More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2236 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2236  adenine phosphoribosyltransferase  100 
 
 
197 aa  396  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000133357  hitchhiker  0.000161546 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2382  adenine phosphoribosyltransferase  83.06 
 
 
185 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000868696  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1309  adenine phosphoribosyltransferase  83.98 
 
 
181 aa  309  1e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.107555  normal  0.0516553 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1792  adenine phosphoribosyltransferase  82.87 
 
 
181 aa  308  4e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.347967  hitchhiker  0.00000118045 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2616  adenine phosphoribosyltransferase  81.52 
 
 
184 aa  307  6.999999999999999e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000754481  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2691  adenine phosphoribosyltransferase  81.52 
 
 
184 aa  307  6.999999999999999e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000304189  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2575  adenine phosphoribosyltransferase  81.52 
 
 
184 aa  307  6.999999999999999e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000328192  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1768  adenine phosphoribosyltransferase  81.52 
 
 
184 aa  307  6.999999999999999e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000883945  hitchhiker  0.0047086 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2853  adenine phosphoribosyltransferase  80.43 
 
 
184 aa  306  1.0000000000000001e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.22702  hitchhiker  0.000000299091 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1507  adenine phosphoribosyltransferase  81.42 
 
 
183 aa  303  1.0000000000000001e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00667399  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2255  adenine phosphoribosyltransferase  79.78 
 
 
183 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000237286  normal  0.265408 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2447  adenine phosphoribosyltransferase  79.78 
 
 
183 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000745159  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0571  adenine phosphoribosyltransferase  80 
 
 
181 aa  300  1e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000300234  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2327  adenine phosphoribosyltransferase  79.23 
 
 
183 aa  299  2e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000891458  hitchhiker  0.00045964 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2303  adenine phosphoribosyltransferase  79.35 
 
 
184 aa  298  3e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000264279  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2012  adenine phosphoribosyltransferase  79.56 
 
 
181 aa  294  6e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2408  adenine phosphoribosyltransferase  78.02 
 
 
182 aa  294  6e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607797  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002884  adenine phosphoribosyltransferase  78.89 
 
 
181 aa  294  6e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0439897  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03088  adenine phosphoribosyltransferase  78.89 
 
 
181 aa  293  1e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1084  adenine phosphoribosyltransferase  78.33 
 
 
181 aa  289  2e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.954514  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2888  adenine phosphoribosyltransferase  76.84 
 
 
187 aa  279  2e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.716655  normal  0.100922 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3199  adenine phosphoribosyltransferase  76.84 
 
 
187 aa  278  3e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.954761  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3060  adenine phosphoribosyltransferase  76.84 
 
 
187 aa  278  3e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1134  adenine phosphoribosyltransferase  72.28 
 
 
198 aa  273  9e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.397131  unclonable  0.0000000192445 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0949  adenine phosphoribosyltransferase  75 
 
 
183 aa  268  2.9999999999999997e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.431291  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1075  adenine phosphoribosyltransferase  70.65 
 
 
185 aa  268  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00248791  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3236  adenine phosphoribosyltransferase  74.14 
 
 
185 aa  268  4e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0483226  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00420  adenine phosphoribosyltransferase  75 
 
 
183 aa  268  5e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00707641  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3141  adenine phosphoribosyltransferase  75 
 
 
183 aa  268  5e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000274738  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0546  adenine phosphoribosyltransferase  75 
 
 
183 aa  268  5e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0512  adenine phosphoribosyltransferase  75 
 
 
183 aa  268  5e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00096873  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0506  adenine phosphoribosyltransferase  75 
 
 
183 aa  268  5e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00345089  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00425  hypothetical protein  75 
 
 
183 aa  268  5e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00912156  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3147  adenine phosphoribosyltransferase  75 
 
 
183 aa  268  5e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0333667  normal  0.241044 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0401  adenine phosphoribosyltransferase  75 
 
 
183 aa  268  5e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0547967  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1018  adenine phosphoribosyltransferase  71.51 
 
 
182 aa  267  8.999999999999999e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.14395  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0559  adenine phosphoribosyltransferase  74.43 
 
 
183 aa  266  1e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.100039  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3040  adenine phosphoribosyltransferase  70.95 
 
 
182 aa  263  1e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0533  adenine phosphoribosyltransferase  73.3 
 
 
183 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0527  adenine phosphoribosyltransferase  73.3 
 
 
183 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.11259  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0543  adenine phosphoribosyltransferase  73.3 
 
 
183 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0527  adenine phosphoribosyltransferase  73.3 
 
 
183 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0587  adenine phosphoribosyltransferase  72.32 
 
 
183 aa  261  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.852789  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01096  adenine phosphoribosyltransferase  67.05 
 
 
178 aa  255  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0381093  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2898  adenine phosphoribosyltransferase  68 
 
 
178 aa  249  2e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1201  adenine phosphoribosyltransferase  67.63 
 
 
174 aa  246  1e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3745  adenine phosphoribosyltransferase  62.98 
 
 
181 aa  241  5e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.370359  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2278  adenine phosphoribosyltransferase  62.98 
 
 
181 aa  233  1.0000000000000001e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0575  adenine phosphoribosyltransferase  53.59 
 
