More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2962 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01437  malate dehydrogenase, (decarboxylating, NAD-requiring) (malic enzyme)  67.92 
 
 		 565 aa  788    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00511494  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2168  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating)  67.92 
 
 		 565 aa  788    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.399362  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1494  malate dehydrogenase  69.29 
 
 		 565 aa  803    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2178  malate dehydrogenase  68.1 
 
 		 565 aa  789    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2962  malate dehydrogenase  100 
 
 		 562 aa  1170    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2971  malate dehydrogenase  68.75 
 
 		 565 aa  795    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.419193  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3634  malate dehydrogenase  86.3 
 
 		 562 aa  1005    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.532529  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3518  malate dehydrogenase  89.32 
 
 		 562 aa  1047    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00517  malate dehydrogenase  65 
 
 		 563 aa  728    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4262  malate dehydrogenase  61.92 
 
 		 562 aa  722    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1274  malate dehydrogenase  75.27 
 
 		 562 aa  877    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.145162  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3855  malate dehydrogenase  87.54 
 
 		 562 aa  1019    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2621  malate dehydrogenase  87.72 
 
 		 562 aa  1021    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.898165 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3924  malate dehydrogenase  63.88 
 
 		 573 aa  746    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.694196  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01449  hypothetical protein  67.92 
 
 		 565 aa  788    Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0044137  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1680  malate dehydrogenase  68.4 
 
 		 565 aa  791    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.13099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1656  malate dehydrogenase  66.91 
 
 		 564 aa  738    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.843142  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1742  malate dehydrogenase  68.1 
 
 		 565 aa  788    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.375647  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2546  malate dehydrogenase  70.18 
 
 		 565 aa  817    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1564  malate dehydrogenase  68.1 
 
 		 565 aa  789    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3043  malate dehydrogenase  54.21 
 
 		 556 aa  641    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2901  malate dehydrogenase  54.4 
 
 		 556 aa  645    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003737  NAD-dependent malic enzyme  77.22 
 
 		 562 aa  889    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0866358  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1561  malate dehydrogenase  63.7 
 
 		 563 aa  749    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.501858  hitchhiker  0.00674056 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1387  malate dehydrogenase  63.69 
 
 		 560 aa  737    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3757  malate dehydrogenase  86.48 
 
 		 562 aa  1008    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0784  malate dehydrogenase  86.48 
 
 		 562 aa  1006    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.228066  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3186  malate dehydrogenase  88.43 
 
 		 562 aa  1032    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02034  malate dehydrogenase  76.69 
 
 		 562 aa  883    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2562  malate dehydrogenase  70 
 
 		 565 aa  810    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0537  malate dehydrogenase  64.87 
 
 		 560 aa  749    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2047  malate dehydrogenase  68.22 
 
 		 565 aa  791    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.418524 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2091  malate dehydrogenase  67.92 
 
 		 565 aa  784    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0736  malate dehydrogenase  81.32 
 
 		 562 aa  949    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2463  malate dehydrogenase  70 
 
 		 565 aa  810    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1599  malate dehydrogenase  68.4 
 
 		 565 aa  790    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2963  malate dehydrogenase  65.03 
 
 		 561 aa  717    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0982  malate dehydrogenase  63.33 
 
 		 560 aa  732    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.871776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0809  malate dehydrogenase  75.27 
 
 		 562 aa  867    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1777  malate dehydrogenase  68.4 
 
 		 565 aa  791    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3566  malate dehydrogenase  86.3 
 
 		 562 aa  1005    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0724  malate dehydrogenase  63.98 
 
 		 564 aa  730    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0902  malate dehydrogenase  88.43 
 
 		 562 aa  1028    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3188  malate dehydrogenase  87.72 
 
 		 562 aa  1021    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000330281 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0778  malate dehydrogenase  87.72 
 
 		 562 aa  1021    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0299274 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0833  malate dehydrogenase  84.52 
 
 		 562 aa  988    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0676  malate dehydrogenase  86.48 
 
 		 562 aa  1006    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19190  malate dehydrogenase  67.08 
 
 		 564 aa  754    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.408174 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1743  malate dehydrogenase  68.4 
 
 		 565 aa  791    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.260406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1695  malate dehydrogenase  68.1 
 
 		 565 aa  789    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.488975  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2451  malate dehydrogenase  69.11 
 
 		 565 aa  803    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0750  malate dehydrogenase  88.08 
 
 		 562 aa  1023    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.036774 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1682  malate dehydrogenase  68.4 
 
 		 565 aa  791    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.638669 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1661  malate dehydrogenase  67.92 
 
 		 565 aa  788    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1567  malate dehydrogenase  71.25 
 
