More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1577 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1577  aminotransferase, class IV  100 
 
 
277 aa  570  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1890  aminodeoxychorismate lyase  52 
 
 
269 aa  280  1e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0235041  normal  0.0459929 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2574  aminodeoxychorismate lyase  51.64 
 
 
269 aa  278  8e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.0405986 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2461  aminotransferase, class IV  51.64 
 
 
269 aa  278  8e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000415666  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2454  aminotransferase class IV  51.27 
 
 
269 aa  277  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00581034  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1734  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  50.55 
 
 
269 aa  265  5e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0256698  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2615  4-amino-4-deoxychorismate lyase  50.92 
 
 
269 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1659  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  50.18 
 
 
269 aa  264  1e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0501758  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1764  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  50.18 
 
 
269 aa  263  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.073629  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1980  aminodeoxychorismate lyase  46.21 
 
 
271 aa  261  1e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0416035  hitchhiker  0.00481294 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2216  aminotransferase, class IV  49.82 
 
 
269 aa  259  3e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2650  aminotransferase, class IV  50.73 
 
 
271 aa  251  7e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.23684 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2053  aminotransferase, class IV  48.29 
 
 
294 aa  229  5e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2045  aminodeoxychorismate lyase  50.83 
 
 
296 aa  215  7e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1921  aminodeoxychorismate lyase  40.2 
 
 
300 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2242  aminotransferase, class IV  41.73 
 
 
277 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1662  aminotransferase, class IV  39.56 
 
 
273 aa  194  1e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.101925  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1909  4-amino-4-deoxychorismate lyase  42.74 
 
 
265 aa  194  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  decreased coverage  0.000000690882 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1418  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  42.97 
 
 
285 aa  191  1e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.711679 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2500  4-amino-4-deoxychorismate lyase  41.77 
 
 
265 aa  190  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00140105  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1274  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.92 
 
 
269 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.131481  normal  0.593552 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2119  aminotransferase, class IV  40.23 
 
 
271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00194364  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2243  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.46 
 
 
268 aa  183  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000604374  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2804  4-amino-4-deoxychorismate lyase  39.47 
 
 
265 aa  183  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00411818  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1626  4-amino-4-deoxychorismate lyase  39.92 
 
 
267 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25710  4-amino-4-deoxychorismate lyase  41.85 
 
 
271 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0077515  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2197  4-amino-4-deoxychorismate lyase  41.11 
 
 
271 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1631  4-amino-4-deoxychorismate lyase  39.39 
 
 
271 aa  178  7e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1581  4-amino-4-deoxychorismate lyase  39.47 
 
 
268 aa  176  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000587393  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0004  aminotransferase, class IV  38.04 
 
 
288 aa  176  4e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000202983  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1590  4-amino-4-deoxychorismate lyase  41.6 
 
 
267 aa  176  5e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0229807  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3495  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.72 
 
 
268 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000429214  hitchhiker  0.00824664 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1475  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.64 
 
 
269 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000862113  hitchhiker  0.00000000000021335 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0432  4-amino-4-deoxychorismate lyase  33.71 
 
 
267 aa  173  2.9999999999999996e-42  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.217429  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1998  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.79 
 
 
276 aa  172  5e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1092  aminotransferase, class IV  39.16 
 
 
278 aa  171  7.999999999999999e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0796265  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2551  aminodeoxychorismate lyase  38.26 
 
 
269 aa  171  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000103186  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1689  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.35 
 
 
268 aa  171  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00992906  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01092  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.88 
 
 
269 aa  170  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000953076  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01100  hypothetical protein  37.88 
 
 
269 aa  170  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000707213  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1217  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.88 
 
 
269 aa  170  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000222751  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2505  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.88 
 
 
269 aa  170  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0018668  unclonable  0.0000000105414 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1218  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.88 
 
 
269 aa  170  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000350688  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1297  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.12 
 
 
269 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0225014  hitchhiker  1.45704e-16 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02905  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.36 
 
 
271 aa  169  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1988  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.12 
 
 
269 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000218178  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2171  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.12 
 
 
269 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.216662  decreased coverage  0.000000000000025967 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1611  4-amino-4-deoxychorismate lyase  40.82 
 
 
271 aa  169  4e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000108731  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1312  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.74 
 
 
269 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.614636  hitchhiker  0.0000000000000833328 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1528  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.26 
 
 
271 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.50633 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2031  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.26 
 
