More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3568 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3568  cation diffusion facilitator family transporter  100 
 
 		 289 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000153022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0281  cation diffusion facilitator family transporter  85.12 
 
 		 289 aa  488  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000230949  unclonable  0.000000000100578 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0283  cation diffusion facilitator family transporter  80.62 
 
 		 289 aa  472  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000135254  hitchhiker  0.000000557586 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3931  cation diffusion facilitator family transporter  77.51 
 
 		 289 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000146752  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0369  cation diffusion facilitator family transporter  76.12 
 
 		 293 aa  457  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000868845  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0258  cation diffusion facilitator family transporter  73.36 
 
 		 296 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0238617  decreased coverage  0.0000137847 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0256  cation diffusion facilitator family transporter  74.05 
 
 		 290 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.015822  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3767  cation diffusion facilitator family transporter  76.82 
 
 		 297 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0281724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0255  cation diffusion facilitator family transporter  76.82 
 
 		 299 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000211411  hitchhiker  0.0000000259918 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0263  cation diffusion facilitator family transporter  73.01 
 
 		 296 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.089523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0263  cation diffusion facilitator family transporter  73.01 
 
 		 296 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000665998  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4475  cation efflux family protein  76.47 
 
 		 296 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0254  cation diffusion facilitator family transporter  75.78 
 
 		 297 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00100286  hitchhiker  0.000434478 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0314  cation diffusion facilitator family transporter  72.66 
 
 		 289 aa  434  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000499164  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3430  cation efflux family protein  71.28 
 
 		 289 aa  421  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.038315  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3459  cation diffusion facilitator family transporter  69.47 
 
 		 295 aa  413  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000668227  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4385  cation efflux family protein  48.08 
 
 		 301 aa  271  1e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.592721  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2795  ferrous iron efflux protein F  46.15 
 
 		 301 aa  264  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00102947  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03800  ferrous iron efflux protein F  49.06 
 
 		 300 aa  263  2e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.769582  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4070  cation diffusion facilitator family transporter  49.06 
 
 		 300 aa  263  2e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4103  ferrous iron efflux protein F  49.06 
 
 		 300 aa  263  2e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4448  ferrous iron efflux protein F  49.06 
 
 		 300 aa  263  2e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03749  hypothetical protein  49.06 
 
 		 300 aa  263  2e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.859371  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4145  ferrous iron efflux protein F  49.06 
 
 		 300 aa  263  2e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5369  ferrous iron efflux protein F  49.06 
 
 		 300 aa  263  2e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4355  ferrous iron efflux protein F  48.68 
 
 		 300 aa  262  4e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.363052 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4057  ferrous iron efflux protein F  48.75 
 
 		 300 aa  262  4.999999999999999e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.3408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4392  ferrous iron efflux protein F  49.81 
 
 		 300 aa  261  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.123338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4394  ferrous iron efflux protein F  49.06 
 
 		 300 aa  261  6.999999999999999e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4459  ferrous iron efflux protein F  49.81 
 
 		 300 aa  261  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.709567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4390  ferrous iron efflux protein F  49.81 
 
 		 300 aa  261  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.228028 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4307  ferrous iron efflux protein F  49.81 
 
 		 300 aa  261  8e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3813  ferrous iron efflux protein F  50.38 
 
 		 298 aa  261  1e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.70191  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4278  ferrous iron efflux protein F  49.43 
 
 		 300 aa  260  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.546202  normal  0.887398 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3300  iron and zinc efflux system protein  45.26 
 
 		 318 aa  258  9e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.831799  normal  0.0946092 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0088  ferrous iron efflux protein F  47.18 
 
 		 300 aa  256  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4790  cation efflux family protein  46.18 
 
 		 297 aa  254  9e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4127  ferrous iron efflux protein F  47.18 
 
 		 300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0087  ferrous iron efflux protein F  47.18 
 
 		 300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4020  ferrous iron efflux protein F  48.87 
 
 		 300 aa  252  4.0000000000000004e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4333  cation efflux protein  45.83 
 
 		 297 aa  249  3e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4937  cation efflux protein  46.53 
 
 		 298 aa  248  7e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.451266 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0139  ferrous iron efflux protein F  48.95 
 
 		 300 aa  248  8e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.205512  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00146  ferrous iron efflux protein F  46.32 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2262  ferrous iron efflux protein F  48.07 
 
 		 302 aa  246  2e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000896639  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4808  ferrous iron efflux protein F  48.24 
 
