286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2247 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2247  putative transcriptional regulator  100 
 
 
210 aa  431  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0043002 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1690  putative transcriptional regulator  77.57 
 
 
214 aa  341  4e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.706761  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2908  segregation and condensation protein B  73.09 
 
 
226 aa  330  1e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0704465 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1647  segregation and condensation protein B  74.02 
 
 
198 aa  315  2e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0202301  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1466  condensin subunit ScpB  73.66 
 
 
198 aa  314  8e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1532  condensin subunit ScpB  73.66 
 
 
198 aa  314  8e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.104314  normal  0.016321 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1524  condensin subunit ScpB  73.66 
 
 
198 aa  314  8e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00434208 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1668  chromosome segregation and condensation protein, ScpB  73.17 
 
 
198 aa  313  9e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000398849  hitchhiker  0.000392902 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2718  putative transcriptional regulator  73.17 
 
 
198 aa  313  9e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.752294  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2797  putative transcriptional regulator  73.17 
 
 
198 aa  313  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2399  putative transcriptional regulator  72.68 
 
 
198 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.093672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2697  putative transcriptional regulator  72.68 
 
 
198 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3014  hypothetical protein  73.17 
 
 
198 aa  311  4.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2446  chromosome segregation and condensation protein ScpB  73.54 
 
 
206 aa  297  8e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1433  putative transcriptional regulator  70.49 
 
 
245 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2125  putative transcriptional regulator  66.67 
 
 
198 aa  276  2e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.676693 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2825  putative transcriptional regulator  61.9 
 
 
250 aa  228  4e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.994301  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02284  hypothetical protein  58.19 
 
 
197 aa  222  3e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.30198  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2012  segregation and condensation protein B  45.51 
 
 
236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0659243  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1721  condensin subunit ScpB  47.7 
 
 
352 aa  182  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.862733  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0982  segregation and condensation protein  47.62 
 
 
209 aa  182  3e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1257  condensin subunit ScpB  47.78 
 
 
221 aa  180  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1040  chromosome segregation and condensation protein ScpB  48.54 
 
 
222 aa  180  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190306  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0875  segregation and condensation protein B  47.09 
 
 
209 aa  179  4e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2824  condensin subunit ScpB  49.18 
 
 
408 aa  178  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1628  segregation and condensation protein B  49.18 
 
 
394 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.189744  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4637  condensin subunit ScpB  46.73 
 
 
343 aa  177  8e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0490684  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1733  segregation and condensation protein B  49.18 
 
 
360 aa  177  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1472  segregation and condensation protein B  48.94 
 
 
345 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1418  segregation and condensation protein B  45.93 
 
 
340 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.201173 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1759  segregation and condensation protein B  48.4 
 
 
349 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.450892  normal  0.0114777 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1015  putative transcriptional regulator  48.94 
 
 
345 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0722  condensin subunit ScpB  48.52 
 
 
194 aa  174  9.999999999999999e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1496  putative transcriptional regulator  48.94 
 
 
345 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1378  putative transcriptional regulator  48.94 
 
 
340 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.477089  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1758  segregation and condensation protein B  45.89 
 
 
456 aa  171  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.304009  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1911  segregation and condensation protein B  45.89 
 
 
456 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.436133  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1736  segregation and condensation protein B  45.89 
 
 
455 aa  171  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0336275  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2032  condensin subunit ScpB  46.81 
 
 
311 aa  171  7.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2568  segregation and condensation protein B  47.4 
 
 
458 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0143518  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1206  chromosome segregation and condensation protein, ScpB  47.73 
 
 
389 aa  170  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.224346  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1285  hypothetical protein  47.16 
 
 
304 aa  170  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0167657  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1084  chromosome segregation and condensation protein, ScpB  48.94 
 
 
234 aa  170  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.104912  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2690  segregation and condensation protein B  44.51 
 
 
291 aa  171  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1113  segregation and condensation protein B  47.73 
 
 
280 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.411442  normal  0.867542 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1839  condensin subunit ScpB  48.52 
 
 
264 aa  169  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0830751  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1611  putative transcriptional regulator  44.32 
 
 
254 aa  169  3e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.499077  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1164  condensin subunit ScpB  48.63 
 
 
234 aa  169  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1066  segregation and condensation protein B  45.41 
 
 
442 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0582  putative transcriptional regulator  48.3 
 
 
210 aa  168  4e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.571381  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1511  segregation and condensation protein B  45.41 
 
