More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3141 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3141  ABC transporter-related protein  100 
 
 		 313 aa  644    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3817  ABC transporter related  82.69 
 
 		 326 aa  537  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.806511 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3909  ABC transporter-related protein  83.77 
 
 		 319 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0689  ABC transporter related  81.15 
 
 		 314 aa  520  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0772  ABC transporter, ATP-binding protein  82.78 
 
 		 319 aa  518  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0823  ABC transporter related  78.39 
 
 		 312 aa  511  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0794  ABC transporter related  78.39 
 
 		 312 aa  511  1e-144  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3802  ABC transporter, ATP-binding protein  78.39 
 
 		 312 aa  510  1e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3144  ABC transporter related  78.39 
 
 		 312 aa  510  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0830  ABC transporter related  78.06 
 
 		 312 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3712  ABC transporter related  78.14 
 
 		 312 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3520  ABC transporter related  78.46 
 
 		 312 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.12948  hitchhiker  0.00888857 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0722  ABC transporter related  78.78 
 
 		 312 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.446377  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3589  ABC transporter related  78.14 
 
 		 312 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0104822  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0653  ABC transporter related  77.81 
 
 		 311 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.860954  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3232  ABC transporter related  75.97 
 
 		 311 aa  488  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.479641  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03556  ABC transporter, ATP-binding protein  71.48 
 
 		 310 aa  446  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.333209  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0120  ABC transporter, ATP-binding protein  70.16 
 
 		 305 aa  441  1e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.695477  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3927  ABC transporter related  70.3 
 
 		 319 aa  441  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03455  ABC transporter, ATP-binding protein  69.64 
 
 		 324 aa  439  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002557  ABC-type multidrug transport system ATPase component  69.31 
 
 		 305 aa  439  9.999999999999999e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0675  ABC transporter related  71.29 
 
 		 308 aa  437  9.999999999999999e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.965541  normal  0.444536 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00126  predicted transporter subunit: ATP-binding component of ABC superfamily  70.96 
 
 		 308 aa  436  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3475  ABC transporter related protein  70.96 
 
 		 308 aa  436  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0129  ABC transporter, ATP-binding protein  70.96 
 
 		 308 aa  436  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0137  ABC transporter, ATP-binding protein  70.96 
 
 		 308 aa  436  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1004  ABC transporter, ATP-binding protein  68.08 
 
 		 326 aa  435  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3532  ABC transporter related  70.96 
 
 		 308 aa  436  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00125  hypothetical protein  70.96 
 
 		 308 aa  436  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0120  ABC transporter, ATP-binding protein  70.96 
 
 		 308 aa  436  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0131  ABC transporter, ATP-binding protein  70.96 
 
 		 308 aa  436  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0188  ABC transporter ATP-binding protein  69.97 
 
 		 308 aa  431  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.608048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3122  ABC transporter related  70.26 
 
 		 310 aa  431  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3477  ABC transporter related  70.72 
 
 		 308 aa  432  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0187  ABC transporter ATP-binding protein  69.97 
 
 		 308 aa  431  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0680915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0191  ABC transporter ATP-binding protein  69.97 
 
 		 308 aa  431  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.503646 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3349  ABC transporter, ATP-binding protein  70.72 
 
 		 308 aa  432  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0209833  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3996  ABC transporter-related protein  71.24 
 
 		 307 aa  432  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0204  ABC transporter, ATP-binding protein  69.97 
 
 		 308 aa  431  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1156  ABC transporter related protein  69.81 
 
 		 312 aa  431  1e-120  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.165511  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0135  ABC transporter, ATP-binding protein  70.63 
 
 		 308 aa  434  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2827  ABC transporter related  70.2 
 
 		 306 aa  429  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0196  ABC transporter ATP-binding protein  69.64 
 
 		 308 aa  428  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.879775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2615  ABC transporter, ATP-binding protein  69.44 
 
 		 305 aa  428  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.762057  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0573  ABC transporter ATP-binding protein  68.54 
 
 		 307 aa  427  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.686168  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1024  ABC transporter related  69.9 
 
 		 307 aa  427  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.258701  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1170  ribosomal protein S16  67.43 
 
 		 318 aa  426  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.36106  hitchhiker  0.000000135751 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1017  ABC transporter ATP-binding protein  70.39 
 
 		 306 aa  422  1e-117  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1630  ABC transporter  67.67 
 
 		 310 aa  417  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0229972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4181  ABC transporter-like  67.33 
 
 		 310 aa  419  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.511532 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1895  ABC transporter ATP-binding protein  67.33 
 
