116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3092 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3092  membrane-flanked domain-containing protein  100 
 
 
522 aa  1053    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3703  membrane-flanked domain-containing protein  55.07 
 
 
513 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.41247  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4033  membrane-flanked domain-containing protein  53.26 
 
 
514 aa  587  1e-166  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3352  membrane-flanked domain-containing protein  48.47 
 
 
504 aa  521  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0680319  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0940  membrane-flanked domain-containing protein  40.87 
 
 
541 aa  426  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2913  membrane protein  43.02 
 
 
492 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.472096 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01635  hypothetical protein  26.33 
 
 
542 aa  152  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.381049  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3047  serine/threonine protein kinase  24.39 
 
 
504 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00102959 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1151  membrane-flanked domain-containing protein  24.95 
 
 
533 aa  91.3  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1140  hypothetical protein  20.62 
 
 
474 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1759  membrane-flanked domain protein  23.15 
 
 
493 aa  79.3  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1091  hypothetical protein  21.68 
 
 
470 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2115  membrane-flanked domain protein  25.65 
 
 
494 aa  78.2  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0977  membrane-flanked domain-containing protein  20.41 
 
 
479 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1220  hypothetical protein  20.41 
 
 
474 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1164  hypothetical protein  21.34 
 
 
472 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0983  hypothetical protein  21.24 
 
 
472 aa  75.1  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0974  hypothetical protein  20.25 
 
 
486 aa  74.3  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04063  membrane flanked domain family  22.94 
 
 
501 aa  74.3  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0974  hypothetical protein  19.96 
 
 
486 aa  73.9  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.748155  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0853  hypothetical protein  22.81 
 
 
609 aa  73.6  0.000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.052171 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1159  hypothetical protein  20.61 
 
 
480 aa  72  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.576203  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4625  membrane-flanked domain protein  25.35 
 
 
467 aa  72  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2114  membrane-flanked domain protein  25.49 
 
 
549 aa  72.4  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.355312  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1149  hypothetical protein  21.46 
 
 
472 aa  71.6  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0354  membrane-flanked domain protein  22.75 
 
 
486 aa  71.6  0.00000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.813844  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0996  hypothetical protein  21.43 
 
 
472 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1066  hypothetical protein  21.43 
 
 
472 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3577  membrane-flanked domain  23.59 
 
 
512 aa  70.5  0.00000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.298166  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4214  membrane-flanked domain protein  20.12 
 
 
471 aa  70.5  0.00000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.150557 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3031  membrane-flanked domain-containing protein  23.48 
 
 
476 aa  70.1  0.00000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.687058 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0981  hypothetical protein  21.84 
 
 
472 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0821  membrane-flanked domain-containing protein  21.62 
 
 
476 aa  68.6  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1204  membrane-flanked domain protein  23.09 
 
 
632 aa  68.2  0.0000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.00000158592  hitchhiker  0.00000893365 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0986  membrane-flanked domain-containing protein  20.8 
 
 
472 aa  67  0.0000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0548  membrane-flanked domain  22.96 
 
 
491 aa  66.6  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.329035 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2490  membrane-flanked domain-containing protein  32 
 
 
449 aa  66.2  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.728641  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2252  membrane-flanked domain protein  26.91 
 
 
634 aa  65.5  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.34022  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1818  membrane-flanked domain protein  22.52 
 
 
547 aa  65.1  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1227  hypothetical protein  20.31 
 
 
472 aa  64.3  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4205  membrane-flanked domain protein  21.04 
 
 
453 aa  64.3  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1100  membrane-flanked domain protein  21.08 
 
 
471 aa  64.3  0.000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.691492  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3015  membrane-flanked domain-containing protein  31.86 
 
 
575 aa  63.5  0.000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.146242  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1331  membrane-flanked domain protein  25.23 
 
 
511 aa  63.2  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.280277  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3257  membrane-flanked domain-containing protein  23.44 
 
 
489 aa  62.8  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0708  membrane-flanked domain protein  27.43 
 
 
575 aa  59.7  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.372887  normal  0.341849 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11250  hypothetical protein  30.64 
 
 
487 aa  57  0.0000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.473209  hitchhiker  0.00694941 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0832  hypothetical protein  18.93 
 
 
542 aa  56.2  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0237094  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2979  membrane-flanked domain protein  28.71 
 
 
555 aa  56.2  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4358  membrane-flanked domain-containing protein  22.98 
 
 
443 aa  55.8  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.404296 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2002  hypothetical protein  19.39 
 
 
483 aa  55.8  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0633  membrane-flanked domain protein  34.48 
 