 
442 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0179  segregation and condensation protein B  45.41 
 
 
442 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00549366  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0987  segregation and condensation protein B  45.41 
 
 
442 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1555  segregation and condensation protein B  44.32 
 
 
247 aa  168  5e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00574498  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2614  condensin subunit ScpB  43.92 
 
 
244 aa  168  6e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00467525  normal  0.609016 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15670  chromosome segregation and condensation protein B  47.7 
 
 
263 aa  167  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00872  segregation and condensation protein B, putative  45.45 
 
 
399 aa  167  1e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.631373  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2313  putative transcriptional regulator  44.5 
 
 
230 aa  167  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.31706  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2002  condensin subunit ScpB  44.95 
 
 
261 aa  167  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0508753  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1161  putative transcriptional regulator  43.98 
 
 
221 aa  166  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1724  chromosome segregation and condensation protein, ScpB  48.89 
 
 
228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.870411 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1866  putative transcriptional regulator  45.08 
 
 
221 aa  165  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.391123  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1231  putative transcriptional regulator  46.15 
 
 
254 aa  165  4e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.457118  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3583  hypothetical protein  46.47 
 
 
255 aa  165  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.809895  normal  0.416711 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2206  segregation and condensation protein B  47.59 
 
 
201 aa  165  5.9999999999999996e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1813  conserved hypothetical protein TIGR00281  46.47 
 
 
257 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2035  condensin subunit ScpB  47.34 
 
 
302 aa  165  5.9999999999999996e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.401895 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0086  putative transcriptional regulator  50.3 
 
 
216 aa  164  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1098  segregation and condensation protein B  45.6 
 
 
246 aa  162  3e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1595  hypothetical protein  42.55 
 
 
193 aa  162  4.0000000000000004e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1873  condensin subunit ScpB  47.9 
 
 
184 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1401  hypothetical protein  43.09 
 
 
193 aa  161  7e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1490  condensin subunit ScpB  44.32 
 
 
337 aa  160  9e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.132  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3786  segregation and condensation protein B  47.65 
 
 
259 aa  159  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000435187 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2319  putative transcriptional regulator  49.06 
 
 
211 aa  159  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.62874  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4497  hypothetical protein  48.24 
 
 
277 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4003  segregation and condensation protein B  47.06 
 
 
256 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.577747  decreased coverage  0.000000530322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1929  segregation and condensation protein B  46.15 
 
 
332 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0678384  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1415  putative transcriptional regulator  48.24 
 
 
255 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.694698  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22860  putative transcriptional regulator  46.15 
 
 
330 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.184233 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1418  condensin subunit ScpB  47.88 
 
 
274 aa  158  6e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2181  chromosome segregation and condensation protein, ScpB  44.69 
 
 
281 aa  157  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2874  segregation and condensation protein B  43.92 
 
 
206 aa  155  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2456  condensin subunit ScpB  41.42 
 
 
178 aa  155  4e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0826453  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0850  condensin subunit ScpB  38.5 
 
 
287 aa  155  4e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0321676  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5025  segregation and condensation protein B  45.36 
 
 
278 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.354604  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1688  chromosome segregation and condensation protein, ScpB  42.39 
 
 
200 aa  150  8.999999999999999e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.145161  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1884  segregation and condensation protein B  41.86 
 
 
195 aa  142  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000125518  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5640  chromosome segregation and condensation protein, ScpB  46.67 
 
 
534 aa  142  3e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.90406  normal  0.854183 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1360  condensin subunit ScpB  41.76 
 
 
195 aa  131  6e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2296  segregation and condensation protein B  40.12 
 
 
192 aa  131  6e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1927  chromosome segregation and condensation protein, ScpB  40.7 
 
 
192 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1831  hypothetical protein  39.46 
 
 
195 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2759  segregation and condensation protein B  38.2 
 
 
299 aa  126  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.331589  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2248  putative transcriptional regulator  39.57 
 
 
189 aa  126  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.540611  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1651  segregation and condensation protein B  38.92 
 
 
183 aa  124  8.000000000000001e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.742726 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1222  segregation and condensation protein B  38.92 
 
 
282 aa  124  1e-27  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.11077  normal  0.29545 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2262  chromosome segregation and condensation protein, ScpB  39.43 
 
 
387 aa  122  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.421554  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1752  putative transcriptional regulator  39.29 
 
 
186 aa  122  3e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.178756  normal  0.0679167 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2173  segregation and condensation protein B  39.43 
 
 
372 aa  122  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>