 
269 aa  168  7e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000010849  hitchhiker  0.00000935135 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3829  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.88 
 
 
271 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0203451  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14950  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.46 
 
 
271 aa  167  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2228  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.5 
 
 
269 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000140571  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1917  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.5 
 
 
271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307364  unclonable  0.000000254306 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2300  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.86 
 
 
268 aa  163  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187606  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3797  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.88 
 
 
271 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.172255  normal  0.333642 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1650  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.5 
 
 
271 aa  161  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.159709  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1831  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.47 
 
 
270 aa  162  8.000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1493  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.12 
 
 
271 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002999  aminodeoxychorismate lyase  35.6 
 
 
271 aa  159  4e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0085011  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4154  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.12 
 
 
271 aa  158  9e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0929284  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02332  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.1 
 
 
282 aa  152  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.144635  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1604  4-amino-4-deoxychorismate lyase  33.6 
 
 
277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00120574  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0716  aminotransferase, class IV  33.58 
 
 
295 aa  145  8.000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0327665  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1502  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  34.55 
 
 
271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0156373  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2269  aminotransferase class IV  33.85 
 
 
275 aa  136  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.4966  normal  0.194503 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1255  aminodeoxychorismate lyase  33.06 
 
 
269 aa  136  4e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.489867  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1545  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  36.89 
 
 
268 aa  136  5e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.185803  normal  0.071665 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1604  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  37.45 
 
 
271 aa  135  5e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0300662  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1864  aminodeoxychorismate lyase  35.68 
 
 
272 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.358986  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1920  aminodeoxychorismate lyase  32.65 
 
 
305 aa  120  3e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.130955  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1545  aminotransferase class IV  29.21 
 
 
298 aa  116  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1562  aminotransferase class IV  28.78 
 
 
282 aa  116  3e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.41201  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1632  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  30.82 
 
 
289 aa  107  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.114958  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0760  aminotransferase, class IV  32.44 
 
 
296 aa  106  5e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00445325  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1586  aminodeoxychorismate lyase  32.81 
 
 
277 aa  105  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0753996 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1911  4-amino-4-deoxychorismate lyase, putative  32.81 
 
 
277 aa  105  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.129492  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6961  aminotransferase class IV  26.67 
 
 
278 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122749  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4189  aminotransferase class IV  28.17 
 
 
300 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2483  aminotransferase class IV  28.88 
 
 
292 aa  100  3e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.196107  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2794  D-amino-acid transaminase  27.48 
 
 
310 aa  100  3e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3367  Branched-chain-amino-acid transaminase  27.48 
 
 
291 aa  100  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0677  branched-chain amino acid aminotransferase  26.87 
 
 
288 aa  97.1  3e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.566486 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0412  branched chain amino acid: 2-keto-4-methylthiobutyrate aminotransferase  31.08 
 
 
266 aa  97.1  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0672  branched-chain amino acid aminotransferase  27.27 
 
 
297 aa  96.7  4e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1654  branched-chain amino acid aminotransferase  25.98 
 
 
287 aa  94.7  1e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0525  putative branched-chain amino acid aminotransferase  25.59 
 
 
281 aa  94.4  2e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3544  branched-chain amino acid aminotransferase  28.79 
 
 
288 aa  93.6  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.08959  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0610  aminotransferase class IV  26.56 
 
 
246 aa  93.6  3e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0570431  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2109  branched chain amino acid: 2-keto-4-methylthiobutyrate aminotransferase  27.71 
 
 
277 aa  93.6  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2099  branched-chain amino acid aminotransferase  24.82 
 
 
291 aa  93.2  4e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104874  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1735  branched-chain amino acid aminotransferase  26.74 
 
 
289 aa  93.2  4e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3581  aminotransferase class IV  33.66 
 
 
263 aa  92.8  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.000213768  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1636  aminotransferase class IV  31.62 
 
 
283 aa  92.4  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.280952  normal  0.382148 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1897  aminotransferase class IV  30.51 
 
 
269 aa  91.7  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0193132 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2032  branched-chain-amino-acid transaminase  28.62 
 
 
285 aa  90.5  3e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000736742  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2898  aminotransferase, class IV  27.92 
 
 
270 aa  90.5  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.051905 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09633  branched-chain amino acid aminotransferase  25.19 
 
 
279 aa  90.5  3e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.396462  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1546  branched-chain amino acid aminotransferase  27.65 
 
 
287 aa  90.5  3e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.452382  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>