 
181 aa  208  4e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  hitchhiker  0.00758657 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0611  adenine phosphoribosyltransferase  53.04 
 
 
181 aa  208  5e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.112864 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0600  adenine phosphoribosyltransferase  53.04 
 
 
181 aa  208  5e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.102638  normal  0.0226618 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3506  adenine phosphoribosyltransferase  50.83 
 
 
181 aa  202  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660561  normal  0.0396544 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6008  adenine phosphoribosyltransferase  52.49 
 
 
181 aa  201  4e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.937813  hitchhiker  0.00561119 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2246  adenine phosphoribosyltransferase  54.34 
 
 
175 aa  201  5e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.111495  normal  0.31564 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7279  adenine phosphoribosyltransferase  51.93 
 
 
181 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0158728  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4387  adenine phosphoribosyltransferase  52.02 
 
 
199 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0100341 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2619  adenine phosphoribosyltransferase  53.18 
 
 
173 aa  198  3e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3812  adenine phosphoribosyltransferase  52.25 
 
 
196 aa  197  7e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.526341 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0935  adenine phosphoribosyltransferase  58.38 
 
 
175 aa  197  7.999999999999999e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0743  adenine phosphoribosyltransferase  54.65 
 
 
175 aa  197  7.999999999999999e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0465531 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2325  adenine phosphoribosyltransferase  53.89 
 
 
179 aa  196  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.915682  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0311  adenine phosphoribosyltransferase  50 
 
 
190 aa  196  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2270  adenine phosphoribosyltransferase  49.46 
 
 
180 aa  195  4.0000000000000005e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.739798  normal  0.613668 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4317  adenine phosphoribosyltransferase  52.02 
 
 
181 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.867387 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2775  adenine phosphoribosyltransferase  49.72 
 
 
181 aa  194  8.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.781756  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4212  adenine phosphoribosyltransferase  51.45 
 
 
181 aa  194  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3039  adenine phosphoribosyltransferase  52.35 
 
 
180 aa  192  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.350672  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1789  adenine phosphoribosyltransferase  52 
 
 
177 aa  193  2e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.935669  normal  0.019006 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4990  adenine phosphoribosyltransferase  51.45 
 
 
181 aa  192  3e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0363  adenine phosphoribosyltransferase  50 
 
 
205 aa  192  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2814  adenine phosphoribosyltransferase  50.87 
 
 
180 aa  191  4e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6114  adenine phosphoribosyltransferase  51.12 
 
 
188 aa  191  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.38933  normal  0.400935 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2170  adenine phosphoribosyltransferase  51.12 
 
 
188 aa  191  6e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2784  adenine phosphoribosyltransferase  51.12 
 
 
188 aa  191  6e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236272  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1836  adenine phosphoribosyltransferase  54.07 
 
 
178 aa  190  9e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.820901  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0531  adenine phosphoribosyltransferase  51.69 
 
 
188 aa  190  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0784653  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2098  adenine phosphoribosyltransferase  49.41 
 
 
181 aa  190  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2163  adenine phosphoribosyltransferase  51.18 
 
 
181 aa  190  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0299  adenine phosphoribosyltransferase  49.71 
 
 
202 aa  189  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1995  adenine phosphoribosyltransferase  51.43 
 
 
177 aa  189  2e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.14545  normal  0.153368 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2795  adenine phosphoribosyltransferase  51.12 
 
 
188 aa  189  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.2159 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0272  adenine phosphoribosyltransferase  49.71 
 
 
202 aa  189  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2310  adenine phosphoribosyltransferase  50.29 
 
 
179 aa  189  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4787  adenine phosphoribosyltransferase  51.43 
 
 
184 aa  189  2e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4134  adenine phosphoribosyltransferase  50.86 
 
 
184 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.488945 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3492  adenine phosphoribosyltransferase  50.86 
 
 
184 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4239  adenine phosphoribosyltransferase  50.29 
 
 
194 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0485  adenine phosphoribosyltransferase  53.49 
 
 
178 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.994648  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0417  adenine phosphoribosyltransferase  48.31 
 
 
231 aa  187  5.999999999999999e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.572449  normal  0.29511 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0625  adenine phosphoribosyltransferase  51.16 
 
 
178 aa  186  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4379  adenine phosphoribosyltransferase  54.09 
 
 
172 aa  187  1e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.401827  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2702  adenine phosphoribosyltransferase  50 
 
 
188 aa  186  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.212838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2844  adenine phosphoribosyltransferase  50 
 
 
188 aa  186  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.185899  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2613  adenine phosphoribosyltransferase  49.13 
 
 
179 aa  185  3e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.666832 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0603  adenine phosphoribosyltransferase  48.88 
 
 
188 aa  184  5e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0244339 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4115  adenine phosphoribosyltransferase  49.44 
 
 
188 aa  184  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3237  adenine phosphoribosyltransferase  49.13 
 
 
179 aa  184  8e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.97458  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0938  adenine phosphoribosyltransferase  53.53 
 
 
170 aa  183  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2383  adenine phosphoribosyltransferase  56.14 
 
 
176 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.106176  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12200  adenine phosphoribosyltransferase  52.07 
 
 
170 aa  183  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000836015  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>