3736  hypothetical protein  61.23 
 
 
324 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0213449 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3639  hypothetical protein  61.23 
 
 
324 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000530088 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3837  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  59.08 
 
 
328 aa  383  1e-105  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00134301  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4477  quinone oxidoreductase putative YhdH/YhfP  56.44 
 
 
327 aa  375  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000206096 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1505  NADPH:quinone reductase and related Zn-dependent oxidoreductase  57.41 
 
 
330 aa  368  1e-101  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1210  alcohol dehydrogenase  56.57 
 
 
328 aa  370  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783737  normal  0.219465 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0178  YhdH/YhfP family quinone oxidoreductase  58.77 
 
 
326 aa  365  1e-100  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000000873043  normal  0.604397 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0556  alcohol dehydrogenase  58.77 
 
 
328 aa  365  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1893  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  57.98 
 
 
327 aa  359  4e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.695142  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0065  alcohol dehydrogenase  54.29 
 
 
326 aa  358  7e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3205  alcohol dehydrogenase  56 
 
 
331 aa  358  9e-98  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0147594 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18460  Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  55.21 
 
 
327 aa  357  1.9999999999999998e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1643  zinc-binding alcohol dehydrogenase  55.21 
 
 
327 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.561484  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0467  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  55.38 
 
 
325 aa  350  1e-95  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2363  alcohol dehydrogenase  53.23 
 
 
329 aa  349  3e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.949479  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2639  zinc-binding alcohol dehydrogenase  52.62 
 
 
345 aa  349  4e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.718234  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2933  quinone oxidoreductase putative YhdH/YhfP  55.38 
 
 
332 aa  348  5e-95  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0318941 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1984  alcohol dehydrogenase  52.45 
 
 
327 aa  347  2e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1223  quinone oxidoreductase  53.54 
 
 
328 aa  347  2e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4748  oxidoreductase, zinc-binding  50.92 
 
 
327 aa  346  4e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0752  quinone oxidoreductase putative YhdH/YhfP  52.62 
 
 
330 aa  345  4e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.534368  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1586  alcohol dehydrogenase  50.61 
 
 
330 aa  344  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1526  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  52.15 
 
 
327 aa  342  4e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2962  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  52.76 
 
 
327 aa  342  5.999999999999999e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2939  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  51.84 
 
 
327 aa  342  7e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.533119  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0766  alcohol dehydrogenase  51.23 
 
 
327 aa  340  1e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1419  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  52.6 
 
 
328 aa  340  2e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3346  quinone oxidoreductase putative YhdH/YhfP  52.78 
 
 
328 aa  340  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.584462  normal  0.149022 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0359  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  52.76 
 
 
327 aa  339  5e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000624901 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0808  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  52.15 
 
 
327 aa  338  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2364  dehydrogenase NAD(P)-binding domain-containing protein  51.38 
 
 
328 aa  338  7e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.214717 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1434  putative Zn-dependent oxidoreductase  51.08 
 
 
326 aa  338  8e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1474  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  52.31 
 
 
331 aa  338  8e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1341  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  50.76 
 
 
330 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000434756  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0082  alcohol dehydrogenase  51.38 
 
 
326 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0838693  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2819  quinone oxidoreductase putative YhdH/YhfP  52.15 
 
 
327 aa  337  1.9999999999999998e-91  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3700  quinone oxidoreductase putative YhdH/YhfP  51.53 
 
 
327 aa  337  1.9999999999999998e-91  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3408  alcohol dehydrogenase  50.31 
 
 
327 aa  337  1.9999999999999998e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3356  quinone oxidoreductase  50.61 
 
 
327 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0638936 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2219  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  51.07 
 
 
588 aa  335  5.999999999999999e-91  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1185  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  53.07 
 
 
327 aa  335  7.999999999999999e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5139  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  51.38 
 
 
328 aa  335  9e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2930  zinc-binding alcohol dehydrogenase  52.78 
 
 
325 aa  333  2e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0250  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  50 
 
 
327 aa  332  5e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.68401  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24770  Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily  54.74 
 
 
328 aa  332  5e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4779  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  52.15 
 
 
325 aa  332  6e-90  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.279047  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1602  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  52.76 
 
 
327 aa  331  9e-90  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5289  quinone oxidoreductase  49.69 
 
 
327 aa  330  1e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.574483  normal  0.60541 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1204  quinone oxidoreductase  52.92 
 
 
326 aa  330  2e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.740135  normal  0.265781 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1675  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  52.91 
 
 
327 aa  329  4e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.509844  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3519  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  52.45 
 
 
330 aa  329  4e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.231356  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2535  zinc-binding alcohol dehydrogenase  53.07 
 
 
336 aa  329  5.0000000000000004e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.351283  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4744  alcohol dehydrogenase  49.69 
 
 
327 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.5324  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2753  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  49.69 
 
 
327 aa  328  6e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.700456  normal  0.0252326 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3502  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  50.15 
 
 
328 aa  328  8e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.990659  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2477  acyl-CoA dehydrogenase-like  53.77 
 
 
738 aa  328  9e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.193974  normal  0.0198771 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2968  alcohol dehydrogenase, zinc-containing protein  50 
 
 
327 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0338214  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3835  quinone oxidoreductase  50.46 
 
 
328 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.453794 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1052  quinone oxidoreductase  51.52 
 
 
327 aa  327  2.0000000000000001e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5461  zinc-binding alcohol dehydrogenase  49.69 
 
 
327 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5401  alcohol dehydrogenase  49.69 
 
 
327 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00910947 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2229  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  52.13 
 
 
327 aa  325  4.0000000000000003e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.979693 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2365  quinone oxidoreductase  50.77 
 
 
328 aa  325  6e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1230  zinc-binding alcohol dehydrogenase  49.23 
 
 
328 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.606644 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>