 		 565 aa  824    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1836  malate dehydrogenase  58.03 
 
 		 570 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3704  malate dehydrogenase  53.13 
 
 		 574 aa  559  1e-158  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0303465 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1786  Malate dehydrogenase (oxaloacetate- decarboxylating) (NADP(+))  51.21 
 
 		 552 aa  554  1e-156  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1242  malate dehydrogenase  52.18 
 
 		 569 aa  546  1e-154  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1243  malate dehydrogenase  45.72 
 
 		 571 aa  537  1e-151  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1243  malate dehydrogenase  45.54 
 
 		 571 aa  536  1e-151  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1127  malate dehydrogenase  45.36 
 
 		 565 aa  512  1e-144  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0888  malate dehydrogenase  45.18 
 
 		 565 aa  509  1e-143  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.950644  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3529  malate dehydrogenase  52.75 
 
 		 568 aa  509  1e-143  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1666  malate dehydrogenase  45.62 
 
 		 570 aa  505  9.999999999999999e-143  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3529  malate dehydrogenase  45.26 
 
 		 570 aa  504  1e-141  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1812  malate dehydrogenase  45.26 
 
 		 570 aa  504  1e-141  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1668  malate dehydrogenase  45.44 
 
 		 570 aa  500  1e-140  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1650  malate dehydrogenase  45.44 
 
 		 577 aa  501  1e-140  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1615  malate dehydrogenase  45.44 
 
 		 577 aa  500  1e-140  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1848  malate dehydrogenase  45.44 
 
 		 570 aa  501  1e-140  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000107878 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1801  malate dehydrogenase  45.44 
 
 		 577 aa  499  1e-140  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1922  malate dehydrogenase  45.26 
 
 		 570 aa  499  1e-140  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1873  malate dehydrogenase  45.07 
 
 		 577 aa  498  1e-139  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0767  malate dehydrogenase  46.03 
 
 		 556 aa  481  1e-134  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00620  malate dehydrogenase  43.79 
 
 		 609 aa  467  9.999999999999999e-131  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5810  malate dehydrogenase  44.53 
 
 		 543 aa  468  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.414547  normal  0.345135 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0979  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  44.26 
 
 		 577 aa  452  1.0000000000000001e-126  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2079  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  46.18 
 
 		 579 aa  453  1.0000000000000001e-126  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.128788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2964  Malate dehydrogenase (oxaloacetate- decarboxylating)  43.71 
 
 		 572 aa  445  1.0000000000000001e-124  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.10034  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_56501  predicted protein  42.75 
 
 		 638 aa  448  1.0000000000000001e-124  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.511026  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12356  malate dehydrogenase  42.44 
 
 		 548 aa  443  1e-123  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89732  mitochondrial malate dehydrogenase  43.45 
 
 		 638 aa  443  1e-123  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2155  malate dehydrogenase  44.07 
 
 		 582 aa  444  1e-123  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3293  malate dehydrogenase  45.32 
 
 		 555 aa  445  1e-123  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.62653 
 
 
-
 
NC_006691  CNF03780  malate dehydrogenase, putative  43.25 
 
 		 629 aa  437  1e-121  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.807689  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2154  malate dehydrogenase  44.27 
 
 		 578 aa  437  1e-121  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06933  conserved hypothetical protein similar to yeast mitochondrial NAD-dependent malic enzyme (Eurofung)  42.86 
 
 		 581 aa  433  1e-120  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4404  malate dehydrogenase  44.31 
 
 		 570 aa  435  1e-120  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0661  malate dehydrogenase  43.86 
 
 		 535 aa  435  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.245423 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26919  predicted protein  42.03 
 
 		 565 aa  434  1e-120  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4139  malate dehydrogenase  44.51 
 
 		 571 aa  424  1e-117  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000025754  hitchhiker  0.000138599 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1302  malate dehydrogenase  44.51 
 
 		 571 aa  424  1e-117  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0218032  normal  0.203099 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0486  Malate dehydrogenase (oxaloacetate- decarboxylating) (NADP(+))  41.86 
 
 		 596 aa  424  1e-117  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1744  malate dehydrogenase  40.36 
 
 		 571 aa  424  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.945317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1005  malate dehydrogenase  39.15 
 
 		 542 aa  409  1e-113  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1191  malate dehydrogenase  39.23 
 
 		 544 aa  405  1e-111  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.16614  normal  0.0761619 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1532  malate dehydrogenase  37.25 
 
 		 542 aa  402  1e-111  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000122059  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3937  malate dehydrogenase  40.52 
 
 		 550 aa  404  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28620  predicted protein  39.81 
 
 		 549 aa  402  9.999999999999999e-111  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>