 		 300 aa  246  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002221  cobalt-zinc-cadmium resistance protein  46.32 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000518265  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0484  cation efflux protein  44.68 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2628  cation efflux protein  44.09 
 
 		 325 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.620911  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0137  ferrous iron efflux protein F  49.3 
 
 		 300 aa  242  6e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2871  cation efflux protein  45.85 
 
 		 317 aa  241  9e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0646  cation diffusion facilitator family transporter  45.33 
 
 		 289 aa  238  9e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.186266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0791  cation diffusion facilitator family transporter  43.01 
 
 		 312 aa  236  3e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536733 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3741  cation diffusion facilitator family transporter  47.12 
 
 		 292 aa  235  6e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4774  cation diffusion facilitator family transporter  43.94 
 
 		 290 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00437993 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4650  cation diffusion facilitator family transporter  43.6 
 
 		 290 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.188299 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12610  putative transporter  43.75 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.686969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1146  putative transporter  43.75 
 
 		 298 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0241  cation diffusion facilitator family transporter  47.12 
 
 		 310 aa  226  2e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000961232  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09970  Cation efflux protein  45.32 
 
 		 293 aa  222  7e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4828  cation diffusion facilitator family transporter  44.64 
 
 		 290 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0047  cation diffusion facilitator family transporter  40.34 
 
 		 325 aa  199  3.9999999999999996e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.408108  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4947  cation diffusion facilitator family transporter  40.81 
 
 		 312 aa  192  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.723787  normal  0.395043 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4753  cation diffusion facilitator family transporter  40.58 
 
 		 296 aa  188  9e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36054  decreased coverage  0.00983844 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1177  cation diffusion facilitator family transporter  39.34 
 
 		 308 aa  188  1e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0116  cation diffusion facilitator family transporter  36.96 
 
 		 323 aa  166  4e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.358203  normal  0.378394 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0847  cation efflux protein  34.29 
 
 		 297 aa  162  6e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1582  cation diffusion facilitator family transporter  37.14 
 
 		 299 aa  161  2e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1171  cation efflux family protein  31.07 
 
 		 295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1026  cation efflux family protein  31.43 
 
 		 295 aa  145  8.000000000000001e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0972  cation efflux family protein  31.43 
 
 		 295 aa  145  8.000000000000001e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0084  pantothenate metabolism flavoprotein  33.33 
 
 		 311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00694286  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1509  putative transport system permease protein  32.73 
 
 		 314 aa  139  4.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000073133  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1483  cation diffusion facilitator family transporter  32 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2073  cation diffusion facilitator family transporter  31.64 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.981542 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1114  cation efflux protein  30.91 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0167  cation diffusion facilitator family transporter  33.46 
 
 		 305 aa  132  5e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0532  ferrous-iron efflux pump FieF  35.11 
 
 		 291 aa  132  6e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.800383  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1770  cation diffusion facilitator family transporter  32.49 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3075  cation diffusion facilitator family transporter  30 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.553073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1850  cation diffusion facilitator family transporter  32.13 
 
 		 315 aa  128  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0896  cation efflux family protein  32.14 
 
 		 304 aa  128  9.000000000000001e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0221423  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_273  cation efflux protein  31.21 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.02572  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0589  cation diffusion facilitator family transporter  29.41 
 
 		 285 aa  127  3e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000134664  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2530  cation diffusion facilitator family transporter  30.68 
 
 		 460 aa  127  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0311  cation diffusion facilitator family transporter  30.94 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1123  ferrous-iron efflux pump FieF  31.54 
 
 		 289 aa  126  5e-28  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00791465  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0245  cation diffusion facilitator family transporter  26.18 
 
 		 291 aa  126  5e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2106  cation diffusion facilitator family transporter  32.73 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1206  cation diffusion facilitator family transporter  30.07 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1731  cation diffusion facilitator family transporter  29.2 
 
 		 315 aa  122  5e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.560975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1043  cation efflux protein  29.5 
 
 		 320 aa  122  8e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0867  cation diffusion facilitator family transporter  34.69 
 
 		 295 aa  122  9e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.851238 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1113  hypothetical protein  29.51 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.416676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2025  cation diffusion facilitator family transporter  28 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0165078  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2658  cation diffusion facilitator family transporter  33.21 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2446  cation diffusion facilitator family transporter  30 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.526861  normal  0.400869 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2574  cation diffusion facilitator family transporter  29.41 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1521  cation diffusion facilitator family transporter  29.68 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3261  cation efflux system protein  30.77 
 
 		 305 aa  120  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.826048  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>