 		 310 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000838668 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3855  ABC transporter, ATP-binding protein  67.67 
 
 		 310 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.324637  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3820  ABC transporter related  67 
 
 		 310 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1505  ABC transporter related  67 
 
 		 310 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1470  ABC transporter related  66.67 
 
 		 310 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27770  ABC transporter ATP-binding protein  67.33 
 
 		 310 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.109755 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15500  ABC transporter, ATP binding component  65.46 
 
 		 310 aa  409  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2345  ABC transporter ATP-binding protein  67 
 
 		 310 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1097  ABC transporter related  64.45 
 
 		 316 aa  405  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2136  ABC transporter related  64.45 
 
 		 304 aa  399  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00658879  normal  0.0667998 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1859  ABC transporter related  62.17 
 
 		 307 aa  399  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1919  ABC transporter related  66.67 
 
 		 310 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00224779  normal  0.302439 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1010  ABC transporter, ATP-binding protein  62.25 
 
 		 304 aa  397  1e-109  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1140  ABC transporter ATP-binding protein  62.25 
 
 		 304 aa  397  1e-109  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000662244  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0880  ABC transporter related protein  62.21 
 
 		 309 aa  384  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0848  ABC-type multidrug transport system, ATP-binding protein  62.29 
 
 		 309 aa  384  1e-105  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.652188  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2832  ABC transporter, ATPase subunit  62.75 
 
 		 336 aa  379  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1778  ABC transporter related  61.54 
 
 		 320 aa  380  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.627055  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1351  ABC transporter related  59.74 
 
 		 320 aa  378  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000123717  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0455  hypothetical protein  60.6 
 
 		 304 aa  375  1e-103  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0431  hypothetical protein  60.6 
 
 		 304 aa  375  1e-103  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1079  ABC transporter related protein  59.28 
 
 		 325 aa  375  1e-103  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0606  ABC transporter related  60.26 
 
 		 321 aa  370  1e-101  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.118308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1983  ABC transporter related  59.67 
 
 		 308 aa  370  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.063118  normal  0.0186324 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2122  ABC transporter, ATP-binding protein  58.86 
 
 		 308 aa  353  2e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0460  ABC transporter related  57.79 
 
 		 315 aa  348  8e-95  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0955975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0426  ABC transporter, ATPase subunit  57.14 
 
 		 315 aa  345  6e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3880  ABC transporter related  57.05 
 
 		 322 aa  331  1e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.555039  normal  0.729872 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02791  ABC transporter ATP-binding protein  55.45 
 
 		 331 aa  330  2e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0560  ABC transporter ATP-binding protein  52.01 
 
 		 310 aa  313  2.9999999999999996e-84  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0496  ABC transporter related  52.01 
 
 		 310 aa  311  6.999999999999999e-84  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0799  ABC transporter related protein  48.67 
 
 		 314 aa  288  8e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0640073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0748  ABC transporter related  43.32 
 
 		 318 aa  254  1.0000000000000001e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.329889 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0069  ABC transporter component  42.14 
 
 		 336 aa  251  1e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.248175  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2648  ABC transporter related  46.38 
 
 		 318 aa  250  2e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0104  ABC transporter related  40.91 
 
 		 333 aa  245  6.999999999999999e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233279 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0746  ABC transporter related  43.69 
 
 		 310 aa  244  1.9999999999999999e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0862  ABC transporter related  45.54 
 
 		 308 aa  243  3e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0153083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4185  ABC transporter related  42.43 
 
 		 320 aa  243  3.9999999999999997e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0978  ABC transporter, ATP-binding protein  43.83 
 
 		 309 aa  241  9e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.080297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4685  ABC transporter related  43.89 
 
 		 315 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0550662 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1608  ABC transporter related  42.02 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.249581  normal  0.149154 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0897  ABC transporter related  42.37 
 
 		 309 aa  240  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1452  ABC transporter related  43.89 
 
 		 306 aa  239  4e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4024  ABC transporter related  43.67 
 
 		 306 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1498  ABC transporter related  43.32 
 
 		 315 aa  239  5e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.933175  normal  0.212759 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2923  ABC transporter, ATP-binding protein  42.86 
 
 		 308 aa  238  6.999999999999999e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0835  ABC transporter, ATPase subunit  43 
 
 		 309 aa  238  9e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.594095  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3137  ABC transporter related protein  43 
 
 		 316 aa  238  1e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00124665  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0411  ABC transporter related  42.47 
 
 		 335 aa  237  2e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>