27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2381 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2381  RDD domain-containing protein  100 
 
 
414 aa  835    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000210385 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1722  RDD domain-containing protein  53.55 
 
 
403 aa  389  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000166004 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2856  RDD domain-containing protein  52.25 
 
 
375 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000762039 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1509  hypothetical protein  45.71 
 
 
375 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2662  RDD domain-containing protein  44 
 
 
412 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1700  RDD domain containing protein  44.09 
 
 
415 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.6304  hitchhiker  0.00000345448 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2763  RDD domain-containing protein  44.32 
 
 
412 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.136751  hitchhiker  0.000413792 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2684  RDD domain-containing protein  44.09 
 
 
415 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0059123  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2369  RDD domain-containing protein  43.67 
 
 
398 aa  295  1e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1501  RDD domain-containing protein  41.5 
 
 
444 aa  294  2e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.561992  hitchhiker  0.000145013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1562  RDD domain-containing protein  43.24 
 
 
449 aa  293  3e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0211691 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1568  RDD domain-containing protein  41.56 
 
 
448 aa  290  2e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.957894  normal  0.02442 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1683  RDD domain-containing protein  43.69 
 
 
424 aa  270  5e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2902  hypothetical protein  41.23 
 
 
376 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2514  RDD domain-containing protein  37.05 
 
 
453 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1175  RDD domain-containing protein  36.67 
 
 
166 aa  54.3  0.000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1364  hypothetical protein  36.67 
 
 
166 aa  53.5  0.000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.356558  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2416  hypothetical protein  36.25 
 
 
270 aa  51.6  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1145  hypothetical protein  37.78 
 
 
166 aa  51.6  0.00003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8545  membrane protein/domain-like protein  37.04 
 
 
175 aa  49.3  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14520  hypothetical protein  37.21 
 
 
165 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1061  RDD domain containing protein  36.89 
 
 
211 aa  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1285  hypothetical protein  37.21 
 
 
165 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3590  RDD domain containing protein  35.56 
 
 
310 aa  45.8  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0232  RDD domain containing protein  28.57 
 
 
247 aa  45.8  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3524  RDD domain-containing protein  36.14 
 
 
165 aa  43.5  0.007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.352555 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1340  serine/threonine protein kinase  33.75 
 
 
536 aa  43.1  0.009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.975368 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>