 
555 aa  55.5  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.13864  normal  0.33632 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6784  membrane protein-like protein  31.48 
 
 
508 aa  54.7  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.299764  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0781  membrane-flanked domain-containing protein  28.47 
 
 
180 aa  54.3  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0629316 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1820  membrane-flanked domain protein  27.59 
 
 
579 aa  53.9  0.000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0753  membrane-flanked domain-containing protein  28.47 
 
 
180 aa  53.9  0.000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0485052 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3185  membrane-flanked domain-containing protein  29.84 
 
 
180 aa  53.1  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00269357 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3596  membrane-flanked domain protein  28.18 
 
 
646 aa  52.4  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.000563429  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01310  predicted membrane protein  23.83 
 
 
561 aa  52.8  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0679  membrane-flanked domain-containing protein  27.74 
 
 
179 aa  52  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000277417  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3631  membrane-flanked domain-containing protein  27.74 
 
 
179 aa  52  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0110103  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5071  membrane-flanked domain-containing protein  31.5 
 
 
554 aa  52  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.324271  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4624  membrane-flanked domain protein  28.57 
 
 
152 aa  50.8  0.00005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0321  membrane-flanked domain protein  24.44 
 
 
521 aa  50.4  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1000  hypothetical protein  23.53 
 
 
177 aa  50.1  0.00009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0241842  normal  0.257315 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1685  hypothetical protein  31.82 
 
 
169 aa  49.7  0.0001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.767945  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0986  hypothetical protein  22.01 
 
 
377 aa  49.7  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0445  membrane-flanked domain-containing protein  31.21 
 
 
159 aa  49.7  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0831  hypothetical protein  26.53 
 
 
165 aa  50.1  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00137006  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2966  membrane-flanked domain-containing protein  29.59 
 
 
176 aa  50.1  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.124  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3754  membrane-flanked domain-containing protein  27.01 
 
 
179 aa  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0473065  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3563  membrane-flanked domain protein  27.01 
 
 
179 aa  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0439159  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0158  membrane-flanked domain-containing protein  22.06 
 
 
551 aa  48.9  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2893  membrane-flanked domain protein  31.13 
 
 
643 aa  48.9  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.736686  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00620  hypothetical protein  31.58 
 
 
179 aa  49.3  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.970266  normal  0.067715 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0836  membrane-flanked domain-containing protein  25.95 
 
 
179 aa  48.1  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.420646  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0399  membrane-flanked domain-containing protein  32.93 
 
 
174 aa  47.8  0.0004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0164295  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4977  membrane-flanked domain protein  27.5 
 
 
539 aa  48.1  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0396765  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2526  membrane-flanked domain protein  22.76 
 
 
480 aa  48.1  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32030  predicted membrane protein  25.81 
 
 
530 aa  47.8  0.0004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1948  hypothetical protein  26.85 
 
 
554 aa  47.8  0.0005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.561491  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2098  membrane-flanked domain protein  23.02 
 
 
558 aa  47.8  0.0005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3849  hypothetical protein  30.12 
 
 
180 aa  47.8  0.0006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5912  membrane-flanked domain-containing protein  31.45 
 
 
181 aa  47.4  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1327  hypothetical protein  32.89 
 
 
166 aa  47.4  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.266141 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2887  hypothetical protein  30 
 
 
766 aa  46.2  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1083  membrane protein-like protein  19.86 
 
 
515 aa  46.6  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.76486  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0223  membrane-flanked domain-containing protein  35.29 
 
 
469 aa  47  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.346085 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0245  membrane-flanked domain protein  21.69 
 
 
619 aa  46.2  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3512  membrane-flanked domain-containing protein  24.6 
 
 
491 aa  45.8  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1084  membrane-flanked domain-containing protein  28.4 
 
 
195 aa  45.8  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.491296  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0787  membrane-flanked domain-containing protein  30.11 
 
 
176 aa  45.8  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3728  membrane-flanked domain protein  23.08 
 
 
176 aa  45.1  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.557347  normal  0.445011 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12850  hypothetical protein  30.89 
 
 
190 aa  45.1  0.003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0949122  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2832  membrane-flanked domain protein  31.46 
 
 
658 aa  45.1  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.578918  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0995  hypothetical protein  27.27 
 
 
158 aa  44.7  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0980  hypothetical protein  27.27 
 
 
158 aa  44.7  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0589  membrane-flanked domain-containing protein  28.86 
 
 
486 aa  45.1  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3091  membrane-flanked domain-containing protein  30.33 
 
 
207 aa  44.7  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0805  membrane-flanked domain protein  26.56 
 
 
162 aa  44.7  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>