More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3316 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3316  magnesium transporter  100 
 
 
455 aa  913    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.497245  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3966  magnesium transporter  80 
 
 
454 aa  743    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0681  magnesium transporter  78.02 
 
 
454 aa  724    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.299447  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4245  magnesium transporter  89.23 
 
 
454 aa  823    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.036971  unclonable  0.0000000195953 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3673  magnesium transporter  77.8 
 
 
454 aa  724    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0193522  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0721  magnesium transporter  90.11 
 
 
454 aa  830    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.167519 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0668  magnesium transporter  80 
 
 
454 aa  741    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.175865  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3354  magnesium transporter  79.78 
 
 
454 aa  739    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.399526  normal  0.0702195 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3382  magnesium transporter  78.68 
 
 
454 aa  737    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.363371  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0702  magnesium transporter  78.02 
 
 
454 aa  725    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.952021 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0667  magnesium transporter  79.78 
 
 
454 aa  739    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0861056  normal  0.126448 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0711  magnesium transporter  78.02 
 
 
454 aa  724    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194916  normal  0.348771 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0710  magnesium transporter  79.34 
 
 
454 aa  740    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000631089  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3093  magnesium transporter  78.46 
 
 
454 aa  713    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.15586 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3622  magnesium transporter  89.67 
 
 
454 aa  829    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.135678  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2896  magnesium transporter  63.41 
 
 
453 aa  606  9.999999999999999e-173  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0679732  normal  0.300943 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2114  magnesium transporter  63.55 
 
 
453 aa  551  1e-156  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03198  Mg/Co/Ni transporter MgtE (contains CBS domain)  59.65 
 
 
452 aa  551  1e-156  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000340775  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03669  hypothetical protein  62.22 
 
 
451 aa  546  1e-154  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0493  magnesium transporter  62 
 
 
451 aa  541  1e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.862314  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0645  magnesium transporter  57.59 
 
 
452 aa  543  1e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824163  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002398  magnesium transporter  61.78 
 
 
452 aa  543  1e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4549  magnesium transporter  58.94 
 
 
452 aa  531  1e-149  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2720  magnesium transporter  52.89 
 
 
453 aa  482  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.786081  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2421  magnesium transporter  50 
 
 
450 aa  451  1e-125  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545313  normal  0.154844 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2231  magnesium transporter  52.05 
 
 
450 aa  447  1.0000000000000001e-124  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.555024  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2801  divalent cation transporter  51.57 
 
 
452 aa  422  1e-117  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3183  magnesium transporter  49.89 
 
 
455 aa  412  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02217  magnesium transporter  49.29 
 
 
422 aa  410  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0994421  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0946  magnesium transporter  46.68 
 
 
453 aa  407  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.313196  normal  0.57653 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0971  magnesium transporter  45.33 
 
 
453 aa  382  1e-105  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000190733  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1840  divalent cation transporter  44.71 
 
 
453 aa  379  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0306  magnesium transporter  42.19 
 
 
479 aa  346  6e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.13146  hitchhiker  0.00174841 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3682  magnesium transporter  41.92 
 
 
480 aa  340  4e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1846  magnesium transporter  39.16 
 
 
480 aa  335  9e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.268327  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3760  magnesium transporter  42.19 
 
 
480 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00964036  normal  0.880674 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4471  magnesium transporter  41.72 
 
 
480 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.223346 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1444  magnesium transporter  41.72 
 
 
480 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0516873  normal  0.652895 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3976  magnesium transporter  41.72 
 
 
480 aa  332  8e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4271  divalent cation transporter  40.42 
 
 
480 aa  330  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000733148  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3552  divalent cation transporter  38.5 
 
 
480 aa  330  3e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0662808  normal  0.235563 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2899  magnesium transporter  40.65 
 
 
480 aa  330  3e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2506  divalent cation transporter  43.2 
 
 
494 aa  324  2e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4599  putative Mg transporter MgtE  38.99 
 
 
482 aa  320  3e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52460  putative Mg transporter MgtE  38.99 
 
 
482 aa  320  3e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3011  magnesium transporter  41.02 
 
 
451 aa  316  4e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3545  magnesium transporter  39.44 
 
 
477 aa  314  1.9999999999999998e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1224  magnesium transporter  37.09 
 
 
491 aa  313  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3111  magnesium transporter  37.09 
 
 
491 aa  313  2.9999999999999996e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1341  magnesium transporter  37.09 
 
