211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3325 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3325  major facilitator transporter  100 
 
 
389 aa  759    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4270  major facilitator transporter  61.56 
 
 
390 aa  474  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0689  transport protein of the major facilitator  61.62 
 
 
389 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3634  major facilitator transporter  57.14 
 
 
389 aa  409  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0452  major facilitator transporter  55.88 
 
 
390 aa  391  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3577  major facilitator transporter  55.61 
 
 
390 aa  390  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0448  major facilitator transporter  55.44 
 
 
390 aa  388  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0450  major facilitator family protein  57.7 
 
 
387 aa  384  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4031  major facilitator transporter  54.26 
 
 
388 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3908  major facilitator transporter  54.26 
 
 
388 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3835  major facilitator superfamily MFS_1  54.26 
 
 
388 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0691  hypothetical protein  54.2 
 
 
384 aa  369  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.256683  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0425  major facilitator transporter  54.26 
 
 
388 aa  368  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3394  major facilitator transporter  57.18 
 
 
388 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1918  MFS transporter  51.1 
 
 
386 aa  342  8e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000771845  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000082  permease  47.33 
 
 
386 aa  315  9.999999999999999e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0172441  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05696  hypothetical protein  47.85 
 
 
356 aa  309  5.9999999999999995e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0414  transporter, MFS superfamily  32.34 
 
 
411 aa  174  2.9999999999999996e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.50103  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2783  major facilitator transporter  32.5 
 
 
431 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.2175  normal  0.236028 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2384  major facilitator transporter  35.21 
 
 
436 aa  163  6e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2491  major facilitator transporter  31.68 
 
 
430 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.216953 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2954  major facilitator transporter  35.6 
 
 
412 aa  162  1e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.126979 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2641  major facilitator transporter  32.5 
 
 
432 aa  159  8e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3082  major facilitator superfamily MFS_1  32.5 
 
 
454 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.359884  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0204  major facilitator transporter  32.72 
 
 
425 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1421  putative MFS family transporter protein  33.96 
 
 
382 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1700  putative MFS family transporter protein  31.27 
 
 
381 aa  146  6e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.289125 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0975  putative MFS family transporter protein  33.23 
 
 
382 aa  146  6e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3013  major facilitator transporter  32.95 
 
 
409 aa  145  9e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.382215  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00902  putative MFS family transporter protein  32.53 
 
 
382 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.90322  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2745  major facilitator superfamily MFS_1  32.53 
 
 
382 aa  145  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2698  putative MFS family transporter protein  32.53 
 
 
382 aa  145  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1004  putative MFS family transporter protein  32.53 
 
 
382 aa  145  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1061  putative MFS family transporter protein  32.53 
 
 
382 aa  145  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00909  hypothetical protein  32.53 
 
 
382 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.80551  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2221  putative MFS family transporter protein  32.53 
 
 
382 aa  145  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.707303 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1081  putative MFS family transporter protein  31.48 
 
 
382 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0972  putative MFS family transporter protein  32.13 
 
 
382 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1001  putative MFS family transporter protein  31.48 
 
 
382 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1066  putative MFS family transporter protein  32.13 
 
 
382 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0109071  normal  0.857423 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1032  putative MFS family transporter protein  31.75 
 
 
382 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1723  putative MFS family transporter protein  31.87 
 
 
384 aa  143  4e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2247  putative MFS family transporter protein  37.09 
 
 
396 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1991  putative MFS family transporter protein  32.14 
 
 
384 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2592  putative MFS family transporter protein  30.27 
 
 
382 aa  141  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2680  putative MFS family transporter protein  30.27 
 
 
382 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0020  putative MFS family transporter protein  31.88 
 
 
384 aa  133  5e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0419  major facilitator superfamily MFS_1  31.02 
 
 
417 aa  133  5e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2348  putative MFS family transporter protein  31.84 
 
 
382 aa  129  6e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.883707  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1427  major facilitator superfamily MFS_1  31.18 
 
 
430 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0226  major facilitator transporter  30.11 
 
