265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2109 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2537  sodium/hydrogen exchanger family protein  72.17 
 
 
669 aa  885    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2400  sodium/hydrogen exchanger  69.15 
 
 
625 aa  858    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000130765  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2065  sodium/hydrogen exchanger  71.15 
 
 
660 aa  853    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000562767  hitchhiker  0.000963897 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1998  sodium/hydrogen exchanger  74.39 
 
 
616 aa  904    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000112153 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2321  sodium/hydrogen exchanger  70.99 
 
 
660 aa  852    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.545125  hitchhiker  0.000203679 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1732  sodium/hydrogen exchanger  71.31 
 
 
702 aa  817    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2017  sodium/hydrogen exchanger  73.58 
 
 
660 aa  850    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000155921  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1982  sodium/hydrogen exchanger  51.97 
 
 
619 aa  647    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2308  sodium/hydrogen exchanger  72.2 
 
 
660 aa  848    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2605  sodium/hydrogen exchanger  76.12 
 
 
637 aa  914    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00858761  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2109  sodium/hydrogen exchanger  100 
 
 
643 aa  1279    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235083  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2147  sodium/hydrogen exchanger  74.41 
 
 
670 aa  887    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.251145  normal  0.368531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2224  sodium/hydrogen exchanger  74.41 
 
 
673 aa  889    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00760493  normal  0.0969988 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1861  sodium/hydrogen exchanger  69.48 
 
 
719 aa  838    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.182882  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2324  sodium/hydrogen exchanger  73.41 
 
 
670 aa  882    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.339898  normal  0.580137 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1871  sodium/hydrogen exchanger family protein  66.1 
 
 
666 aa  838    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0707  sodium/hydrogen exchanger  66.93 
 
 
651 aa  847    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3909  Na+/H+ antiporter  52.88 
 
 
607 aa  627  1e-178  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00461  Na+/H+ antiporter  52.48 
 
 
569 aa  588  1e-166  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0511  sodium/hydrogen exchanger  50.77 
 
 
622 aa  574  1.0000000000000001e-162  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2318  sodium/hydrogen exchanger  50.67 
 
 
599 aa  549  1e-155  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0395796  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0220  hypothetical protein  47.74 
 
 
598 aa  530  1e-149  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04922  Na+/K+/H+ antiporter  46.77 
 
 
597 aa  526  1e-148  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1024  Sodium/hydrogen exchanger  49.92 
 
 
602 aa  525  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.30796  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000727  NhaP-type Na+/H+ and K+/H+ antiporter  46.88 
 
 
599 aa  525  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4478  sodium/hydrogen exchanger  51.06 
 
 
602 aa  522  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1380  putative sodium/hydrogen antiporter  48.39 
 
 
611 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00463957  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1072  sodium/hydrogen exchanger  49.4 
 
 
601 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.558941  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16030  putative sodium/hydrogen antiporter  50.18 
 
 
611 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4254  sodium/hydrogen exchanger  49.66 
 
 
601 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4152  sodium/hydrogen exchanger  50.27 
 
 
608 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.561792 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1467  sodium/hydrogen exchanger  49.31 
 
 
601 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.236845 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0127  sodium/hydrogen exchanger  41.52 
 
 
760 aa  494  9.999999999999999e-139  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.302904  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0146  CPA1 family Na(+)/H(+) antiporter  41.85 
 
 
763 aa  482  1e-135  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000269507 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0156  sodium/hydrogen exchanger  41.45 
 
 
764 aa  481  1e-134  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1211  Sodium/hydrogen exchanger  44.19 
 
 
611 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0280603  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0477  sodium/hydrogen exchanger  45.16 
 
 
616 aa  452  1e-125  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0802705  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0850  sodium/hydrogen exchanger  45.18 
 
 
617 aa  442  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0424  sodium/hydrogen exchanger  41.9 
 
 
852 aa  390  1e-107  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0521  Sodium/hydrogen exchanger  38.46 
 
 
604 aa  372  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0868  Na(+):H(+) antiporter  39.16 
 
 
606 aa  340  4e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4286  sodium/hydrogen exchanger family protein  34.43 
 
 
596 aa  331  3e-89  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0381852  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4275  Na+/H+ exchanger (Na+/H+ antiporter)  34.24 
 
 
596 aa  330  4e-89  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4781  sodium/hydrogen exchanger family protein  34.24 
 
 
596 aa  330  4e-89  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4654  sodium/hydrogen exchanger family protein  34.24 
 
 
596 aa  330  4e-89  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4436  sodium/hydrogen exchanger family protein  34.24 
 
 
596 aa  329  7e-89  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00005477  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4667  sodium/hydrogen exchanger family protein  34.06 
 
 
596 aa  329  9e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4369  sodium/hydrogen exchanger  34.06 
 
 
596 aa  329  1.0000000000000001e-88  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03225  Na(+):H(+) antiporter, CPA1 family protein  37.42 
 
 
625 aa  315  9.999999999999999e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2869  sodium/hydrogen exchanger  35.04 
 
 
623 aa  306  7e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.824474  normal  0.920346 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19170  NhaP-type Na+(K+)/H+ antiporter  33.22 
 