 
491 aa  313  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0108  magnesium transporter  39.02 
 
 
481 aa  311  2e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34420  magnesium transporter; MgtE  40.86 
 
 
480 aa  310  2.9999999999999997e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.902296  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2060  magnesium transporter  37.08 
 
 
492 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000417993  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3074  magnesium transporter  39.13 
 
 
475 aa  305  9.000000000000001e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00687941 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1567  magnesium transporter  37.44 
 
 
481 aa  301  1e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2790  magnesium transporter  36.15 
 
 
478 aa  299  9e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.559033  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1995  divalent cation transporter  38.44 
 
 
476 aa  293  6e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0540  magnesium transporter  39.53 
 
 
478 aa  288  2e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1327  magnesium transporter  36.9 
 
 
492 aa  282  7.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2951  magnesium transporter  36.12 
 
 
492 aa  280  3e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0965  magnesium transporter  37.39 
 
 
481 aa  277  2e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.105361  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1083  magnesium transporter  37.47 
 
 
471 aa  277  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.939247  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1825  magnesium transporter  39.01 
 
 
463 aa  278  2e-73  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000202182  unclonable  0.00000000113397 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1033  magnesium transporter  36.79 
 
 
473 aa  271  2e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.160673  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2704  MgtE intracellular region  35.29 
 
 
456 aa  270  4e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000714396  hitchhiker  0.000367704 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2772  MgtE intracellular region  35.29 
 
 
456 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000125234  hitchhiker  0.00666763 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2551  magnesium transporter  37.05 
 
 
458 aa  268  1e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0571  magnesium transporter  35.14 
 
 
467 aa  267  2e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2620  magnesium transport protein  37.05 
 
 
471 aa  267  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.475029  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3911  serine/threonine protein kinase  35.02 
 
 
446 aa  267  2.9999999999999995e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2874  MgtE intracellular region  35.07 
 
 
456 aa  266  5.999999999999999e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000391262  hitchhiker  0.000117357 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1565  magnesium transporter, putative  35.07 
 
 
456 aa  266  8e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0582  Mg/Co/Ni transporter MgtE  35.14 
 
 
467 aa  265  1e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2763  MgtE intracellular region  36.53 
 
 
465 aa  262  1e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00201718  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2778  magnesium transporter  37.38 
 
 
461 aa  261  2e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.854072  normal  0.0326796 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3533  magnesium transporter  36.71 
 
 
471 aa  259  5.0000000000000005e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.206013 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0546  magnesium transporter  35.86 
 
 
459 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1060  MgtE intracellular region  34.35 
 
 
443 aa  258  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.217148 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1897  Mg/Co/Ni transporter, MgtE  37.26 
 
 
444 aa  258  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1386  magnesium transporter  35.19 
 
 
485 aa  258  2e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.384152 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1904  magnesium transporter  36.88 
 
 
462 aa  256  8e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2974  magnesium transporter  35.29 
 
 
456 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.467265  normal  0.0484227 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1408  magnesium transporter  35.29 
 
 
456 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0463641  normal  0.12261 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1369  magnesium transporter  35.29 
 
 
456 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1385  magnesium transporter  35.29 
 
 
456 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.778738  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1301  magnesium transporter  34.83 
 
 
484 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1450  magnesium transporter  32.37 
 
 
445 aa  254  2.0000000000000002e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.103194  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1147  magnesium transporter  35.63 
 
 
479 aa  254  3e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.552524 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3528  MgtE intracellular region  34.78 
 
 
455 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000114236  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2069  magnesium transporter  37.74 
 
 
471 aa  252  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1866  magnesium transporter  36.88 
 
 
471 aa  250  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165676  normal  0.0535205 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1081  magnesium transporter, putative  35.45 
 
 
454 aa  250  5e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00154782  normal  0.461647 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4084  magnesium transporter  35.55 
 
 
470 aa  249  6e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.403557  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0294  magnesium transporter  38.21 
 
 
459 aa  249  7e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0471  magnesium transporter  35.44 
 
 
482 aa  247  3e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.963916 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3340  magnesium transporter  31.35 
 
 
473 aa  246  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1619  magnesium transporter  34.05 
 
 
481 aa  245  9.999999999999999e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00438274  normal  0.116909 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1255  magnesium transporter  32.81 
 
 
445 aa  244  3e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.029906  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1994  divalent cation transporter  35.27 
 
 
442 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4045  magnesium transporter  33.71 
 
 
472 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>