 
446 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.200681  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1547  major facilitator transporter  30.33 
 
 
447 aa  124  3e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1740  transporter, putative  27.86 
 
 
412 aa  122  8e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.138078  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3112  hypothetical protein  29.52 
 
 
520 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0751652 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0112  major facilitator superfamily transporter  31.17 
 
 
427 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3528  major facilitator transporter  28.45 
 
 
428 aa  120  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000328166  normal  0.125095 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0155  major facilitator superfamily MFS_1  29.6 
 
 
436 aa  119  6e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0839  major facilitator transporter  28.23 
 
 
464 aa  118  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.673129  hitchhiker  0.000450742 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1681  putative transporter  27.6 
 
 
412 aa  119  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1813  major facilitator superfamiy transporter  28.53 
 
 
429 aa  118  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.284415 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1094  major facilitator transporter  30.06 
 
 
424 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2857  major facilitator transporter  31.55 
 
 
436 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0668265  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1172  major facilitator transporter  28.24 
 
 
412 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5688  major facilitator superfamily MFS_1  28.65 
 
 
418 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0510347  normal  0.192354 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20680  putative MFS transporter  29.97 
 
 
434 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1775  hypothetical protein  29.97 
 
 
434 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.359075  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3242  major facilitator transporter  29.69 
 
 
446 aa  112  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0903  major facilitator transporter  29.69 
 
 
446 aa  112  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3377  major facilitator transporter  29.69 
 
 
446 aa  112  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0513  major facilitator transporter  28.83 
 
 
459 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0739  major facilitator transporter  29.22 
 
 
480 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000161748 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0730  major facilitator superfamily MFS_1  29.22 
 
 
480 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000305807  hitchhiker  0.0000000180087 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3143  major facilitator transporter  26.64 
 
 
471 aa  110  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.385711 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3353  major facilitator transporter  26.52 
 
 
474 aa  110  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00730717  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3645  major facilitator transporter  29.22 
 
 
480 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000051219  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0709  major facilitator transporter  29.22 
 
 
480 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0602177  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0091  major facilitator transporter  28.06 
 
 
471 aa  108  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0699  major facilitator transporter  28.92 
 
 
474 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000337729  hitchhiker  0.00021718 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0801  major facilitator transporter  28.17 
 
 
411 aa  109  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.419426 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0685  major facilitator transporter  28.02 
 
 
476 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000174953  hitchhiker  0.000330115 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3933  hypothetical protein  28.61 
 
 
474 aa  107  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3922  major facilitator transporter  25.59 
 
 
444 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0203  major facilitator transporter  31.86 
 
 
443 aa  107  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.371325  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1380  MFS permease  28.19 
 
 
410 aa  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.897204  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3262  major facilitator transporter  27.73 
 
 
476 aa  106  6e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000595189  hitchhiker  0.0000189305 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0937  major facilitator family protein  26.63 
 
 
395 aa  106  7e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0751  major facilitator transporter  28.32 
 
 
481 aa  106  7e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0105844  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1849  major facilitator transporter  26.18 
 
 
418 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.513333 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0866  major facilitator family protein  26.33 
 
 
395 aa  105  2e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00300213  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3739  major facilitator transporter  30.33 
 
 
443 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.272825  normal  0.734833 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1922  major facilitator family transporter  30.82 
 
 
465 aa  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.628163  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3491  major facilitator transporter  31.12 
 
 
473 aa  103  7e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4258  major facilitator transporter  29.57 
 
 
452 aa  103  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34670  Transmembrane transport protein  30.43 
 
 
429 aa  103  7e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1591  MFS permease  27.35 
 
 
411 aa  102  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.37561  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4398  major facilitator family transporter  30 
 
 
444 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.170292  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1456  major facilitator transporter  30 
 
 
446 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.357176  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3228  major facilitator transporter  26.61 
 
 
427 aa  100  4e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3959  major facilitator transporter  29 
 
 
447 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.913585  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0999  major facilitator family protein  26.63 
 
 
395 aa  100  6e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.329257  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>