 
640 aa  305  1.0000000000000001e-81  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.490991  normal  0.0684118 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0759  sodium/hydrogen exchanger  35.68 
 
 
584 aa  271  2e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.135673  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0042  sodium/hydrogen exchanger  34.2 
 
 
607 aa  256  1.0000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.126585  normal  0.101979 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4262  sodium/hydrogen exchanger  35.66 
 
 
741 aa  247  4e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.387435  normal  0.153793 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2740  Sodium/hydrogen exchanger  32.86 
 
 
629 aa  247  4e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.370681 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2292  sodium/hydrogen exchanger  39.4 
 
 
637 aa  245  1.9999999999999999e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.042334  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4282  sodium/hydrogen exchanger  36.64 
 
 
609 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1446  sodium/hydrogen exchanger  33.78 
 
 
641 aa  243  6e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5185  sodium/hydrogen exchanger  36.9 
 
 
660 aa  239  1e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3229  sodium/hydrogen exchanger  35.97 
 
 
652 aa  235  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2891  sodium/hydrogen exchanger  35.97 
 
 
652 aa  235  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0888  sodium/hydrogen exchanger  36.56 
 
 
628 aa  235  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.043911 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0956  sodium/hydrogen exchanger  33.1 
 
 
639 aa  229  8e-59  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0859  sodium/hydrogen exchanger  38.15 
 
 
640 aa  227  5.0000000000000005e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1363  sodium/hydrogen exchanger  31.95 
 
 
610 aa  217  5e-55  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00040523  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2077  Na+/H+ antiporter, putative  27.26 
 
 
595 aa  211  2e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3265  hypothetical protein  32.3 
 
 
612 aa  211  3e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.769883  normal  0.438481 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3821  sodium/hydrogen exchanger  38.23 
 
 
407 aa  197  7e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3722  TrkA-N domain protein  31.92 
 
 
617 aa  191  4e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.207998  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0112  TrkA-N domain protein  34.1 
 
 
617 aa  189  2e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.440921 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2394  Na+/H+ antiporter  39.66 
 
 
593 aa  185  2.0000000000000003e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00954713  hitchhiker  0.00302602 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0739  TrkA-N domain protein  31.18 
 
 
630 aa  169  2e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0378  TrkA-N domain protein  33.33 
 
 
626 aa  167  4e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1318  TrkA-N domain protein  31.29 
 
 
628 aa  165  3e-39  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0472  CPA1 family Na+/H+ antiporter  34.79 
 
 
399 aa  159  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0494569  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05361  CPA1 family Na+/H+ antiporter  34.95 
 
 
399 aa  152  3e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04971  CPA1 family Na+/H+ antiporter  34.51 
 
 
401 aa  151  4e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05271  CPA1 family Na+/H+ antiporter  34.62 
 
 
401 aa  150  9e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0377759  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04731  CPA1 family Na+/H+ antiporter  34.19 
 
 
402 aa  145  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.281963  normal  0.831051 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06781  putative Na+/H+ antiporter, CPA1 family  34.49 
 
 
421 aa  145  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1720  CPA1 family Na+/H+ antiporter  36.99 
 
 
414 aa  144  6e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0640  CPA1 family Na+/H+ antiporter  37.72 
 
 
421 aa  137  7.000000000000001e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1805  CPA1 family Na+/H+ antiporter  34.99 
 
 
414 aa  136  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.781588  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05281  CPA1 family Na+/H+ antiporter  34.99 
 
 
414 aa  136  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0626531  normal  0.0646135 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0657  potassium/proton antiporter  29.02 
 
 
597 aa  109  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0833853 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3335  sodium/hydrogen exchanger  44.94 
 
 
620 aa  105  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.263671  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0768  potassium/proton antiporter  23.95 
 
 
478 aa  102  3e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0154146  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0757  potassium/proton antiporter  26.16 
 
 
481 aa  93.2  1e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00299818  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0846  transporter-associated region:TrkA-C:Sodium/hydrogen exchanger  28.8 
 
 
588 aa  93.2  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0157  potassium/proton antiporter  25.76 
 
 
596 aa  92.8  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3438  potassium/proton antiporter  28.49 
 
 
616 aa  92.4  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3191  potassium/proton antiporter  27.76 
 
 
580 aa  91.7  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.943195  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1689  hypothetical protein  27.46 
 
 
445 aa  90.9  6e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0827  sodium/hydrogen exchanger  26.5 
 
 
605 aa  88.6  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0583075 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3728  sodium/hydrogen exchanger  27.66 
 
 
496 aa  88.2  5e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0298  potassium/proton antiporter  30.77 
 
 
505 aa  87  9e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.12158  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2255  sodium/hydrogen exchanger  27.23 
 
 
573 aa  85.9  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.272655  normal  0.399267 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1203  potassium/proton antiporter  26.67 
 
 
486 aa  85.5  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.195277  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3190  sodium/hydrogen exchanger  29.37 
 
 
498 aa  85.5  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0580  potassium/proton antiporter  27.38 
 
 
598 aa  85.5  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.316248  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>