95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3156 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3156  hypothetical protein  100 
 
 
154 aa  313  4e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2902  hypothetical protein  85.06 
 
 
153 aa  269  1e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3563  hypothetical protein  46.67 
 
 
166 aa  147  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0518  hypothetical protein  42.57 
 
 
156 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0241  hypothetical protein  41.4 
 
 
157 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0615  hypothetical protein  41.1 
 
 
154 aa  135  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3967  formate-dependent nitrite reductase  40.69 
 
 
156 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0240  formate-dependent nitrite reductase  42.34 
 
 
157 aa  127  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0181  formate-dependent nitrite reductase  41.55 
 
 
153 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0182  formate-dependent nitrite reductase  41.55 
 
 
153 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4285  formate-dependent nitrite reductase  41.55 
 
 
153 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.128151 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4153  formate-dependent nitrite reductase  41.55 
 
 
153 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0313  formate-dependent nitrite reductase  40.28 
 
 
154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3962  formate-dependent nitrite reductase  38.89 
 
 
154 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3837  formate-dependent nitrite reductase  38.89 
 
 
154 aa  110  5e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3764  formate-dependent nitrite reductase  38.89 
 
 
154 aa  110  5e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3126  cytochrome C family protein  29.21 
 
 
333 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00631921  hitchhiker  0.0000243395 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1524  cytochrome c family protein  29.21 
 
 
333 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.462693  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2230  cytochrome C family protein  35.22 
 
 
309 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0468166  decreased coverage  0.000802637 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4530  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  30.91 
 
 
188 aa  80.5  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03903  hypothetical protein  31.29 
 
 
188 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5576  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  31.29 
 
 
188 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4316  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  31.29 
 
 
188 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4627  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  31.29 
 
 
188 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3921  cytochrome c nitrite reductase, pentaheme subunit  31.29 
 
 
188 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4623  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  30.91 
 
 
188 aa  80.1  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4621  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  30.91 
 
 
188 aa  80.1  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.342396 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4537  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  30.91 
 
 
188 aa  80.1  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4672  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  30.91 
 
 
188 aa  80.1  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03943  nitrite reductase, formate-dependent, penta-heme cytochrome c  31.29 
 
 
188 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0268  cytochrome C family protein  35.82 
 
 
314 aa  79  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1427  decaheme cytochrome c  35.82 
 
 
318 aa  79  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3675  cytochrome C family protein  35.82 
 
 
315 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2149  cytochrome c family protein  34.11 
 
 
304 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0950345  normal  0.491991 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1777  decaheme cytochrome c MtrA  30 
 
 
333 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1207  decaheme cytochrome c MtrA  33.58 
 
 
326 aa  77.8  0.00000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0298799  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2526  cytochrome C family protein  28.09 
 
 
329 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1611  cytochrome C family protein  33.58 
 
 
333 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.173927  normal  0.248798 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3956  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  30.67 
 
 
188 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.975829 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4533  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  30.67 
 
 
188 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4592  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  30.67 
 
 
188 aa  76.6  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2766  cytochrome C family protein  33.58 
 
 
333 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0218266  hitchhiker  0.000000422231 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1577  cytochrome C family protein  33.58 
 
 
333 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000354628  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1530  cytochrome c family protein  32.31 
 
 
321 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.892773  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2638  cytochrome C family protein  33.58 
 
 
329 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.838087  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2431  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  29.45 
 
 
189 aa  74.7  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2734  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  29.45 
 
 
189 aa  74.3  0.0000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2519  cytochrome C family protein  34.35 
 
 
322 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.589751  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2699  cytochrome C family protein  27.59 
 
 
328 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.840713  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4360  decaheme cytochrome c  29.41 
 
 
304 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1477  cytochrome C family protein  32.84 
 
 
334 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000779097  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1616  cytochrome C family protein  33.08 
 
 
321 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.093642  normal  0.713619 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2579  cytochrome C family protein  32.84 
 
 
329 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.069167  normal  0.0206665 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2677  cytochrome C family protein  32.84 
 
 
329 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.376662  normal  0.0163011 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2511  cytochrome C family protein  32.84 
 
 
329 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.115309  hitchhiker  0.00672893 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1593  cytochrome C family protein  33.08 
 
 
321 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000481816  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1588  cytochrome C family protein  32.84 
 
 
333 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00373932  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2672  cytochrome C family protein  31.54 
 
 
321 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.655979  normal  0.0486911 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2506  cytochrome C family protein  31.54 
 
 
321 aa  72  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.365224  hitchhiker  0.00105775 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1582  cytochrome C family protein  31.54 
 
 
321 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000911408  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2574  cytochrome C family protein  31.54 
 
 
321 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.448859  hitchhiker  0.00699839 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1782  decaheme cytochrome c MtrD  30.6 
 
 
306 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2692  cytochrome C family protein  32.56 
 
 
319 aa  72  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2820  cytochrome C family protein  33.85 
 
 
312 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3130  cytochrome C family protein  32.06 
 
 
317 aa  70.5  0.000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.849943  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1213  decaheme cytochrome c MtrD  33.33 
 
 
318 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.766107  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2761  cytochrome C family protein  30.77 
 
 
319 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.309572  hitchhiker  0.000367908 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1402  cytochrome c family protein  31.3 
 
 
316 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1305  cytochrome c family protein  29.32 
 
 
310 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000952698 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2925  cytochrome c family protein  31.3 
 
 
315 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003777  decaheme cytochrome c MtrA  34.09 
 
 
326 aa  67.8  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0352  cytochrome c family protein  32.06 
 
 
317 aa  67  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.101331 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1998  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  29.73 
 
 
197 aa  67.4  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3686  cytochrome C family protein  32.84 
 
 
314 aa  67  0.00000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4082  hypothetical protein  31.41 
 
 
307 aa  67  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0556738  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0227  cytochrome c family protein  32.39 
 
 
316 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0231  cytochrome C family protein  32.09 
 
 
316 aa  65.1  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003115  cytochrome c-type protein nrfB precursor  32.85 
 
 
200 aa  56.6  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0397  cytochrome C family protein  28 
 
 
299 aa  56.2  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.265526 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3626  cytochrome C family protein  31.33 
 
 
299 aa  55.8  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02726  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  29.41 
 
 
200 aa  55.1  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2203  cytochrome c family protein  30.34 
 
 
363 aa  53.1  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1402  double CXXCH motif-containing protein  27.91 
 
 
317 aa  52.8  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0638375 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0125  hypothetical protein  27.27 
 
 
618 aa  50.1  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0361  decaheme cytochrome c MtrA  26.62 
 
 
286 aa  48.9  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.162857  hitchhiker  0.000223849 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3859  cytochrome C family protein  25.98 
 
 
287 aa  48.5  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00158078  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0274  cytochrome c family protein  25 
 
 
619 aa  47.8  0.00006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00552346  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0100  cytochrome c family protein  24.24 
 
 
618 aa  47.4  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000214934  normal  0.444755 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3118  cytochrome C family protein  29.66 
 
 
334 aa  43.9  0.0008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0817  cytochrome C family protein  29.25 
 
 
540 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1144  cytochrome C family protein  28.8 
 
 
334 aa  43.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2583  cytochrome C family protein  26.11 
 
 
259 aa  43.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1744  cytochrome c family protein  28.86 
 
 
337 aa  43.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.740978 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3828  multiheme cytochrome  34.04 
 
 
307 aa  42  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.326628 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2291  cytochrome C family protein  26.38 
 
 
335 aa  41.2  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>